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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lvo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PfSUB1-prodomain-NIMP.M7 Fab complex with added CaCl2 | ||||||
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![]() | HYDROLASE/INHIBITOR/IMMUNE SYSTEM / alpha beta / enzyme-prodomain complex / Rossmann fold / serine protease / calcium ions / prodomain / parasitophorous vacuole / HYDROLASE-INHIBITOR-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() subtilisin / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Withers-Martinez, C. / Blackman, M.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The malaria parasite egress protease SUB1 is a calcium-dependent redox switch subtilisin. 著者: Withers-Martinez, C. / Strath, M. / Hackett, F. / Haire, L.F. / Howell, S.A. / Walker, P.A. / Evangelos, C. / Dodson, G.G. / Blackman, M.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 341.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 275.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Subtilisin-like serine ... , 2種, 2分子 AP
#1: タンパク質 | 分子量: 38380.195 Da / 分子数: 1 / 断片: rPfSUB1cat (UNP residues 330-673) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: sub-1 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q868D6, UniProt: O61142*PLUS, kexin |
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#4: タンパク質 | 分子量: 10509.888 Da / 分子数: 1 / 断片: rPfSUB1 Prodp9 (UNP residues 127-219) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: sub-1 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q868D6, UniProt: O61142*PLUS, kexin |
-抗体 , 2種, 2分子 BC
#2: 抗体 | 分子量: 23110.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#3: 抗体 | 分子量: 23838.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 2種, 204分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.49 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M ammonium formate, 150mM NaCl, 40mM CaCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月30日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.26→76.17 Å / Num. all: 39382 / Num. obs: 38421 / % possible obs: 97.56 % / Observed criterion σ(F): 0.51 / Observed criterion σ(I): 5.88 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08488 / Net I/σ(I): 11.69 |
反射 シェル | 解像度: 2.26→2.34 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.5007 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique all: 3574 / % possible all: 91.69 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1BH6 AND 1MLC 解像度: 2.26→29.34 Å / SU ML: 0.24 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.31 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.26→29.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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