+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4f3z | ||||||
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Title | Crystal structure of a swine H1N2 influenza virus hemagglutinin | ||||||
Components | (Hemagglutinin) x 2 | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / viral envelope protein / viral receptor binding and fusion protein / sialic acid | ||||||
Function / homology | Function and homology information viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Influenza A virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2 Å | ||||||
Authors | Xu, R. / Wilson, I.A. | ||||||
Citation | Journal: J.Virol. / Year: 2012 Title: Functional Balance of the Hemagglutinin and Neuraminidase Activities Accompanies the Emergence of the 2009 H1N1 Influenza Pandemic. Authors: Xu, R. / Zhu, X. / McBride, R. / Nycholat, C.M. / Yu, W. / Paulson, J.C. / Wilson, I.A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4f3z.cif.gz | 581.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4f3z.ent.gz | 485.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4f3z.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4f3z_validation.pdf.gz | 505.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4f3z_full_validation.pdf.gz | 551.2 KB | Display | |
Data in XML | 4f3z_validation.xml.gz | 53.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4f3z_validation.cif.gz | 71.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/4f3z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/4f3z | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3lzgS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36626.230 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: HA1 (UNP residues 18-344) / Mutation: G205C, R220C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus / Strain: A/Swine/Indiana/P12439/00(H1N2) / Plasmid: pFASTbac-HT / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / Strain (production host): Hi5 / References: UniProt: Q8QT89 #2: Protein | Mass: 20459.686 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: HA2 (UNP residues 345-520) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus / Strain: A/Swine/Indiana/P12439/00(H1N2) / Plasmid: pFASTbac-HT / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / Strain (production host): Hi5 / References: UniProt: Q8QT89 #3: Sugar | ChemComp-NAG / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 56.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 25% PEG1000, 0.1 M Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL11-1 / Wavelength: 0.97945 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 1, 2011 |
Radiation | Monochromator: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal, asymmetric cut 4.965 degrees Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97945 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→35 Å / Num. all: 33469 / Num. obs: 32867 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 43.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 11 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.31 Å / Redundancy: 5.3 % / Rsym value: 0.567 / % possible all: 85.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3LZG Resolution: 3.2→34.275 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 0 / Phase error: 28.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 3.907 Å2 / ksol: 0.273 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→34.275 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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