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万見
- PDB-4m3k: Structure of a single domain camelid antibody fragment cAb-H7S in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m3k
タイトルStructure of a single domain camelid antibody fragment cAb-H7S in complex with the BlaP beta-lactamase from Bacillus licheniformis
要素
  • Beta-lactamase
  • Camelid heavy-chain antibody variable fragment cAb-H7S
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold / antigen binding / beta-lactamase-antibody complex / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase / Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. ...Beta-lactamase / Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Pain, C. / Kerff, F. / Herman, R. / Sauvage, E. / Preumont, S. / Charlier, P. / Dumoulin, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Probing the mechanism of aggregation of polyQ model proteins with camelid heavy-chain antibody fragments
著者: Pain, C. / Cosolo, A. / Preumont, S. / Scarafone, N. / Thorn, D. / Herman, R. / Spiegel, H. / Pardon, E. / Matagne, A. / Charlier, P. / Steyaert, J. / Damblon, C. / Kerff, F. / Esposito, G. / Dumoulin, M.
履歴
登録2013年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Camelid heavy-chain antibody variable fragment cAb-H7S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0084
ポリマ－43,9372
非ポリマー712
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area15280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.818, 42.940, 74.818
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Penicillinase / Large exopenicillinase / Small exopenicillinase


分子量: 30412.311 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 44-307 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
遺伝子: penP, blaP / プラスミド: pNY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00808, beta-lactamase
#2: 抗体 Camelid heavy-chain antibody variable fragment cAb-H7S


分子量: 13524.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pMES4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 uL 0.2 M (NH4)Cl 20 % PEG3350 + 0.2 uL complex 14.2 mg/ml 20 mM tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→42.94 Å / Num. all: 52300 / Num. obs: 52300 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.48→1.56 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 7316 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.48→36.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 3.315 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1947 2662 5.1 %RANDOM
Rwork0.16121 ---
obs0.16292 49631 98.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20 Å20.19 Å2
2---0.09 Å2-0 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→36.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2890 0 2 269 3161
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.023005
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6751.9674071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1765386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.2324.478134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.07515536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4081523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2466
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.76433005
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free23.595573
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.39753151
LS精密化 シェル解像度: 1.48→1.521 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 183 -
Rwork0.353 3259 -
obs-3259 91.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6572-0.9057-0.05592.40640.04750.1980.07170.05390.04090.0157-0.0668-0.1257-0.10670.1135-0.00490.0952-0.0317-0.06890.163-0.00590.21813.11811.89-17.284
20.23780.12540.07280.28610.15420.32190.00310.0387-0.00110.0028-0.00820.01520.00120.00230.00510.02560.0087-0.06610.14630.00060.1773-19.152-6.769-24.186
32.6887-0.2070.99431.1808-0.3140.60930.0538-0.07740.01430.1129-0.1018-0.03810.0362-0.00920.0480.0484-0.0058-0.05180.14330.00670.1663-12.257-6.481-10.545
40.4552-0.4664-0.2171.26820.32760.5123-0.0173-0.0482-0.0280.093-0.0075-0.01770.0369-0.00030.02480.0346-0.0046-0.06770.13450.00210.1695-8.7170.87-13.46
50.6583-0.92390.49093.5102-1.36140.5717-0.00580.0534-0.0189-0.0835-0.0432-0.14540.02010.03620.04890.03150.0083-0.05540.14080.00020.1823-4.337-9.93-28.379
60.686-0.3766-0.25480.80680.04750.5987-0.02140.06270.04520.0056-0.0077-0.02460.00940.05120.02910.02330.0059-0.06390.15090.00020.1813-3.1015.692-26.086
73.2455-0.2957-0.90110.4780.01311.14920.02320.03480.03270.0016-0.0274-0.0028-0.18240.07830.00430.0541-0.0101-0.06340.12180.00230.1978-3.97414.717-22.279
814.9251-8.5062-17.012514.37968.331619.8953-0.70010.8457-0.659-0.4619-0.33430.9140.9387-1.08531.03440.119-0.0817-0.0290.2711-0.09910.4516-40.381-15.924-14.189
91.1083-1.196-0.98132.59562.06582.4196-0.1186-0.2035-0.02970.00890.07410.07540.05410.02280.04460.04690.0005-0.04510.1592-0.00530.1898-42.139-7.132-1.742
101.1091-1.2435-1.08621.74091.67641.7254-0.00960.031-0.02220.124-0.11840.05740.1733-0.09030.1280.0976-0.0108-0.05340.16640.00010.2094-30.781-15.075-13.849
112.3094-1.41042.43083.0823-4.46398.4269-0.0926-0.16670.11240.19350.0804-0.0046-0.4231-0.03040.01230.04120.0032-0.05750.1328-0.01910.1958-31.71-1.082-11.782
121.5512-1.0623-1.18681.07050.81321.2091-0.1544-0.24980.01140.1340.1032-0.02660.17870.14020.05120.0559-0.0005-0.05640.2052-0.00910.1822-30.271-10.357-3.279
130.6059-0.4903-0.82210.56350.63191.4486-0.0231-0.0139-0.0067-0.01140.02950.02770.0225-0.0447-0.00640.0262-0.0026-0.06050.1449-0.01440.1791-34.385-9.021-13.509
142.8555-2.7657-3.00563.32622.81213.7733-0.02620.2299-0.0759-0.0075-0.10830.08970.0755-0.31090.13450.0256-0.0119-0.05820.1681-0.02320.1977-37.562-9.479-15.41
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A29 - 61
2X-RAY DIFFRACTION2A62 - 145
3X-RAY DIFFRACTION3A146 - 167
4X-RAY DIFFRACTION4A168 - 195
5X-RAY DIFFRACTION5A196 - 217
6X-RAY DIFFRACTION6A218 - 269
7X-RAY DIFFRACTION7A270 - 291
8X-RAY DIFFRACTION8B2 - 8
9X-RAY DIFFRACTION9B9 - 24
10X-RAY DIFFRACTION10B25 - 38
11X-RAY DIFFRACTION11B39 - 50
12X-RAY DIFFRACTION12B51 - 86
13X-RAY DIFFRACTION13B87 - 103
14X-RAY DIFFRACTION14B104 - 120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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