PDB-4lvp: Crystal structure of IFT81 N-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lvp

タイトル

Crystal structure of IFT81 N-terminal domain

要素

Intraflagellar transport protein 81

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / CH domain / Tubulin/Microtubules

機能・相同性

機能・相同性情報

intraciliary transport involved in cilium assembly / intraciliary transport particle B / motile cilium / cilium assembly / tubulin binding / apical part of cell
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.323 Å

データ登録者

Bhogaraju, S.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Molecular Basis of Tubulin Transport Within the Cilium by IFT74 and IFT81.
著者: Bhogaraju, S. / Cajanek, L. / Fort, C. / Blisnick, T. / Weber, K. / Taschner, M. / Mizuno, N. / Lamla, S. / Bastin, P. / Nigg, E.A. / Lorentzen, E.

履歴

登録	2013年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lvp.cif.gz	63.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lvp.ent.gz	48.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lvp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lvp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lvp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lvrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dip-4 1bbn-d 5v51-6 2xrh-d 1x66-d 2msx-d 2coa-d 6kx3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Intraflagellar transport protein 81

ヘテロ分子

15.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Intraflagellar transport protein 81

ヘテロ分子

A: Intraflagellar transport protein 81

ヘテロ分子

A: Intraflagellar transport protein 81

ヘテロ分子

A: Intraflagellar transport protein 81

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
60.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.066, 76.066, 94.063
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- TA0
2	1	A-203- TA0
3	1	A-304- HOH

#1: タンパク質	Intraflagellar transport protein 81 / IFT81 分子量: 14474.735 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-126) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: IFT81, CHLREDRAFT_138649 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q68RJ5
#2: 化合物	ChemComp-TA0 / Tantalum / タンタル181 分子量: 180.948 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ta
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.67 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.8 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.2545 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月3日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2545 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.323→38.277 Å / Num. all: 13116 / Num. obs: 13104 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 2.323→2.47 Å / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHENIX	Autosol	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
XDS		データ削減
PHENIX	Autosol	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.323→38.277 Å / SU ML: 0.73 / σ(F): 2.09 / 位相誤差: 23.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2391	660	5.03 %	RANDOM
R_work	0.2141	-	-	-
all	0.221	13116	-	-
obs	0.2153	13104	99.76 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.109 Å² / k_sol: 0.307 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.26 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.323→38.277 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	981	0	4	21	1006

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1003
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.295	1362
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.119	373
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	157
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	172

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.323-2.5021	0.3247	131	0.2951	2443	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5021-2.7539	0.3168	136	0.2919	2511	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7539-3.1522	0.3141	133	0.2642	2486	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1522-3.9708	0.2523	129	0.219	2509	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9708-38.2824	0.1764	131	0.169	2507	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1059	0.2433	0.1478	0.7033	0.3868	0.2136	-0.4348	0.6298	0.0727	-0.2968	-0.8629	-0.3183	-0.306	0.4404	-0.4482	0.3707	0.0654	0.1424	0.6134	0.2034	0.4156	29.1741	26.6702	2.2949
2	0.245	-0.3968	0.0838	1.8528	0.7703	0.7761	0.2531	0.2392	0.5883	0.5397	-0.3443	-0.437	0.4645	1.0162	0.1071	0.3371	-0.0352	0.0597	0.4685	0.0135	0.4063	25.838	23.9173	11.8455
3	0.3502	-0.1676	-0.2678	0.3302	0.5115	0.8167	-0.0821	-0.4878	0.07	0.2371	-0.0117	0.1795	0.9586	0.8127	0.0275	0.533	0.1584	0.0989	0.3153	0.0307	0.3319	24.5787	15.7113	3.788
4	1.8626	0.4542	1.3834	0.1077	0.3352	1.0081	0.4018	0.1937	-0.1329	-0.1237	0.4774	0.1911	0.447	-0.106	0.8715	1.0979	-0.1342	0.5383	0.1296	0.0663	0.7124	12.998	13.0553	9.627
5	0.0053	0.0031	-0.0082	0.0073	-0.0169	0.0526	-0.1071	-0.1927	0.0535	0.1765	-0.1683	0.1231	0.0374	0.1874	0.0008	1.2833	-0.0816	0.1772	0.4229	-0.0605	0.6015	16.6667	4.0222	3.0473
6	0.2981	0.1071	-0.0853	0.0723	-0.0299	0.0851	0.0103	0.8276	0.1261	-0.3224	-0.1106	1.2413	0.5908	-0.6342	-0.0148	0.6417	-0.0292	0.0073	0.4373	0.0086	0.5559	12.9778	17.3154	-5.828
7	0.4609	0.0691	0.0782	-0.0042	0.0203	0.2669	-0.2625	0.6779	0.3304	0.1477	0.0177	0.0953	0.2684	0.6647	-0.0442	0.4418	0.1196	0.1704	0.4916	0.0556	0.4058	20.77	17.6714	-6.795
8	0.0143	-0.0293	0.1267	0.0969	-0.4451	1.9878	-0.2859	-0.2343	1.0642	-0.3205	-0.5959	-0.7634	0.5656	-0.0333	-0.122	0.3099	-0.0096	-0.0465	0.3109	-0.0251	0.6691	12.7646	29.2812	7.0051
9	0.9463	-0.3751	-0.3543	0.7607	0.0047	0.1671	0.261	0.6872	0.7456	-0.6097	-0.1649	0.0268	-0.3481	0.0639	0.2949	0.3914	-0.1264	-0.0396	0.5959	-0.1095	0.3066	1.4672	27.752	16.2533

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and ( resseq 0:12 )	A	0 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and ( resseq 13:21 )	A	13 - 21
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and ( resseq 22:44 )	A	22 - 44
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and ( resseq 45:52 )	A	45 - 52
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and ( resseq 53:57 )	A	53 - 57
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and ( resseq 58:80 )	A	58 - 80
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and ( resseq 81:104 )	A	81 - 104
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain A and ( resseq 105:114 )	A	105 - 114
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain A and ( resseq 115:125 )	A	115 - 125

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