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万見
- PDB-4lwz: Crystal structure of Myo5b globular tail domain in complex with i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lwz
タイトルCrystal structure of Myo5b globular tail domain in complex with inactive Rab11a
要素
  • Ras-related protein Rab-11A
  • Unconventional myosin-Vb
キーワードPROTEIN TRANSPORT / DIL
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / regulation of endocytic recycling / early endosome to recycling endosome transport / establishment of protein localization to organelle / establishment of vesicle localization / plasma membrane to endosome transport / postsynaptic recycling endosome / positive regulation of mitotic cytokinetic process / regulation of cilium assembly ...regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / regulation of endocytic recycling / early endosome to recycling endosome transport / establishment of protein localization to organelle / establishment of vesicle localization / plasma membrane to endosome transport / postsynaptic recycling endosome / positive regulation of mitotic cytokinetic process / regulation of cilium assembly / exosomal secretion / amyloid-beta clearance by transcytosis / astral microtubule organization / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / melanosome transport / VxPx cargo-targeting to cilium / protein transmembrane transport / apical cortex / regulation of vesicle-mediated transport / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / Golgi to plasma membrane protein transport / multivesicular body assembly / protein localization to cilium / establishment of protein localization to membrane / syntaxin binding / protein localization to cell surface / myosin complex / TBC/RABGAPs / dynein light intermediate chain binding / endosomal transport / mitotic metaphase chromosome alignment / microfilament motor activity / exocytosis / cleavage furrow / positive regulation of epithelial cell migration / mitotic spindle assembly / renal water homeostasis / transport vesicle / vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / multivesicular body / centriole / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / cytoplasmic vesicle membrane / small monomeric GTPase / regulation of cytokinesis / actin filament organization / trans-Golgi network membrane / protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / trans-Golgi network / recycling endosome / small GTPase binding / recycling endosome membrane / spindle pole / neuron projection development / actin filament binding / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / endocytic vesicle membrane / protein transport / actin cytoskeleton / G protein activity / microtubule binding / cytoplasmic vesicle / vesicle / calmodulin binding / Golgi membrane / GTPase activity / centrosome / GTP binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myosin 5b, cargo-binding domain / : / Class V myosin, motor domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / IQ calmodulin-binding motif / small GTPase Rab1 family profile. / Myosin, N-terminal, SH3-like ...Myosin 5b, cargo-binding domain / : / Class V myosin, motor domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / IQ calmodulin-binding motif / small GTPase Rab1 family profile. / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-11A / Unconventional myosin-Vb
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Pylypenko, O. / Attanda, W. / Gauquelin, C. / Houdusse, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural basis of myosin V Rab GTPase-dependent cargo recognition.
著者: Pylypenko, O. / Attanda, W. / Gauquelin, C. / Lahmani, M. / Coulibaly, D. / Baron, B. / Hoos, S. / Titus, M.A. / England, P. / Houdusse, A.M.
履歴
登録2013年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22013年12月25日Group: Derived calculations
改定 1.32014年1月15日Group: Database references
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-11A
B: Unconventional myosin-Vb
C: Ras-related protein Rab-11A
D: Unconventional myosin-Vb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,3618
ポリマ－138,4264
非ポリマー9354
水2,252125
1
A: Ras-related protein Rab-11A
B: Unconventional myosin-Vb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6804
ポリマ－69,2132
非ポリマー4682
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Ras-related protein Rab-11A
D: Unconventional myosin-Vb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6804
ポリマ－69,2132
非ポリマー4682
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.680, 143.140, 162.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-11A / Rab-11 / YL8


分子量: 19972.469 Da / 分子数: 2 / 断片: Dilute domain residues 1456-1848 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB11A, RAB11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62491
#2: タンパク質 Unconventional myosin-Vb


分子量: 49240.441 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-177 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYO5B, KIAA1119 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ULV0
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 17% peg, 100 mM NaCl, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月20日
放射モノクロメーター: si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→39 Å / Num. all: 52363 / Num. obs: 52120 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 66.83 Å2
反射 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→24.968 Å / SU ML: 0.83 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 35.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2953 2606 5 %random
Rwork0.231 ---
obs0.2342 52109 99.67 %-
all-52109 --
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.901 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.1086 Å2-0 Å2-0 Å2
2---6.4345 Å20 Å2
3----13.6741 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→24.968 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7947 0 58 125 8130
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088142
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00311051
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8952919
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511302
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041404
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.59630.3671350.2832568X-RAY DIFFRACTION100
2.5963-2.64620.39251330.29062535X-RAY DIFFRACTION100
2.6462-2.70020.37241370.28992599X-RAY DIFFRACTION99
2.7002-2.75880.37751340.29222539X-RAY DIFFRACTION100
2.7588-2.82290.4131370.3032600X-RAY DIFFRACTION100
2.8229-2.89340.4121340.28992558X-RAY DIFFRACTION100
2.8934-2.97150.36011360.26412588X-RAY DIFFRACTION100
2.9715-3.05880.3841350.25052563X-RAY DIFFRACTION100
3.0588-3.15730.35221360.26242577X-RAY DIFFRACTION100
3.1573-3.26990.34641360.25752590X-RAY DIFFRACTION100
3.2699-3.40060.31561380.26152606X-RAY DIFFRACTION100
3.4006-3.55490.32961360.26132602X-RAY DIFFRACTION100
3.5549-3.74180.34221370.25712595X-RAY DIFFRACTION100
3.7418-3.97530.3111370.2332612X-RAY DIFFRACTION100
3.9753-4.28080.24571380.2072622X-RAY DIFFRACTION100
4.2808-4.7090.25041380.18582615X-RAY DIFFRACTION100
4.709-5.38450.23791400.19912652X-RAY DIFFRACTION100
5.3845-6.76150.30911420.24432705X-RAY DIFFRACTION100
6.7615-24.96930.24531470.20442777X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3279-3.79830.05554.6505-0.46122.3110.188-0.5018-0.5053-0.15740.18890.71560.5313-0.5662-0.39150.6305-0.24810.01070.58960.04390.468627.9925-15.091440.2489
21.71050.4616-1.3811.257-0.53578.8080.05280.26270.2766-0.18460.1059-0.0088-0.8164-0.3418-0.17960.41390.0092-0.05490.2944-0.01160.487423.935121.89940.1416
32.2398-0.13450.64153.4435-2.21458.1557-0.1152-0.29140.07490.36170.0298-0.00520.0914-0.45550.10340.4304-0.0366-0.00840.3973-0.07330.47523.996610.018930.9869
47.2266-0.01622.3523.64633.88397.4686-0.2438-1.06530.66340.93660.209-0.3782-0.16080.6294-0.00431.1964-0.119-0.36290.7781-0.14370.631434.837715.237951.3478
51.6744-0.6584-1.80161.9453-1.20554.7101-0.20650.30320.24270.02290.02610.3797-0.422-0.32410.04980.6072-0.08470.00530.3737-0.01120.574225.130718.28045.1611
60.5788-0.08330.55281.32490.32621.18630.4359-0.0268-0.5814-1.06260.1480.43481.3087-0.37250.43541.4828-0.2834-0.56310.45640.0290.040625.8849-12.31381.0026
72.2832-0.82531.26133.14520.03963.86290.4683-0.0986-0.0363-0.5556-0.4122-0.23330.79020.5583-0.0440.65620.05590.12720.55140.09970.418460.3688-32.040844.7217
80.2096-0.0056-0.02280.46560.5220.59360.38310.3778-0.294-0.7352-0.34020.22991.18620.0935-0.15951.66870.2499-0.0060.4422-0.00940.490347.0397-32.733816.5298
90.43240.105-0.47020.0551-0.19962.56780.38220.4207-0.0256-0.5004-0.2215-0.04730.0498-0.28120.08851.70530.522-0.07240.78160.00260.449943.6323-25.05436.0345
101.4723-0.2523-1.00213.81010.66752.81360.02520.3978-0.1162-1.1214-0.434-0.3631-0.13490.01430.2431.17990.43630.46430.69230.260.726252.6001-22.5775-12.4296
112.3912-1.2478-0.34311.49830.22660.05280.32210.0427-0.2316-0.7528-0.5345-0.31160.6982-0.23160.21290.7274-0.06660.08140.5340.05330.454654.6425-30.200640.9657
120.1851.12020.35896.92072.91064.81320.5166-0.2920.3629-0.08650.07510.1659-0.2925-0.1816-0.52340.6046-0.2380.12220.74490.03950.440939.2065-10.627637.6277
134.4079-6.2501-4.69949.36886.77765.1115-0.16650.223-0.5288-0.25290.0542-0.24150.74680.2980.08461.27370.0539-0.07430.5364-0.12360.574434.7494-5.4623.235
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 7:173))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and ((resseq 1457:1627))
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and ((resseq 1651:1753))
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and ((resseq 1754:1806))
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and ((resseq 1807:1848))
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and ((resseq 10:172))
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and ((resseq 1454:1609))
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and ((resseq 1610:1696))
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and ((resseq 1702:1749))
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and ((resseq 1752:1803))
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and ((resseq 1813:1848))
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and ((resseq 201:202))
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and ((resseq 201:202))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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