PDB-4lv1: AmpC beta-lactamase in complex with [1-(3-chlorophenyl)-1H-pyrazo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lv1

タイトル

AmpC beta-lactamase in complex with [1-(3-chlorophenyl)-1H-pyrazol-4-yl] boronic acid

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / AMPC BETA-LACTAMASE / CLASS C / HYDROLASE / BORONIC ACID / COVALENT INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

London, N. / Eidam, O. / Shoichet, B.K.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Covalent docking of large libraries for the discovery of chemical probes.
著者: London, N. / Miller, R.M. / Krishnan, S. / Uchida, K. / Irwin, J.J. / Eidam, O. / Gibold, L. / Cimermancic, P. / Bonnet, R. / Shoichet, B.K. / Taunton, J.

履歴

登録	2013年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月5日	Group: Database references
改定 1.2	2014年11月26日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lv1.cif.gz	293.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lv1.ent.gz	238.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lv1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4lv1_validation.pdf.gz	460.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lv1_full_validation.pdf.gz	467.1 KB	表示
XML形式データ	4lv1_validation.xml.gz	32 KB	表示
CIF形式データ	4lv1_validation.cif.gz	47.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lv1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lv1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lv0C 4lv2C 4lv3C 4m8tC 1ke4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1l0g-2 4e3o-1 2pu4-2 3ms8-2 3ixg-2 1llb-1 1ke0-1 4kz6-2 1l0e-1 4lv2-2 4lv2-1 4e3j-2 6ypd-d 6yeo-1 3gv9-1 1l0d-2 1nwr-4 1ll5-2 2zc7-1 1l2s-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

80 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.580, 77.540, 97.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.46, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Cephalosporinase 分子量: 39587.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ampA, ampC, b4150, JW4111 / プラスミド: POGO295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-NL9 / [1-(3-chlorophenyl)-1H-pyrazol-4-yl]boronic acid 分子量: 222.436 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈BClN₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 1.7 M POTASSIUM PHOSPHATE, pH 8.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月18日

放射

モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.11587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.74→50 Å / Num. obs: 81119 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 21.71 Å² / R_merge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 20.57

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.74-1.79		0.531	2.37	21968	5950	99.8
1.79-1.83		0.399	3.15	21605	5832	99.8
1.83-1.89		0.321	3.93	20986	5674	99.9
1.89-1.95		0.238	5.32	20500	5510	99.8
1.95-2.01		0.178	7.19	19977	5359	99.7
2.01-2.08		0.139	9.16	19223	5161	99.7
2.08-2.16		0.109	11.73	18576	4967	99.7
2.16-2.25		0.084	14.81	17902	4790	99.8
2.25-2.35		0.073	17.11	17261	4605	99.9
2.35-2.46		0.058	20.43	16543	4416	99.7
2.46-2.59		0.05	23.33	15692	4180	99.8
2.59-2.75		0.042	27.32	14922	3975	99.6
2.75-2.94		0.035	32.77	13984	3732	99.8
2.94-3.18		0.029	39.52	12902	3472	99.6
3.18-3.48		0.024	46.62	11792	3199	99.6
3.48-3.89		0.021	53.21	10562	2912	99.6
3.89-4.49		0.018	56.48	9036	2548	99.1
4.49-5.5		0.017	59.22	8328	2189	99.7
5.5-7.78		0.017	57.65	6441	1699	99.4
	7.78	0.014	62.76	3408	949	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1KE4

1ke4

解像度: 1.74→45.549 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / FOM work R set: 0.872 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1953	3001	3.7 %
R_work	0.1702	-	-
obs	0.1712	81114	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 55.38 Å² / B_iso mean: 20.3716 Å² / B_iso min: 6.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→45.549 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5502	0	55	495	6052

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	5784
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.498	7941
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.107	864
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1025
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.674	2059

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.74-1.7685	0.2874	141	0.2543	3705	3846
1.7685-1.799	0.2559	156	0.2435	3687	3843
1.799-1.8317	0.2361	139	0.2199	3704	3843
1.8317-1.8669	0.2415	137	0.2043	3714	3851
1.8669-1.905	0.2438	95	0.2073	3740	3835
1.905-1.9465	0.2264	121	0.1959	3721	3842
1.9465-1.9917	0.2147	153	0.1995	3694	3847
1.9917-2.0416	0.2397	135	0.1877	3734	3869
2.0416-2.0968	0.2138	143	0.1728	3691	3834
2.0968-2.1584	0.1966	161	0.1696	3694	3855
2.1584-2.2281	0.2083	145	0.1708	3728	3873
2.2281-2.3077	0.1794	128	0.1692	3720	3848
2.3077-2.4001	0.2207	149	0.1763	3675	3824
2.4001-2.5094	0.1878	132	0.1727	3778	3910
2.5094-2.6417	0.2127	141	0.1812	3686	3827
2.6417-2.8071	0.198	158	0.1887	3698	3856
2.8071-3.0238	0.2028	167	0.1843	3713	3880
3.0238-3.3281	0.1911	152	0.1731	3735	3887
3.3281-3.8094	0.1652	140	0.1458	3728	3868
3.8094-4.7986	0.1596	168	0.1307	3740	3908
4.7986-45.549	0.1894	140	0.1561	3828	3968

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.243	0.5895	-0.2843	1.2325	-0.1298	1.1686	0.0366	-0.1879	-0.0294	0.1438	-0.0632	0.0778	0.2294	-0.1116	0.0265	0.1471	-0.0435	-0.0036	0.0893	-0.0168	0.0962	23.0039	-9.5091	23.8817
2	1.7228	-0.0362	-0.4537	2.1234	-0.6008	1.5671	-0.0091	0.208	0.1263	-0.2913	-0.0158	-0.1291	-0.0606	0.0635	0.0242	0.1235	-0.0269	0.0017	0.1084	0.0137	0.1113	38.5776	8.5766	7.4239
3	2.1741	1.0482	0.0909	1.5663	-0.0312	1.3174	0.0579	-0.2133	-0.0215	0.1646	-0.1044	-0.0573	0.0737	0.0252	0.0365	0.1045	-0.0051	-0.0075	0.0616	0.0054	0.0798	30.7561	-1.9343	22.8876
4	1.709	-0.3823	-0.0047	1.4125	-0.1893	1.2158	-0.1435	0.0158	-0.2783	-0.0524	0.1284	-0.1959	0.5763	0.833	0.0204	0.2409	0.1498	0.0359	0.4501	-0.003	0.2292	84.1185	-13.1717	21.6382
5	0.9891	-0.2232	-0.3517	1.6953	-0.0338	1.5366	-0.0278	-0.2018	0.0279	0.2541	0.0899	0.0967	-0.127	0.1322	-0.055	0.1284	-0.0342	0.0037	0.1476	0.0066	0.0925	64.2339	9.0107	35.9078
6	0.9516	-0.8365	-0.1267	1.7597	-0.1741	1.8921	-0.0477	0.0088	-0.0529	-0.0735	0.0299	-0.0009	0.1646	0.2969	0.0129	0.0926	-0.0324	-0.0007	0.1803	0.0009	0.1249	72.4179	-2.9629	23.4707

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 4:83)	A	4 - 83
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 84:182)	A	84 - 182
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 183:361)	A	183 - 361
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESID 4:66)	B	4 - 66
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID 67:182)	B	67 - 182
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 183:361)	B	183 - 361

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