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万見
- PDB-4m5z: Crystal structure of broadly neutralizing antibody 5J8 bound to 2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m5z
タイトルCrystal structure of broadly neutralizing antibody 5J8 bound to 2009 pandemic influenza hemagglutinin, HA1 subunit
要素
  • Fab 5J8 heavy chain
  • Fab 5J8 light chain
  • Hemagglutinin HA1 chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / hemagglutinin / immunoglobulin fold / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like ...Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Hong, M. / Lee, P.S. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2013
タイトル: Antibody recognition of the pandemic H1N1 Influenza virus hemagglutinin receptor binding site.
著者: Minsun Hong / Peter S Lee / Ryan M B Hoffman / Xueyong Zhu / Jens C Krause / Nick S Laursen / Sung-Il Yoon / Langzhou Song / Lynda Tussey / James E Crowe / Andrew B Ward / Ian A Wilson
要旨: Influenza virus is a global health concern due to its unpredictable pandemic potential. This potential threat was realized in 2009 when an H1N1 virus emerged that resembled the 1918 virus in ...Influenza virus is a global health concern due to its unpredictable pandemic potential. This potential threat was realized in 2009 when an H1N1 virus emerged that resembled the 1918 virus in antigenicity but fortunately was not nearly as deadly. 5J8 is a human antibody that potently neutralizes a broad spectrum of H1N1 viruses, including the 1918 and 2009 pandemic viruses. Here, we present the crystal structure of 5J8 Fab in complex with a bacterially expressed and refolded globular head domain from the hemagglutinin (HA) of the A/California/07/2009 (H1N1) pandemic virus. 5J8 recognizes a conserved epitope in and around the receptor binding site (RBS), and its HCDR3 closely mimics interactions of the sialic acid receptor. Electron microscopy (EM) reconstructions of 5J8 Fab in complex with an HA trimer from a 1986 H1 strain and with an engineered stabilized HA trimer from the 2009 H1 pandemic virus showed a similar mode of binding. As for other characterized RBS-targeted antibodies, 5J8 uses avidity to extend its breadth and affinity against divergent H1 strains. 5J8 selectively interacts with HA insertion residue 133a, which is conserved in pandemic H1 strains and has precluded binding of other RBS-targeted antibodies. Thus, the RBS of divergent HAs is targeted by 5J8 and adds to the growing arsenal of common recognition motifs for design of therapeutics and vaccines. Moreover, consistent with previous studies, the bacterially expressed H1 HA properly refolds, retaining its antigenic structure, and presents a low-cost and rapid alternative for engineering and manufacturing candidate flu vaccines.
履歴
登録2013年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1 chain
H: Fab 5J8 heavy chain
L: Fab 5J8 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7393
ポリマ－72,7393
非ポリマー00
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.549, 67.549, 259.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1 chain


分子量: 24890.957 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 63-285 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8XMJ2
#2: 抗体 Fab 5J8 heavy chain


分子量: 25088.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#3: 抗体 Fab 5J8 light chain


分子量: 22760.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.68 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 23% PEG8000, 0.2 M magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月11日
放射モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM) with indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 33082 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 54.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.755 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2526 / Rsym value: 0.755 / % possible all: 83.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4M5Y CHAINS H AND L

4m5y


解像度: 2.25→48.466 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 2 / 位相誤差: 27.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2382 1667 5.05 %RANDOM
Rwork0.1905 ---
obs0.193 32999 97.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→48.466 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4928 0 0 90 5018
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015067
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5496901
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2921800
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093761
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01881
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.31620.30251090.28232210X-RAY DIFFRACTION85
2.3162-2.3910.31111300.25682434X-RAY DIFFRACTION93
2.391-2.47650.29791450.24392588X-RAY DIFFRACTION99
2.4765-2.57560.28141400.24432598X-RAY DIFFRACTION100
2.5756-2.69280.31241320.24082660X-RAY DIFFRACTION100
2.6928-2.83480.31461380.23622635X-RAY DIFFRACTION100
2.8348-3.01240.27031480.23292619X-RAY DIFFRACTION100
3.0124-3.24490.30491410.22492675X-RAY DIFFRACTION100
3.2449-3.57130.26181390.20362663X-RAY DIFFRACTION99
3.5713-4.08790.23071520.18022651X-RAY DIFFRACTION100
4.0879-5.14940.18491490.14522731X-RAY DIFFRACTION99
5.1494-48.47730.20461440.16942868X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.51480.52671.47131.3660.33673.440.0368-0.6047-0.44740.18730.38210.09930.329-0.8808-0.37110.7338-0.1218-0.23310.71670.26490.5658-15.4755-24.2632-33.0124
21.6637-0.0890.10980.95710.11151.39430.3014-0.1967-0.11330.13120.04750.20940.5062-0.6423-0.01420.4765-0.6506-0.07390.82820.33490.4237-25.234-8.9098-68.7175
31.0222-0.8918-0.67333.29311.17422.3725-0.04940.3099-0.1823-0.1617-0.10990.1530.017-0.42650.15910.3084-0.1544-0.00550.69640.11160.3767-22.8399-12.8084-99.7645
42.46340.1479-0.90121.41080.54542.99440.2803-0.29-0.09070.4405-0.0456-0.44050.41850.2862-0.18860.6182-0.4018-0.24120.72930.21810.5129-6.4596-18.8235-66.5548
53.6639-1.34031.39723.3208-0.44763.20950.10470.3074-0.0309-0.14920.0672-0.3082-0.0816-0.0704-0.15840.2863-0.14750.00980.66550.10330.4271-7.0133-10.7036-105.2643
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA55 - 312
2X-RAY DIFFRACTION2chain H and resid 1:123H1 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3chain H and resid 124:209H124 - 209
4X-RAY DIFFRACTION4chain L and resid 1:109L1 - 109
5X-RAY DIFFRACTION5chain L and resid 110:209L110 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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