PDB-4lv0: AmpC beta-lactamase in complex with m-aminophenyl boronic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lv0

タイトル

AmpC beta-lactamase in complex with m-aminophenyl boronic acid

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / AMPC BETA-LACTAMASE / CLASS C / HYDROLASE / BORONIC ACID / COVALENT INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.652 Å

データ登録者

London, N. / Eidam, O. / Shoichet, B.K.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Covalent docking of large libraries for the discovery of chemical probes.
著者: London, N. / Miller, R.M. / Krishnan, S. / Uchida, K. / Irwin, J.J. / Eidam, O. / Gibold, L. / Cimermancic, P. / Bonnet, R. / Shoichet, B.K. / Taunton, J.

履歴

登録	2013年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月5日	Group: Database references
改定 1.2	2014年11月26日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lv0.cif.gz	302.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lv0.ent.gz	244.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lv0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4lv0_validation.pdf.gz	452.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lv0_full_validation.pdf.gz	456.4 KB	表示
XML形式データ	4lv0_validation.xml.gz	35 KB	表示
CIF形式データ	4lv0_validation.cif.gz	54.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lv0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lv1C 4lv2C 4lv3C 4m8tC 1ke4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4kg5-4 1xgj-1 1kds-2 1fcm-1 4wz4-d 1ke0-2 6tzj-3 4e3k-1 4jxw-1 6yeo-2 5za2-2 3ws1-3 3ws2-2 5chj-1 1iel-2 6dpz-1 4okp-1 4e3l-1 1ke4-1 3o86-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

79.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.460, 77.460, 97.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.040, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Cephalosporinase 分子量: 39587.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ampA, ampC, b4150, JW4111 / プラスミド: POGO295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-APB / M-AMINOPHENYLBORONIC ACID / 3-アミノフェニルボロン酸分子量: 136.944 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈BNO₂
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 802 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 1.7 M POTASSIUM PHOSPHATE, pH 8.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月31日

放射

モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.11587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 91648 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 20.84 Å² / R_merge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 20.54

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.65-1.7		0.519	2.1	17029	6524	94.1
1.7-1.74		0.414	2.67	17469	6581	96.2
1.74-1.79		0.306	3.61	17002	6368	96.4
1.79-1.85		0.239	4.61	16541	6193	96.5
1.85-1.91		0.208	5.4	16200	6061	96.1
1.91-1.97		0.131	8.72	15254	5792	95.8
1.97-2.05		0.099	10.67	15004	5631	97.3
2.05-2.13		0.074	14.06	14632	5487	97.7
2.13-2.23		0.061	16.69	13951	5237	97
2.23-2.34		0.053	20.29	12602	4833	93.9
2.34-2.46		0.039	24.07	12814	4812	98
2.46-2.61		0.032	28.11	12093	4566	98
2.61-2.79		0.027	32.5	11319	4267	97.8
2.79-3.02		0.022	38.8	10433	3950	97.3
3.02-3.3		0.018	46.36	9581	3668	97.6
3.3-3.69		0.016	53.29	8478	3300	96.7
3.69-4.27		0.014	58.62	7498	2903	96.9
4.27-5.22		0.013	62.8	6777	2526	98.7
5.22-7.39		0.013	60.81	5223	1965	98.8
	7.39	0.012	64.68	2485	984	87.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1KE4

1ke4

解像度: 1.652→45.672 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8643 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1941	3372	3.68 %
R_work	0.1639	-	-
obs	0.165	91645	96.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 56.91 Å² / B_iso mean: 21.9469 Å² / B_iso min: 6.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.652→45.672 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5521	0	25	802	6348

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	5751
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.513	7887
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.104	862
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1020
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.246	2043

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.652-1.6758	0.2967	144	0.255	3465	3609	93
1.6758-1.7008	0.2759	151	0.2422	3615	3766	96
1.7008-1.7274	0.3004	121	0.2232	3696	3817	96
1.7274-1.7557	0.2162	119	0.2219	3618	3737	96
1.7557-1.786	0.265	143	0.2172	3662	3805	97
1.786-1.8185	0.2471	140	0.2012	3680	3820	96
1.8185-1.8534	0.2337	147	0.1982	3656	3803	97
1.8534-1.8913	0.2216	112	0.199	3711	3823	97
1.8913-1.9324	0.2988	106	0.2592	3597	3703	95
1.9324-1.9773	0.2045	137	0.1865	3694	3831	97
1.9773-2.0268	0.2245	132	0.1756	3698	3830	97
2.0268-2.0816	0.2005	140	0.1638	3719	3859	98
2.0816-2.1428	0.2091	161	0.161	3691	3852	98
2.1428-2.212	0.1979	165	0.1599	3701	3866	98
2.212-2.2911	0.2498	113	0.1959	3506	3619	92
2.2911-2.3828	0.2194	135	0.1561	3720	3855	98
2.3828-2.4912	0.1814	142	0.1553	3746	3888	98
2.4912-2.6226	0.2035	144	0.1576	3738	3882	98
2.6226-2.7868	0.1721	155	0.1598	3687	3842	98
2.7868-3.002	0.1928	162	0.1581	3713	3875	98
3.002-3.304	0.1784	157	0.158	3726	3883	98
3.304-3.7819	0.1535	134	0.1381	3714	3848	97
3.7819-4.764	0.1572	172	0.1261	3745	3917	98
4.764-45.672	0.1858	140	0.16	3775	3915	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9068	0.4649	0.0716	1.0904	0.159	0.9279	0.0257	-0.1468	-0.0461	0.1883	-0.0627	0.0756	0.2857	-0.1242	0.0059	0.1623	-0.0512	0.0158	0.0966	-0.0109	0.1035	23.4166	-9.5205	23.791
2	0.8379	0.0751	-0.2157	1.5164	-0.239	1.0635	-0.0416	0.1368	0.124	-0.2425	0.0109	-0.0851	-0.0553	0.0743	0.0129	0.1382	-0.0392	0.0116	0.1066	0.0076	0.1193	38.8751	10.8892	7.1611
3	1.3902	0.7843	-0.0136	1.3757	0.0952	1.0919	0.0515	-0.1465	-0.0024	0.178	-0.0712	-0.0462	0.0779	0.0293	0.0185	0.1083	-0.009	-0.0029	0.0718	0.0022	0.0906	31.3782	-2.5222	22.2399
4	0.8404	-0.1923	0.2495	1.0098	-0.0817	1.0019	-0.0755	-0.0196	-0.1512	0.0043	0.1304	-0.1156	0.3555	0.5877	-0.0387	0.1706	0.0764	0.0038	0.3752	-0.0215	0.176	79.5643	-10.9	23.7984
5	0.4783	0.0175	-0.2091	1.3409	0.2232	1.0865	-0.0126	-0.1285	0.1048	0.2415	0.0569	0.0303	-0.1716	0.0897	-0.0439	0.1688	-0.0655	0.0009	0.1677	-0.0131	0.1334	63.9306	14.1891	36.8601
6	0.8171	-0.582	-0.2409	1.3712	0.0899	1.7516	-0.0409	-0.0369	-0.0629	-0.0228	0.0889	-0.0367	0.0923	0.3183	-0.0131	0.074	-0.0549	-0.0027	0.1916	-0.0066	0.1323	70.9815	-0.7437	26.266

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:83)	A	4 - 83
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 84:172)	A	84 - 172
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 173:361)	A	173 - 361
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 4:83)	B	4 - 83
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 84:131)	B	84 - 131
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 132:361)	B	132 - 361

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