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Yorodumi- PDB-4lvo: Crystal structure of PfSUB1-prodomain-NIMP.M7 Fab complex with ad... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4lvo | ||||||
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Title | Crystal structure of PfSUB1-prodomain-NIMP.M7 Fab complex with added CaCl2 | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/INHIBITOR/IMMUNE SYSTEM / alpha beta / enzyme-prodomain complex / Rossmann fold / serine protease / calcium ions / prodomain / parasitophorous vacuole / HYDROLASE-INHIBITOR-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information subtilisin / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.26 Å | ||||||
Authors | Withers-Martinez, C. / Blackman, M.J. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2014 Title: The malaria parasite egress protease SUB1 is a calcium-dependent redox switch subtilisin. Authors: Withers-Martinez, C. / Strath, M. / Hackett, F. / Haire, L.F. / Howell, S.A. / Walker, P.A. / Evangelos, C. / Dodson, G.G. / Blackman, M.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4lvo.cif.gz | 341.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4lvo.ent.gz | 275.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4lvo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lvo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lvo | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4lvnC 1bh6S 1mlcS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Subtilisin-like serine ... , 2 types, 2 molecules AP
#1: Protein | Mass: 38380.195 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: rPfSUB1cat (UNP residues 330-673) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Gene: sub-1 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: Q868D6, UniProt: O61142*PLUS, kexin |
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#4: Protein | Mass: 10509.888 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: rPfSUB1 Prodp9 (UNP residues 127-219) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Gene: sub-1 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: Q868D6, UniProt: O61142*PLUS, kexin |
-Antibody , 2 types, 2 molecules BC
#2: Antibody | Mass: 23110.436 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mus musculus (house mouse) |
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#3: Antibody | Mass: 23838.588 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mus musculus (house mouse) |
-Non-polymers , 2 types, 204 molecules
#5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 20% PEG 3350, 0.2M ammonium formate, 150mM NaCl, 40mM CaCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.92 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: May 30, 2013 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: graphite / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.26→76.17 Å / Num. all: 39382 / Num. obs: 38421 / % possible obs: 97.56 % / Observed criterion σ(F): 0.51 / Observed criterion σ(I): 5.88 / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08488 / Net I/σ(I): 11.69 |
Reflection shell | Resolution: 2.26→2.34 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.5007 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique all: 3574 / % possible all: 91.69 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1BH6 AND 1MLC Resolution: 2.26→29.34 Å / SU ML: 0.24 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.31 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.26→29.34 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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