PDB-4lzl: Structure of the inactive form of the regulatory domain from the ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lzl

タイトル

Structure of the inactive form of the regulatory domain from the repressor of iron transport regulator (RitR)

要素

Response regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / Two-component response regulator

機能・相同性

Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus pneumoniae 2061617 (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Silvaggi, N.R. / Han, L. / Ulijasz, A.T.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Defining the Aspartate-Less Receiver (ALR) Domains: Structure and Activation of RitR from Streptococcus pneumoniae
著者: Maule, A.F. / Weiner, J.J. / Han, L. / Wright, D.P. / Peterson, F.C. / Volkman, B.F. / Silvaggi, N.R. / Ulijasz, A.T.

履歴

登録	2013年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lzl.cif.gz	95.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lzl.ent.gz	75.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lzl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4lzl_validation.pdf.gz	418 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lzl_full_validation.pdf.gz	418.7 KB	表示
XML形式データ	4lzl_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	4lzl_validation.cif.gz	13 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/4lzl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/4lzl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mvoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6gxg-1 2p71-d 2y77-d 2rbg-2 1zs0-d 4ykb-5 1s4s-d 4p55-1 4inx-d 4zsc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Response regulator

ヘテロ分子

14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	28.460, 33.840, 34.960
Angle α, β, γ (deg.)	92.65, 103.71, 97.53
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Response regulator 分子量: 14470.814 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal Regulatory Domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae 2061617 (肺炎レンサ球菌) 株: G54 / 遺伝子: AMCSP02_000425, RitR / プラスミド: pE-SUMOkan / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J1QDX6
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.93 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1ul 5-10 mg/ml protein in 10.0 mM BIS-TRIS propane, pH 7.5 plus 1ul of 20-25% polyethylene glycol (PEG) 3350, 2.5 mM magnesium formate, and 20.0 mM TRIS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月10日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→33.85 Å / Num. all: 18275 / Num. obs: 17289 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 13.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 1.55→1.63 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Num. unique all: 2488 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MD2		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MVO

1mvo

解像度: 1.55→27.352 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.37 / 位相誤差: 14.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1614	1739	10.06 %	RANDOM
R_work	0.1411	-	-	-
obs	0.1431	17288	94.62 %	-
all	-	18271	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 0.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→27.352 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1007	0	6	189	1202

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1137
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.204	1545
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.714	446
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	172
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	202

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.548-1.6034	0.1551	170	0.145	1551	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6034-1.6676	0.1888	173	0.1422	1545	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6676-1.7434	0.1785	178	0.1515	1505	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7434-1.8353	0.1736	164	0.1486	1558	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8353-1.9503	0.1727	179	0.1381	1546	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9503-2.1008	0.1573	171	0.1408	1567	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1008-2.3121	0.1628	170	0.1358	1575	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3121-2.6465	0.163	179	0.1422	1583	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6465-3.3333	0.1658	176	0.1404	1577	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3333-27.3558	0.1449	179	0.1397	1542	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.711	-1.0447	-0.6403	1.2998	0.3399	1.5445	0.0354	0.0394	0.1326	-0.0052	-0.0453	-0.1479	-0.0712	0.0278	0.0062	0.0271	-0.0022	-0.0176	0.0469	0.009	0.0434	27.915	32.3699	5.6513
2	3.8473	-1.9374	0.3814	7.8825	-1.8667	2.9763	0.0796	-0.2439	0.3383	0.0414	-0.1294	-0.198	0.0594	0.0783	0.0732	0.0323	-0.0166	-0.0093	0.1288	-0.017	0.1013	24.4943	33.5579	11.9568
3	4.1979	-1.9149	-0.865	5.2298	0.7977	5.6853	-0.0739	-0.378	0.0529	0.247	0.0954	-0.3113	0.0795	0.4091	0.0175	0.081	0.0036	-0.0143	0.1342	0.0215	0.0432	19.391	24.9187	19.5532
4	2.0234	0.1496	0.9604	3.4799	0.972	3.5063	-0.2687	-0.2252	0.2981	0.4613	0.0243	0.3369	-0.0262	0.1089	-0.0857	0.0678	0.0027	0.0114	0.0399	0.0335	-0.0424	16.2075	30.9338	11.833
5	0.8391	-0.1575	-1.724	2.139	-0.311	3.8754	-0.2309	-0.3929	-0.1734	0.4823	0.1729	-0.1528	0.7031	0.5036	0.097	0.1487	0.0649	-0.011	0.0547	0.0492	0.0663	20.4848	16.9797	8.1238
6	3.6523	0.2151	-2.8047	1.2	-0.0928	2.1783	-0.2555	-0.2469	-0.4536	0.2246	0.11	0.0923	0.5044	-0.2487	0.0016	0.1257	0.0004	0.0349	0.1041	0.0719	0.0487	11.2043	18.6065	14.754
7	1.2815	-0.0337	-0.5756	0.883	-0.0108	3.0389	-0.1169	-0.0335	0.0397	-0.0819	0.1384	-0.0168	0.2422	0.0626	0.0197	0.0567	-0.0227	-0.0073	0.0452	0.0225	0.031	15.065	23.628	2.4278
8	2.1394	-0.6418	-2.4784	3.3714	0.5864	7.2618	-0.3034	0.1273	-0.4106	-0.0656	-0.2156	0.3578	0.6422	-0.211	0.1201	0.0912	-0.027	0.0098	0.0638	0.0037	0.0844	9.4551	17.8738	0.4873
9	1.1476	0.3064	-0.9962	0.1607	-0.1784	1.5401	-0.01	0.0495	0.1359	-0.1223	0.0093	0.0503	-0.094	0.1194	-0.0332	0.0729	-0.0169	-0.0029	0.0594	0.0194	0.0269	17.3826	27.5811	-2.9507
10	5.8299	-2.2522	0.6362	4.117	0.037	1.5758	-0.1038	0.3514	-0.0775	0.0671	0.1377	0.5545	-0.0705	-0.1494	-0.0845	0.1398	-0.0074	0.0153	0.0498	0.0249	0.1521	14.7683	37.7752	-0.5346

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 5:24 )	A	5 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 25:34 )	A	25 - 34
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 35:45 )	A	35 - 45
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 46:52 )	A	46 - 52
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 53:60 )	A	53 - 60
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 61:70 )	A	61 - 70
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 71:86 )	A	71 - 86
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 87:96 )	A	87 - 96
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 97:106 )	A	97 - 106
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 107:124 )	A	107 - 124

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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