PDB-4lxv: Crystal Structure of the Hemagglutinin from a H1N1pdm A/WASHINGTO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lxv

タイトル

Crystal Structure of the Hemagglutinin from a H1N1pdm A/WASHINGTON/5/2011 virus

要素

(Hemagglutinin) x 2

キーワード

VIRAL PROTEIN / Hemagglutinin / pandemic / influenza

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Yang, H. / Chang, J.C. / Guo, Z. / Carney, P.J. / Shore, D.A. / Donis, R.O. / Cox, N.J. / Villanueva, J.M. / Klimov, A.I. / Stevens, J.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Structural Stability of Influenza A(H1N1)pdm09 Virus Hemagglutinins.
著者: Yang, H. / Chang, J.C. / Guo, Z. / Carney, P.J. / Shore, D.A. / Donis, R.O. / Cox, N.J. / Villanueva, J.M. / Klimov, A.I. / Stevens, J.

履歴

登録	2013年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月30日	Group: Database references
改定 1.2	2014年12月10日	Group: Structure summary
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lxv.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lxv.ent.gz	969 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lxv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4lxv_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lxv_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	4lxv_validation.xml.gz	111.1 KB	表示
CIF形式データ	4lxv_validation.cif.gz	142.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/4lxv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/4lxv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4uo5-d 4wsu-d 5t0b-d 4xkd-d 3lzg-1 3ubq-2 1rd8-d 4xkg-d 4m4y-d 2wr5-d 4wsv-d 4f3z-d 4gxx-d 3ube-1 5t0d-d 1hgj-d 4we9-1 6n08-d 5t0e-d 2fk0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (6) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (6)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
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#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin

B: Hemagglutinin

C: Hemagglutinin

D: Hemagglutinin

E: Hemagglutinin

F: Hemagglutinin

G: Hemagglutinin

H: Hemagglutinin

I: Hemagglutinin

J: Hemagglutinin

K: Hemagglutinin

L: Hemagglutinin

ヘテロ分子

350 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Hemagglutinin

B: Hemagglutinin

C: Hemagglutinin

D: Hemagglutinin

E: Hemagglutinin

F: Hemagglutinin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
175 kDa, 6 ポリマー
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2

G: Hemagglutinin

H: Hemagglutinin

I: Hemagglutinin

J: Hemagglutinin

K: Hemagglutinin

L: Hemagglutinin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
175 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.241, 226.002, 271.003
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	PRO	PRO	A	A	0 - 322	5 - 327
2	1	SER	SER	PRO	PRO	C	C	0 - 322	5 - 327
1	2	SER	SER	PRO	PRO	A	A	0 - 322	5 - 327
2	2	SER	SER	PRO	PRO	E	E	0 - 322	5 - 327
1	3	SER	SER	PRO	PRO	A	A	0 - 322	5 - 327
2	3	SER	SER	PRO	PRO	G	G	0 - 322	5 - 327
1	4	SER	SER	PRO	PRO	A	A	0 - 322	5 - 327
2	4	SER	SER	PRO	PRO	I	I	0 - 322	5 - 327
1	5	SER	SER	PRO	PRO	A	A	0 - 322	5 - 327
2	5	SER	SER	PRO	PRO	K	K	0 - 322	5 - 327
1	6	SER	SER	PRO	PRO	C	C	0 - 322	5 - 327
2	6	SER	SER	PRO	PRO	E	E	0 - 322	5 - 327
1	7	SER	SER	PRO	PRO	C	C	0 - 322	5 - 327
2	7	SER	SER	PRO	PRO	G	G	0 - 322	5 - 327
1	8	SER	SER	PRO	PRO	C	C	0 - 322	5 - 327
2	8	SER	SER	PRO	PRO	I	I	0 - 322	5 - 327
1	9	SER	SER	PRO	PRO	C	C	0 - 322	5 - 327
2	9	SER	SER	PRO	PRO	K	K	0 - 322	5 - 327
1	10	SER	SER	PRO	PRO	E	E	0 - 322	5 - 327
2	10	SER	SER	PRO	PRO	G	G	0 - 322	5 - 327
1	11	SER	SER	PRO	PRO	E	E	0 - 322	5 - 327
2	11	SER	SER	PRO	PRO	I	I	0 - 322	5 - 327
1	12	SER	SER	PRO	PRO	E	E	0 - 322	5 - 327
2	12	SER	SER	PRO	PRO	K	K	0 - 322	5 - 327
1	13	SER	SER	PRO	PRO	G	G	0 - 322	5 - 327
2	13	SER	SER	PRO	PRO	I	I	0 - 322	5 - 327
1	14	SER	SER	PRO	PRO	G	G	0 - 322	5 - 327
2	14	SER	SER	PRO	PRO	K	K	0 - 322	5 - 327
1	15	SER	SER	PRO	PRO	I	I	0 - 322	5 - 327
2	15	SER	SER	PRO	PRO	K	K	0 - 322	5 - 327
1	16	LEU	LEU	GLU	GLU	B	B	2 - 172	2 - 172
2	16	LEU	LEU	GLU	GLU	D	D	2 - 172	2 - 172
1	17	LEU	LEU	GLU	GLU	B	B	2 - 172	2 - 172
2	17	LEU	LEU	GLU	GLU	F	F	2 - 172	2 - 172
1	18	LEU	LEU	GLU	GLU	B	B	2 - 172	2 - 172
2	18	LEU	LEU	GLU	GLU	H	H	2 - 172	2 - 172
1	19	LEU	LEU	GLU	GLU	B	B	2 - 172	2 - 172
2	19	LEU	LEU	GLU	GLU	J	J	2 - 172	2 - 172
1	20	LEU	LEU	GLU	GLU	B	B	2 - 172	2 - 172
2	20	LEU	LEU	GLU	GLU	L	L	2 - 172	2 - 172
1	21	LEU	LEU	GLU	GLU	D	D	2 - 172	2 - 172
2	21	LEU	LEU	GLU	GLU	F	F	2 - 172	2 - 172
1	22	LEU	LEU	GLU	GLU	D	D	2 - 172	2 - 172
2	22	LEU	LEU	GLU	GLU	H	H	2 - 172	2 - 172
1	23	LEU	LEU	GLU	GLU	D	D	2 - 172	2 - 172
2	23	LEU	LEU	GLU	GLU	J	J	2 - 172	2 - 172
1	24	LEU	LEU	GLU	GLU	D	D	2 - 172	2 - 172
2	24	LEU	LEU	GLU	GLU	L	L	2 - 172	2 - 172
1	25	LEU	LEU	GLU	GLU	F	F	2 - 172	2 - 172
2	25	LEU	LEU	GLU	GLU	H	H	2 - 172	2 - 172
1	26	LEU	LEU	GLU	GLU	F	F	2 - 172	2 - 172
2	26	LEU	LEU	GLU	GLU	J	J	2 - 172	2 - 172
1	27	LEU	LEU	GLU	GLU	F	F	2 - 172	2 - 172
2	27	LEU	LEU	GLU	GLU	L	L	2 - 172	2 - 172
1	28	LEU	LEU	GLU	GLU	H	H	2 - 172	2 - 172
2	28	LEU	LEU	GLU	GLU	J	J	2 - 172	2 - 172
1	29	LEU	LEU	GLU	GLU	H	H	2 - 172	2 - 172
2	29	LEU	LEU	GLU	GLU	L	L	2 - 172	2 - 172
1	30	LEU	LEU	GLU	GLU	J	J	2 - 172	2 - 172
2	30	LEU	LEU	GLU	GLU	L	L	2 - 172	2 - 172

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質

Hemagglutinin

分子量: 36806.480 Da / 分子数: 6 / 断片: HEMAGGLUTININ HA1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: H1N1 PDM09 / 遺伝子: HA / 発現宿主:

trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: J7MFR5

#2: タンパク質

Hemagglutinin

分子量: 20829.123 Da / 分子数: 6 / 断片: HEMAGGLUTININ HA2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: H1N1 PDM09 / 遺伝子: HA / 発現宿主:

trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: J7MFR5

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.02 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 8 詳細: 0.2M Ammonium Tartrate Dibasic 20% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月30日
放射	モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→49.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 39.425 / SU ML: 0.299 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.373 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23	4494	5 %	RANDOM
R_work	0.205	-	-	-
obs	0.207	85184	98.2 %	-
all	-	78146	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.422 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.81 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→49.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23460	0	280	0	23740

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	24331
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	22546
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.521	1.953	33001
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.158	3.003	51887
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.69	5	2952
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.79	25	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.874	15	4104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.276	15	90
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	3595
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	27578
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	5598
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	18980	0.07
1	2	C	18980	0.07
2	1	A	18642	0.07
2	2	E	18642	0.07
3	1	A	19647	0.01
3	2	G	19647	0.01
4	1	A	18978	0.07
4	2	I	18978	0.07
5	1	A	18638	0.07
5	2	K	18638	0.07
6	1	C	18787	0.07
6	2	E	18787	0.07
7	1	C	18968	0.07
7	2	G	18968	0.07
8	1	C	19605	0.01
8	2	I	19605	0.01
9	1	C	18790	0.07
9	2	K	18790	0.07
10	1	E	18625	0.07
10	2	G	18625	0.07
11	1	E	18788	0.07
11	2	I	18788	0.07
12	1	E	19666	0.01
12	2	K	19666	0.01
13	1	G	18971	0.07
13	2	I	18971	0.07
14	1	G	18627	0.07
14	2	K	18627	0.07
15	1	I	18794	0.07
15	2	K	18794	0.07
16	1	B	9013	0.07
16	2	D	9013	0.07
17	1	B	8993	0.08
17	2	F	8993	0.08
18	1	B	9237	0.01
18	2	H	9237	0.01
19	1	B	9001	0.07
19	2	J	9001	0.07
20	1	B	8984	0.08
20	2	L	8984	0.08
21	1	D	8938	0.08
21	2	F	8938	0.08
22	1	D	9009	0.07
22	2	H	9009	0.07
23	1	D	9250	0.02
23	2	J	9250	0.02
24	1	D	8929	0.08
24	2	L	8929	0.08
25	1	F	8994	0.08
25	2	H	8994	0.08
26	1	F	8924	0.09
26	2	J	8924	0.09
27	1	F	9307	0.01
27	2	L	9307	0.01
28	1	H	9002	0.07
28	2	J	9002	0.07
29	1	H	8979	0.08
29	2	L	8979	0.08
30	1	J	8919	0.09
30	2	L	8919	0.09

LS精密化シェル

解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.377	330	-
R_work	0.342	6203	-
obs	-	-	97.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1945	0.4299	0.0771	1.0965	0.1108	0.1766	0.0731	0.005	-0.0465	0.1911	-0.0051	-0.0444	0.002	0.0723	-0.0681	0.0858	0.0189	-0.0128	0.1816	-0.0293	0.0417	91.1345	243.4524	306.6501
2	0.1604	0.2297	0.0655	0.967	0.1452	0.1886	0.0166	-0.0247	-0.0014	-0.0729	-0.0143	0.1705	-0.1173	-0.0568	-0.0023	0.1102	0.0416	-0.0161	0.1895	0.0012	0.0487	61.3984	254.7337	294.084
3	0.167	0.4524	0.0172	1.4291	0.0531	0.342	-0.0297	0.0804	-0.0474	-0.1719	0.0428	-0.1111	-0.0693	0.1333	-0.0131	0.1186	0.0207	0.0079	0.2457	-0.043	0.0157	87.2765	246.8604	272.6711
4	0.0758	0.1725	0.0655	1.2089	0.5065	0.2781	-0.0407	-0.0677	0.0316	0.0863	-0.0284	0.1862	0.0576	-0.032	0.0692	0.1755	0.0056	0.0001	0.2043	-0.0127	0.0312	52.4483	233.3003	246.632
5	0.0458	0.1838	0.0552	1.4023	0.2596	0.0769	-0.062	-0.0037	0.0052	-0.2708	0.0618	0.1142	-0.0642	0.0322	0.0003	0.2293	-0.0025	-0.0578	0.1448	-0.0124	0.0323	54.3697	244.3471	214.0865
6	0.0967	0.2215	0.1077	1.1869	0.3322	0.2313	0.0417	0.0098	-0.0491	0.078	0.024	-0.2033	-0.0229	0.092	-0.0657	0.1314	-0.009	-0.032	0.178	-0.0243	0.0411	82.9261	234.8479	230.5364
7	0.2407	0.2819	-0.0068	3.5647	-0.3824	0.0444	0.0285	0.0318	-0.0315	-0.1806	-0.017	0.0501	0.032	-0.0012	-0.0115	0.193	0.0012	-0.0613	0.0876	-0.013	0.0228	69.879	195.8409	297.4015
8	1.0476	1.4825	0.0694	3.2009	0.2662	0.0447	0.068	0.0358	-0.0808	0.0339	-0.0538	0.0899	0.0249	-0.0254	-0.0142	0.075	-0.0316	-0.0954	0.1295	0.0019	0.1418	51.3995	202.7563	289.9786
9	0.272	0.6706	0.0911	3.1146	0.7079	0.3158	0.0446	0.0678	-0.0417	-0.0899	-0.0301	0.0789	0.0767	0.0021	-0.0145	0.2009	0.0297	-0.0836	0.1374	-0.0713	0.0614	67.007	198.1651	276.5515
10	0.4474	0.6066	-0.0789	2.5333	0.3949	0.172	-0.0903	0.0632	-0.0979	0.0524	0.0821	-0.2134	0.0195	-0.0067	0.0082	0.2606	-0.0474	-0.0439	0.083	-0.0027	0.0392	50.0363	185.798	223.1805
11	0.4205	0.9156	0.7449	3.0357	1.8116	1.3765	0.1463	0.0045	-0.0454	0.2596	-0.0943	0.0632	0.1998	0.0122	-0.0521	0.1813	-0.0204	-0.0282	0.1361	-0.0156	0.0301	51.2258	192.3353	203.5323
12	0.318	-0.4286	-0.284	3.0375	1.0424	0.4306	0.0724	0.0418	-0.0477	0.0466	-0.0554	-0.163	-0.0236	-0.0358	-0.017	0.1971	0.029	-0.0647	0.1118	-0.008	0.0379	68.6495	186.7384	213.4565

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 322
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	0 - 322
3	X-RAY DIFFRACTION	3	E	0 - 322
4	X-RAY DIFFRACTION	4	G	0 - 322
5	X-RAY DIFFRACTION	5	I	0 - 322
6	X-RAY DIFFRACTION	6	K	0 - 322
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	2 - 172
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	2 - 172
9	X-RAY DIFFRACTION	9	F	2 - 172
10	X-RAY DIFFRACTION	10	H	2 - 172
11	X-RAY DIFFRACTION	11	J	2 - 172
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	2 - 172

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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