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万見
- PDB-4luh: Complex of ovine serum albumin with 3,5-diiodosalicylic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4luh
タイトルComplex of ovine serum albumin with 3,5-diiodosalicylic acid
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Helical structure / transport / Fatty acids / metabolites
機能・相同性
機能・相同性情報


enterobactin binding / blood microparticle / lipid binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2Q5 / ACETATE ION / 2-HYDROXY-3,5-DIIODO-BENZOIC ACID / FORMIC ACID / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / MALONATE ION / SUCCINIC ACID / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bujacz, A. / Talaj, J.A. / Pietrzyk, A.J. / Bujacz, G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of ovine serum albumin and its complex with 3,5-diiodosalicylic acid
著者: Bujacz, A. / Talaj, J.A. / Pietrzyk, A.J.
履歴
登録2013年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,75816
ポリマ－66,4281
非ポリマー2,33015
水3,783210
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.530, 118.530, 120.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-739-

HOH

21A-887-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66427.820 Da / 分子数: 1 / 断片: Mature form of ovine serum albumin / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: P14639

-
非ポリマー , 8種, 225分子

#2: 化合物 ChemComp-DIU / 2-HYDROXY-3,5-DIIODO-BENZOIC ACID / 2-HYDROXY-3,5-DIIODOBENZOIC ACID / 3,5-ジヨ-ドサリチル酸


分子量: 389.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H4I2O3
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 化合物 ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#8: 化合物 ChemComp-2Q5 / (2R)-2-{[(2R)-2-{[(2S)-2-{[(2R)-2-hydroxypropyl]oxy}propyl]oxy}propyl]oxy}propan-1-ol


分子量: 250.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O5
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 70% Tacsimate, 4% PPG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 50089 / Num. obs: 50067 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.44 % / Biso Wilson estimate: 44.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 2.96
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 7.55 % / Rmerge(I) obs: 0.0843 / Mean I/σ(I) obs: 2.96 / Num. unique all: 6156 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4LUF

4luf


解像度: 2.2→47.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 8.706 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20887 1503 3 %RANDOM
Rwork0.17098 ---
all0.17212 50089 --
obs0.17212 48564 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.437 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å20.52 Å2-0 Å2
2--0.52 Å2-0 Å2
3----1.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4645 0 129 210 4984
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0194884
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.171.9946592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7495584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.0124.955224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.94215870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.7961522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2718
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9443.0062336
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9654.4882915
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.0143.7712548
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.03827.3087754
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 110 -
Rwork0.23 3547 -
obs-3547 99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.40370.1465-0.39070.7907-0.26030.40960.05540.0894-0.0045-0.1813-0.0423-0.0856-0.0334-0.0993-0.01310.12650.0260.02170.09780.03320.074463.3937-17.5901-6.6947
20.09610.06920.26040.28320.32570.80160.01840.02330.01850.1376-0.0024-0.01130.18010.0572-0.0160.12550.00950.00190.0668-0.00590.129867.5416-35.27494.1795
31.4877-0.5174-0.22550.34910.17640.1302-0.1357-0.13250.14370.19440.11970.03520.17080.06830.01610.24740.08550.03650.04270.02020.06268.6084-31.915714.2123
40.11390.15550.04320.29690.17981.06060.02080.03790.070.01260.04820.0095-0.0225-0.0495-0.0690.1139-0.00180.01860.04570.01710.135354.6164-11.361516.83
51.1119-0.16-1.01530.63710.62691.3366-0.0258-0.10110.17770.08570.1681-0.01970.12610.2404-0.14230.11040.0333-0.00630.0829-0.0080.112268.7547-12.412220.9664
62.39880.06040.44930.00510.05080.7335-0.0208-0.02170.0842-0.00440.0114-0.0077-0.0937-0.03310.00930.12910.0317-0.00170.05850.00410.101945.7855-2.862933.7954
71.2281-1.41020.36112.10870.12680.73260.0193-0.1061-0.0746-0.0169-0.00440.07770.0583-0.1866-0.01480.0834-0.01320.00670.1030.01060.109438.3974-9.726931.6417
81.7063-4.353-0.476211.70881.75210.616-0.0679-0.117-0.12130.31580.10010.26110.1378-0.1446-0.03230.0931-0.02210.04360.08340.03160.110240.9463-25.023135.8276
92.3464-0.80141.26590.87240.50772.1606-0.0397-0.0937-0.05660.08120.01310.04060.0726-0.10670.02660.0847-0.0715-0.01860.0813-0.01280.113840.6239-40.929220.9345
100.64190.14920.34710.20050.32520.7439-0.00110.0856-0.01670.04040.0861-0.06950.0250.0166-0.08510.1202-0.0148-0.01590.1162-0.02220.085447.9929-31.978420.0685
111.40691.01210.63871.45471.01570.79440.0571-0.03430.12130.0308-0.18220.208-0.0172-0.04540.12510.0656-0.0419-0.01790.1294-0.03570.112134.2134-28.75817.6874
120.1899-0.2447-0.06530.9360.65810.55550.07940.06750.10180.184-0.0471-0.15020.229-0.0159-0.03240.16660.00710.00360.1095-0.0020.108542.4145-51.827512.7607
132.2082-1.7886-1.47651.5021.48843.3081-0.1779-0.1312-0.0790.25850.10890.06910.49560.14810.06890.278-0.04910.01820.03880.00880.014940.9569-61.519716.6657
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2A107 - 147
3X-RAY DIFFRACTION3A148 - 198
4X-RAY DIFFRACTION4A199 - 250
5X-RAY DIFFRACTION5A251 - 295
6X-RAY DIFFRACTION6A296 - 336
7X-RAY DIFFRACTION7A337 - 366
8X-RAY DIFFRACTION8A367 - 398
9X-RAY DIFFRACTION9A399 - 417
10X-RAY DIFFRACTION10A418 - 468
11X-RAY DIFFRACTION11A469 - 497
12X-RAY DIFFRACTION12A498 - 537
13X-RAY DIFFRACTION13A538 - 583

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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