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万見
- PDB-4lvr: Crystal structure of IFT81 N-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lvr
タイトルCrystal structure of IFT81 N-terminal domain
要素Intraflagellar transport protein 81
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CH domain / Tubulin/Microtubules
機能・相同性
機能・相同性情報


intraciliary transport involved in cilium assembly / intraciliary transport particle B / motile cilium / cilium assembly / tubulin binding / apical part of cell
類似検索 - 分子機能
Intraflagellar transport protein 81, N-terminal domain / Intraflagellar transport protein 81 / IFT81, calponin homology domain / IFT81, N-terminal domain superfamily / Intraflagellar transport 81 calponin homology domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Intraflagellar transport protein 81
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bhogaraju, S.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Molecular Basis of Tubulin Transport Within the Cilium by IFT74 and IFT81.
著者: Bhogaraju, S. / Cajanek, L. / Fort, C. / Blisnick, T. / Weber, K. / Taschner, M. / Mizuno, N. / Lamla, S. / Bastin, P. / Nigg, E.A. / Lorentzen, E.
履歴
登録2013年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intraflagellar transport protein 81


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1751
ポリマ－14,1751
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Intraflagellar transport protein 81

A: Intraflagellar transport protein 81

A: Intraflagellar transport protein 81

A: Intraflagellar transport protein 81


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7014
ポリマ－56,7014
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/31
Buried area7680 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area21290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.070, 75.070, 93.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Intraflagellar transport protein 81 / IFT81


分子量: 14175.346 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-124) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: IFT81, CHLREDRAFT_138649 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q68RJ5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.8 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月3日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→38 Å / Num. all: 5756 / Num. obs: 5727 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIXAutosolモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
XDSデータ削減
PHENIXAutosol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→37.91 Å / SU ML: 0.62 / σ(F): 2 / 位相誤差: 32.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2854 388 7.52 %RANDOM
Rwork0.2522 ---
all0.265 5756 --
obs0.2549 5162 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.925 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5196 Å20 Å2-0 Å2
2---2.5196 Å20 Å2
3----10.5239 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→37.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数922 0 0 0 922
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009942
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3681286
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.708336
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086151
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009165
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.97620.36571230.34481528X-RAY DIFFRACTION100
2.9762-3.74910.34781270.2971573X-RAY DIFFRACTION100
3.7491-37.9140.25211380.22311673X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6356-0.21571.97899.5545-1.52883.01210.40710.4576-0.40770.8352-0.3715-1.71921.0640.81230.31460.78360.0816-0.10910.5267-0.09271.006828.616422.69715.9468
21.9195-0.787-0.44622.9798-1.3010.9470.09290.6452-1.6972-0.0486-0.0338-0.12511.1801-0.12140.19981.34760.05170.2562-0.1931-0.75410.817617.859111.70774.1395
30.1024-0.594-0.98983.37245.63689.4172-0.04120.1708-0.74710.6507-0.90271.60861.3444-1.12710.95570.7521-0.20760.23311.0546-0.56551.025611.044413.9386-3.1649
41.9238-1.6148-0.60274.63313.77784.8658-0.55031.6052-0.5057-0.3017-0.0599-0.07510.6057-0.1370.4190.6766-0.14250.17220.8978-0.28330.594817.621321.4685-4.2661
53.683.0417-0.68452.8441-0.97150.6213-0.05730.00710.6318-0.14170.07220.75550.0561-0.17750.04650.7679-1.1613-0.04171.655-0.13810.94311.780125.853716.3273
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and ( resseq 1:29 )A1 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and ( resseq 30:58 )A30 - 58
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and ( resseq 59:71 )A59 - 71
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and ( resseq 72:114 )A72 - 114
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and ( resseq 115:124 )A115 - 124

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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