PDB-4lvo: Crystal structure of PfSUB1-prodomain-NIMP.M7 Fab complex with ad...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lvo

タイトル

Crystal structure of PfSUB1-prodomain-NIMP.M7 Fab complex with added CaCl2

要素

(Subtilisin-like serine ...) x 2
NIMP.M7 Fab heavy chain
NIMP.M7 Fab light chain

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR/IMMUNE SYSTEM / alpha beta / enzyme-prodomain complex / Rossmann fold / serine protease / calcium ions / prodomain / parasitophorous vacuole / HYDROLASE-INHIBITOR-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

subtilisin / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Withers-Martinez, C. / Blackman, M.J.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: The malaria parasite egress protease SUB1 is a calcium-dependent redox switch subtilisin.
著者: Withers-Martinez, C. / Strath, M. / Hackett, F. / Haire, L.F. / Howell, S.A. / Walker, P.A. / Evangelos, C. / Dodson, G.G. / Blackman, M.J.

履歴

登録	2013年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月11日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lvo.cif.gz	341.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lvo.ent.gz	275.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lvo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lvo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lvo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lvnC 1bh6S 1mlcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lvn-d 6id4-2 6id4-1 6s3t-4 6s3t-3 6s3t-2 6s3t-1 5a2x-d 6wh9-2 4k2u-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (11) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Subtilisin-like serine protease

B: NIMP.M7 Fab light chain

C: NIMP.M7 Fab heavy chain

P: Subtilisin-like serine protease

ヘテロ分子

96 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.340, 76.030, 77.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.03, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
Subtilisin-like serine ... , 2種, 2分子 AP

#1: タンパク質	Subtilisin-like serine protease 分子量: 38380.195 Da / 分子数: 1 / 断片: rPfSUB1cat (UNP residues 330-673) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: sub-1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q868D6, UniProt: O61142*PLUS, kexin
#4: タンパク質	Subtilisin-like serine protease 分子量: 10509.888 Da / 分子数: 1 / 断片: rPfSUB1 Prodp9 (UNP residues 127-219) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: sub-1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q868D6, UniProt: O61142*PLUS, kexin

-
抗体 , 2種, 2分子 BC

#2: 抗体	NIMP.M7 Fab light chain 分子量: 23110.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体	NIMP.M7 Fab heavy chain 分子量: 23838.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 2種, 204分子

#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.49 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M ammonium formate, 150mM NaCl, 40mM CaCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月30日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.26→76.17 Å / Num. all: 39382 / Num. obs: 38421 / % possible obs: 97.56 % / Observed criterion σ(F): 0.51 / Observed criterion σ(I): 5.88 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 31 Å² / R_merge(I) obs: 0.08488 / Net I/σ(I): 11.69
反射シェル	解像度: 2.26→2.34 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.5007 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique all: 3574 / % possible all: 91.69

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHENIX	autoMR	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	autoMR	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BH6 AND 1MLC

1bh6

1mlc

解像度: 2.26→29.34 Å / SU ML: 0.24 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2365	1922	5.01 %	random
R_work	0.1913	-	-	-
all	0.1936	38421	-	-
obs	0.1936	38398	97.56 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.26→29.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6441	0	3	201	6645

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6606
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9	8987
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.238	2341
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	1019
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1155

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.26-2.3165	0.3106	126	0.2521	2358	X-RAY DIFFRACTION	90
2.3165-2.3791	0.3274	138	0.2508	2577	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3791-2.4491	0.3118	140	0.2417	2587	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4491-2.5281	0.3169	154	0.2275	2587	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5281-2.6184	0.2788	134	0.2265	2623	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6184-2.7232	0.2477	133	0.2195	2657	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7232-2.847	0.2418	141	0.2156	2596	X-RAY DIFFRACTION	98
2.847-2.997	0.291	124	0.2199	2564	X-RAY DIFFRACTION	96
2.997-3.1845	0.2663	101	0.2137	2702	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1845-3.43	0.2552	130	0.2014	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.7746	0.2165	155	0.1816	2647	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7746-4.3193	0.2044	169	0.1531	2575	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3193-5.4362	0.1797	138	0.1449	2678	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4362-29.342	0.2054	139	0.1757	2669	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7936	-0.0763	-0.0188	1.0345	-0.028	0.8358	0.0084	-0.1514	-0.0036	0.0502	0.0365	-0.0205	-0.003	0.0162	-0.0393	0.2357	-0.0263	0.0082	0.212	-0.0122	0.2979	-45.8301	-19.3993	2.3656
2	3.4635	-0.1926	-0.8227	1.1286	-0.5746	1.7713	0.0503	0.3051	0.0905	-0.0154	0.0495	0.2976	-0.0554	-0.2234	-0.1182	0.278	-0.0113	-0.0421	0.2969	-0.0325	0.4072	-57.8142	-16.6157	-5.5251
3	2.4517	1.6252	-0.4419	2.4949	-0.5379	0.7631	0.0586	-0.0155	0.3437	-0.0308	0.0984	0.3991	-0.1455	-0.0977	-0.1224	0.2882	0.0251	0.0154	0.2504	-0.0026	0.4272	-17.2965	-3.6845	-15.2771
4	1.4938	0.4834	-0.5759	0.1769	-0.6104	1.9321	0.0169	0.1184	0.0963	-0.1251	-0.0489	0.1455	0.0681	0.2704	0.0465	0.3899	0.0278	-0.0142	0.3609	0.0261	0.3462	-4.6263	-11.3363	-31.4538
5	2.3052	-2.3796	-2.6016	6.9283	6.3783	6.9804	0.3544	0.4712	-0.0037	-0.5664	-0.2143	0.4793	-0.0511	-0.4651	-0.0926	0.4024	-0.0382	-0.0379	0.4701	-0.0166	0.3846	-0.0419	-8.1953	-42.7602
6	4.6279	-0.8726	-3.0651	2.0427	-0.421	6.2956	0.1494	1.0797	-0.5353	-0.2112	-0.3053	0.7283	0.1567	-0.8964	0.1814	0.4849	0.0112	0.0346	0.7371	-0.2184	0.7078	-3.4101	-15.9037	-48.0155
7	2.1936	-1.5749	-1.8592	4.9782	3.9307	6.2112	0.0803	0.4685	-0.0952	-0.2105	-0.2061	-0.0009	0.1631	-0.0243	0.1654	0.4952	-0.0066	-0.0614	0.6497	0.0047	0.3409	2.5932	-10.6543	-46.4363
8	1.9715	-0.4266	-0.9112	2.3961	0.4536	4.3215	-0.0773	0.0153	-0.2913	-0.2473	0.1235	-0.7109	0.1635	0.6288	-0.1043	0.3416	0.0022	0.0702	0.4253	0.0395	0.6267	-5.4932	-29.3419	-13.8785
9	1.5256	0.4637	-1.2079	1.2995	0.1045	2.6776	-0.0355	-0.0041	-0.0846	-0.0934	0.0565	-0.1945	0.1037	0.131	0.0182	0.2419	0.0091	-0.0151	0.2376	0.0112	0.3563	-14.5174	-25.0824	-8.8689
10	4.0461	-0.6493	-2.2725	2.4143	1.477	3.8873	0.0592	0.1826	-0.5106	0.1919	0.1752	0.5535	0.598	0.1936	-0.3796	0.4804	0.0117	0.0065	0.3868	-0.0272	0.4856	-0.6203	-31.3569	-27.2452
11	3.8971	-0.7159	-1.4249	5.4633	2.5725	5.2467	-0.0736	0.3178	0.1146	-0.4613	0.1523	-0.7589	-0.3399	0.0142	-0.0281	0.4304	0.0154	0.0684	0.5774	0.0189	0.3403	12.3357	-15.957	-39.7081
12	4.2314	-0.2286	1.5936	3.141	2.4843	2.899	-0.1129	0.1224	0.2568	-0.0298	-0.1549	0.2416	0.2511	0.1818	0.2825	0.5034	-0.019	0.013	0.5281	0.0335	0.3112	7.9803	-16.5335	-31.5018
13	7.1323	-2.3573	2.77	4.1396	3.4317	6.7093	0.9314	0.8702	0.4995	0.7089	-0.0703	-0.6705	-0.464	1.4437	-0.704	0.5066	-0.0327	0.0333	0.7997	0.0076	0.4893	20.1458	-12.9692	-34.8113
14	5.8335	1.8845	0.117	8.7641	-0.4571	4.3032	0.7658	0.7716	-0.2467	0.3609	0.262	0.0007	0.8075	0.0583	-0.8901	0.6641	-0.0058	-0.076	0.7043	-0.0268	0.5229	16.451	-23.4927	-32.2264
15	2.7632	0.8377	0.0916	5.3106	0.8141	4.5348	0.0163	-0.4569	0.604	-0.1537	-0.4827	0.0944	-0.364	-0.3158	0.4232	0.57	0.009	-0.0705	0.9737	-0.349	0.7145	-39.3026	-0.8115	25.4139
16	3.4888	0.0675	1.751	1.3802	1.0561	7.1998	-0.2073	-0.732	0.1492	0.6619	-0.0002	-0.128	-0.2222	0.2365	0.2342	0.5049	-0.0209	-0.0063	0.8267	-0.2288	0.5328	-34.5254	-9.3472	25.8849
17	3.3636	-0.7715	-1.2655	2.6069	1.55	8.8286	-0.1969	-1.3351	0.0939	0.7197	-0.2819	0.2532	0.7	-0.8286	0.5402	0.8343	-0.2469	0.1693	1.343	-0.5263	0.6901	-40.7503	-11.4135	36.3475
18	1.1134	2.78	1.5401	9.6319	5.8643	5.7539	0.0387	-0.8666	0.3369	0.4443	-0.4499	0.6702	0.0527	-0.7882	0.2787	0.4704	-0.0511	0.0759	0.9121	-0.148	0.4876	-48.3993	-13.2706	22.0732

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 333 through 552 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 553 through 668 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 1 through 91 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 92 through 130 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 131 through 151 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 152 through 164 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 165 through 212 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 1 through 17 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 18 through 113 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 114 through 126 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 127 through 152 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 153 through 191 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 192 through 206 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 207 through 219 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'P' and (resid 139 through 159 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'P' and (resid 160 through 185 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'P' and (resid 186 through 203 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'P' and (resid 204 through 217 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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