PDB-4lz9: Structure of MATE multidrug transporter DinF-BH in complex with R6G

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lz9

タイトル

Structure of MATE multidrug transporter DinF-BH in complex with R6G

要素

BH2163 protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / multidrug transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

antiporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus halodurans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 3.7 Å

データ登録者

Lu, M. / Radchenko, M. / Symersky, J. / Nie, R. / Guo, Y.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural insights into H(+)-coupled multidrug extrusion by a MATE transporter
著者: Lu, M. / Radchenko, M. / Symersky, J. / Nie, R. / Guo, Y.

履歴

登録	2013年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月20日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lz9.cif.gz	29.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lz9.ent.gz	15 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lz9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/4lz9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/4lz9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lz6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3o52-2 2wio-d 5zb8-3 4lz6-d 1k2o-2 3a4z-1 5v0d-d 4jw3-d 6hpu-1 1o76-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BH2163 protein

ヘテロ分子

49.1 kDa, 1 ポリマー
Cα原子のみ: A
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.181, 93.887, 102.267
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	BH2163 protein / 座標モデル: Cα原子のみ分子量: 48615.172 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 3-448 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア) 株: C-125 / 遺伝子: BH2163 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KAX3
#2: 化合物	ChemComp-RHQ / RHODAMINE 6G 分子量: 443.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₃₁N₂O₃

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: PEG, NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.7→60 Å / Num. all: 9715 / Num. obs: 9220 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_sym value: 0.066
反射シェル	最高解像度: 3.7 Å / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SHARP		位相決定
REFMAC	5	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 3.7→20 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: The coordinates contain only a CA trace.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3	440	-	Random
R_work	0.29	-	-	-
obs	0.3	8797	95 %	-
all	-	9350	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.7→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	446	0	33	0	479

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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