PDB-4m3j: Structure of a single-domain camelid antibody fragment cAb-H7S sp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4m3j

タイトル

Structure of a single-domain camelid antibody fragment cAb-H7S specific of the BlaP beta-lactamase from Bacillus licheniformis

要素

Camelid heavy-chain antibody variable fragment cAb-H7S

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin fold / Antigen binding / beta-lactamase binding antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Pain, C. / Kerff, F. / Herman, R. / Sauvage, E. / Preumont, S. / Charlier, P. / Dumoulin, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Probing the mechanism of aggregation of polyQ model proteins with camelid heavy-chain antibody fragments
著者: Pain, C. / Cosolo, A. / Preumont, S. / Scarafone, N. / Thorn, D. / Herman, R. / Spiegel, H. / Pardon, E. / Matagne, A. / Charlier, P. / Steyaert, J. / Damblon, C. / Kerff, F. / Esposito, G. / Dumoulin, M.

履歴

登録	2013年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4m3j.cif.gz	100.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4m3j.ent.gz	77.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4m3j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/4m3j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/4m3j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4m3kC 4n1hC 5lwfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2q82-d 3gxw-3 4zy7-1 5lw8-d 3lrg-1 4mli-1 3mzt-4 2icc-d 4o00-2 4idl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Camelid heavy-chain antibody variable fragment cAb-H7S

B: Camelid heavy-chain antibody variable fragment cAb-H7S

ヘテロ分子

27.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Camelid heavy-chain antibody variable fragment cAb-H7S

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Camelid heavy-chain antibody variable fragment cAb-H7S

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.562, 54.615, 83.445
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	Camelid heavy-chain antibody variable fragment cAb-H7S 分子量: 13524.937 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pMES4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2 uL 0.2 M ammonium sulphate 0.1 M NaAc, pH 4.6, 25% PEG4000 + 0.2 uL cAb-H7S 15 mg/ml 20 mM tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→45.7 Å / Num. all: 18390 / Num. obs: 18390 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 48.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.818 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2514 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→45.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 8.72 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25213	941	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20595	-	-	-
obs	0.20812	17403	99.29 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.937 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→45.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1742	0	10	42	1794

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.02	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.564	1.948	2404
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.029	5	232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.77	23.803	71
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.854	15	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.45	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	270
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→1.999 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.368	71	-
R_work	0.269	1037	-
obs	-	1037	90.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9788	-7.9002	-0.0525	32.255	1.4122	6.9969	-0.0708	0.1649	-0.5002	0.4448	-0.4925	1.8152	0.2285	-0.5741	0.5633	0.0557	-0.0435	-0.0112	0.252	-0.1443	0.3932	-8.639	-14.483	19.153
2	0.4461	-0.8789	0.1193	2.3915	-0.2965	1.2672	0.038	0.1334	-0.0087	0.0946	-0.0767	-0.0118	-0.0255	-0.0931	0.0387	0.161	0.0106	0.0064	0.1802	0.0005	0.2042	-2.167	-4.845	14.956
3	1.3043	-1.6946	-0.2059	5.4414	0.9262	1.2408	0.0656	0.3104	-0.0596	0.0468	-0.0294	0.0909	0.0057	-0.0975	-0.0362	0.1295	0.0119	-0.0163	0.2085	0.0097	0.172	-6.597	-5.514	10.655
4	2.8213	-3.2718	-0.3689	8.2818	1.5187	1.6908	0.0813	0.4473	-0.2275	0.3346	-0.3296	0.5781	0.276	-0.2788	0.2483	0.1177	0.0063	-0.0034	0.2847	-0.0207	0.179	-9.337	-10.604	11.573
5	3.0745	0.0749	6.328	1.1491	0.6239	15.8049	0.0261	0.1674	0.0219	-0.1668	0.1502	-0.2829	-0.1972	0.6479	-0.1763	0.1036	-0.09	0.0831	0.1655	-0.0474	0.1973	23.008	8.359	5.775
6	2.5816	0.887	-1.0973	1.3033	0.3153	1.8798	-0.0049	0.1125	-0.2176	-0.1165	0.1503	-0.1297	-0.2072	0.0575	-0.1454	0.1606	-0.0047	0.0613	0.1788	-0.0381	0.1876	14.6	2.192	3.309
7	2.4387	1.0892	1.9182	1.7237	2.5213	4.9022	0.0676	0.0196	-0.2471	-0.2737	0.1125	-0.1977	-0.3595	0.1951	-0.1801	0.1164	0.0201	0.0581	0.1722	-0.0407	0.1946	18.067	-0.993	3.287
8	1.3625	1.9174	3.6662	4.8606	7.1777	13.4622	-0.151	-0.0801	-0.0675	-0.4352	0.009	-0.2415	-0.4462	0.2975	0.142	0.1123	-0.033	0.0908	0.2983	-0.0327	0.2614	25.11	1.533	3.351

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	10 - 82
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	83 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	103 - 120
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 19
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	20 - 80
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	81 - 106
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	107 - 119

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