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- PDB-6wjc: Muscarinic acetylcholine receptor 1 - muscarinic toxin 7 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wjc
タイトルMuscarinic acetylcholine receptor 1 - muscarinic toxin 7 complex
要素
  • Muscarinic acetylcholine receptor M1,Endolysin fusion
  • Muscarinic toxin 7
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / natural toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


saliva secretion / regulation of glial cell proliferation / positive regulation of monoatomic ion transport / Muscarinic acetylcholine receptors / receptor antagonist activity / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / cholinergic synapse / positive regulation of intracellular protein transport / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway ...saliva secretion / regulation of glial cell proliferation / positive regulation of monoatomic ion transport / Muscarinic acetylcholine receptors / receptor antagonist activity / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / cholinergic synapse / positive regulation of intracellular protein transport / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / neuromuscular synaptic transmission / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / regulation of locomotion / regulation of postsynaptic membrane potential / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / viral release from host cell by cytolysis / axon terminus / peptidoglycan catabolic process / postsynaptic density membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / cognition / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / nervous system development / presynaptic membrane / toxin activity / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / G protein-coupled receptor signaling pathway / dendrite / synapse / glutamatergic synapse / signal transduction / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Muscarinic acetylcholine receptor M1 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily ...Muscarinic acetylcholine receptor M1 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Ribbon / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETAMIDE / Chem-OIN / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Endolysin / Muscarinic acetylcholine receptor M1 / Muscarinic toxin 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
Dendroaspis angusticeps (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Maeda, S. / Kobilka, B.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM083118 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structure and selectivity engineering of the M1muscarinic receptor toxin complex.
著者: Maeda, S. / Xu, J. / N Kadji, F.M. / Clark, M.J. / Zhao, J. / Tsutsumi, N. / Aoki, J. / Sunahara, R.K. / Inoue, A. / Garcia, K.C. / Kobilka, B.K.
履歴
登録2020年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Muscarinic acetylcholine receptor M1,Endolysin fusion
C: Muscarinic toxin 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9908
ポリマ－64,6952
非ポリマー2,2956
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, pharmacological assay
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area26030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.148, 150.429, 76.927
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.770, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Muscarinic acetylcholine receptor M1,Endolysin fusion / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 56907.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: CHRM1, e, T4Tp126
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P11229, UniProt: D9IEF7, lysozyme
#2: タンパク質 Muscarinic toxin 7 / MT7 / Muscarinic toxin 1 / m1-toxin


分子量: 7787.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dendroaspis angusticeps (コブラ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8QGR0

-
非ポリマー , 4種, 13分子

#3: 化合物 ChemComp-ACM / ACETAMIDE / アセトアミド


分子量: 59.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO
#4: 化合物
ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-OIN / (1R,5S)-8-METHYL-8-AZABICYCLO[3.2.1]OCT-3-YL (2R)-3-HYDROXY-2-PHENYLPROPANOATE / ATROPINE / (2S)-2-フェニル-3-ヒドロキシプロピオン酸(1R,5S)-8-メチル-8-アザビシクロ[3.2.1]オクタン-(以下略)


分子量: 289.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, alkaloid*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22-27% SOKALAN, HEPES(7.5), 0.1M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→46.31 Å / Num. obs: 44412 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 149894 / Scaling rejects: 19
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.55-2.653.51.0931639446640.6490.6821.2911.299.9
9.54-46.313.20.0226398230.9990.0130.02435.894

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSVERSION Jan 26, 2018データ削減
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CXV, 2VLW

5cxv

2vlw


解像度: 2.55→44.11 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 40.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2626 1997 4.5 %
Rwork0.2445 42349 -
obs0.2453 44346 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 229.03 Å2 / Biso mean: 123.9659 Å2 / Biso min: 58.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→44.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4041 0 165 7 4213
Biso mean--142.34 103.33 -
残基数----514
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.55-2.610.45451430.476330263169100
2.61-2.680.47541430.451330453188100
2.68-2.760.4721430.435430253168100
2.76-2.850.50631430.382930283171100
2.85-2.950.41621430.351630133156100
2.95-3.070.39261420.329230363178100
3.07-3.210.3851430.311930193162100
3.21-3.380.28051430.286930373180100
3.38-3.590.30341440.26263043318799
3.59-3.870.25271380.26412953309197
3.87-4.260.24291420.21173010315299
4.26-4.880.21651440.19923048319299
4.88-6.140.24761430.23173035317899
6.14-44.110.20931430.20233031317498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5721-1.7351-0.11280.9084-1.10075.0992-0.23250.34640.02010.3635-0.0194-1.1833-0.07810.13080.15390.82210.027-0.15710.5314-0.06211.20268.865129.21881.6213
23.2695-0.57581.52370.67721.00133.4122-0.30160.25920.3595-0.24440.1153-0.0201-0.38760.40280.13820.6111-0.1006-0.00550.54410.06561.054125.581722.6029-0.1616
34.0827-0.4081-0.01741.34830.25345.2304-0.4206-0.07620.447-0.20620.0650.288-0.39520.00520.29650.9733-0.0704-0.24470.76440.01131.562144.11750.215129.3401
45.2253.0924-0.36212.22190.43812.296-0.1633-0.16350.0954-1.0391-0.4185-0.8394-0.152-0.06830.6310.751-0.06470.07080.60770.01680.276721.045522.572713.5449
57.00353.76640.97438.5929-3.1246.0509-0.4881-0.14551.2585-0.40420.1617-0.4105-0.5997-0.17860.31560.5029-0.02280.00850.7019-0.0451.035312.129529.84587.1791
68.84697.77975.40257.04595.13224.00811.17960.1587-0.62681.7918-0.3519-2.69742.35231.9268-0.74941.52960.2698-0.47440.8082-0.19251.893128.4864-20.7685-13.4884
76.9851-3.8963-4.08413.72383.64573.74070.1816-0.302-1.43640.70230.3688-1.02350.43922.3483-0.58241.17650.1552-0.21091.2459-0.16341.372531.944-7.1579-7.1824
89.1039-6.262-1.15354.30820.87533.676-0.02680.618-1.22661.8275-0.42481.18861.38640.7450.44461.45490.232-0.16990.7521-0.05991.832523.0405-14.8998-5.5463
95.5471-1.7634-3.63725.59796.95629.06370.11710.01590.09471.4979-0.1309-0.4817-0.74111.16510.0041.1390.1158-00.6001-0.18911.748316.44252.73182.3528
105.55374.3504-2.6683.8444-2.83533.5776-0.3017-0.0846-0.90031.4960.6674-0.78151.2907-0.3518-0.27291.26430.1867-0.36070.9079-0.15781.80222.969-10.7631-3.7265
115.1968-4.9325-1.36994.9199-0.10489.6765-1.4873-0.96960.72560.94610.7708-0.25821.7947-0.42020.81791.1321-0.01430.12950.90190.03452.154312.462-6.67561.0015
125.9287-4.93-4.64224.10073.86123.6392-0.11061.5639-1.6055-0.13660.23441.39151.4575-0.3625-0.15461.43850.1704-0.08651.0848-0.12542.005122.5449-12.7633-13.0452
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 17:57)A17 - 57
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 58:207)A58 - 207
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 208:218)A208 - 218
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 386:414)A386 - 414
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 415:461)A415 - 461
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 219:221)A219 - 221
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 222:235)A222 - 235
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 236:246)A236 - 246
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 247:254)A247 - 254
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 255:264)A255 - 264
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 265:273)A265 - 273
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 274:283)A274 - 283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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