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- PDB-4m3c: Structure of a binary complex between homologous tetrameric legum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m3c
タイトルStructure of a binary complex between homologous tetrameric legume lectins from Butea monosperma and Spatholobus parviflorus seeds
要素
  • Lectin Alpha chain
  • Lectin Beta Chain
  • Seed lectin alpha chain
  • Seed lectin beta chain
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Butea monosperma seed lectin / BML / Spatholobus parviflorus seed lectin / SPL
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to fungus / manganese ion binding / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / calcium ion binding / protein-containing complex / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / : / Lectin Alpha chain / Lectin Beta Chain / Seed lectin alpha chain / Seed lectin beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Butea monosperma (マメ科)
Spatholobus parviflorus (マメ科)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Surya, S. / Abhilash, J. / Geethanandan, K. / Sadasivan, C. / Haridas, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a binary complex between homologous tetrameric legume lectins from Butea monosperma and Spatholobus parviflorus seeds
著者: Surya, S. / Abhilash, J. / Geethanandan, K. / Sadasivan, C. / Haridas, M.
履歴
登録2013年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.02024年1月31日Group: Atomic model / カテゴリ: atom_site / Item: _atom_site.pdbx_formal_charge

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin Alpha chain
B: Lectin Beta Chain
C: Lectin Alpha chain
D: Lectin Beta Chain
E: Seed lectin alpha chain
F: Seed lectin beta chain
G: Seed lectin alpha chain
H: Seed lectin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,25933
ポリマ－208,6048
非ポリマー1,65525
水5,350297
1
A: Lectin Alpha chain
B: Lectin Beta Chain
C: Lectin Alpha chain
D: Lectin Beta Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,38118
ポリマ－105,4054
非ポリマー97714
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10670 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area33320 Å2
手法PISA
2
E: Seed lectin alpha chain
F: Seed lectin beta chain
G: Seed lectin alpha chain
H: Seed lectin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,87815
ポリマ－103,2004
非ポリマー67811
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9910 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area32480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.110, 78.630, 96.190
Angle α, β, γ (deg.)96.00, 89.99, 100.37
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 ACBDEGFH

#1: タンパク質 Lectin Alpha chain


分子量: 27128.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Plant seed / 由来: (天然) Butea monosperma (マメ科) / 参照: UniProt: H2L2M6
#2: タンパク質 Lectin Beta Chain


分子量: 25573.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Plant seed / 由来: (天然) Butea monosperma (マメ科) / 参照: UniProt: H2L2M7
#3: タンパク質 Seed lectin alpha chain


分子量: 26336.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Plant seed / 由来: (天然) Spatholobus parviflorus (マメ科) / 参照: UniProt: P86352
#4: タンパク質 Seed lectin beta chain


分子量: 25263.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: plant seed / 由来: (天然) Spatholobus parviflorus (マメ科) / 参照: UniProt: P86353

-
非ポリマー , 5種, 322分子

#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 化合物
ChemComp-ABU / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID / GABA


分子量: 103.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.02 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 25% PEG-8000, 5% MPD, Phosphate buffer, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年2月26日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→15.84 Å / Num. all: 69131 / Num. obs: 69131 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): 20
反射 シェル最高解像度: 2.5 Å / Num. unique all: 65490 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
AutoMRモデル構築
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AutoMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→15.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 10.965 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.5 / ESU R: 0.706 / ESU R Free: 0.348 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 3641 5 %RANDOM
Rwork0.2112 ---
obs0.2151 69131 95.19 %-
all-69131 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 120.97 Å2 / Biso mean: 25.4097 Å2 / Biso min: 2.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→15.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14662 0 76 297 15035
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0215083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8881.95320587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2351940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.22624.708548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.485152226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5121520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.22427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02111284
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.425 253 -
Rwork0.283 4936 -
all-5189 -
obs--93.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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