PDB-4lua: Crystal structure of N-acetyltransferase from Staphylococcus aure...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lua

タイトル

Crystal structure of N-acetyltransferase from Staphylococcus aureus Mu50

要素

N-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / NAT_SF / acetyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetyltransferase activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6001 Å

データ登録者

Srivastava, P. / Forwood, J.K.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of the N-acetyltransferase SAV0826 from Staphylococcus aureus.
著者: Srivastava, P. / Khandokar, Y.B. / Forwood, J.K.

履歴

登録	2013年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lua.cif.gz	83 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lua.ent.gz	62.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lua.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/4lua ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/4lua	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3g8wS 4mbu S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1x1s-d 2xd7-3 5isn-d 6gvt-d 4h89-d 1rrf-d 4efm-d 6zir-d 2znv-1 3gxk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (3) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: N-acetyltransferase

ヘテロ分子

19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.939, 84.939, 49.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-385- HOH

#1: タンパク質	N-acetyltransferase 分子量: 19252.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / 遺伝子: SAV0826 / プラスミド: pMCSG21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q99VI0, UniProt: A0A0H3JYD9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.38 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 2.25M sodium formate,100mM sodium acetate trihydrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月13日
放射	モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→28.31 Å / Num. all: 24260 / Num. obs: 24239 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.8 % / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 9.6 % / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	(McPhillips	データ収集
CCP4		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3G8W

3g8w

解像度: 1.6001→26.86 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2081	1235	5.11 %
R_work	0.1784	-	-
obs	0.1798	24191	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6001→26.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1276	0	6	154	1436

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	1327
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.754	1797
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.661	486
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.133	205
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	228

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6001-1.6641	0.2771	112	0.2295	2483	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6641-1.7398	0.2561	138	0.2079	2492	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7398-1.8316	0.2469	168	0.1916	2479	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8316-1.9463	0.1865	134	0.1872	2516	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9463-2.0965	0.2079	127	0.1764	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0965-2.3074	0.237	151	0.1753	2523	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3074-2.641	0.2135	137	0.1834	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.641-3.3264	0.1861	135	0.1796	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3264-26.864	0.1951	133	0.1661	2746	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3159	0.1663	-0.0353	0.2541	-0.3344	0.4983	0.0145	-0.2482	-0.1632	0.0584	0.0373	-0.3112	-0.5844	-0.0357	0.0278	0.2549	-0.0138	0.0133	0.1615	-0.0208	0.1721	-27.736	9.8285	6.4994
2	0.4349	-0.3418	0.1817	0.7953	-0.515	0.7171	0.2169	-0.1198	0.0431	0.6923	0.3338	-0.6075	-0.4433	0.1566	0.5575	0.3701	-0.0944	-0.0674	0.2586	-0.1384	0.2747	-18.8603	6.7786	16.2935
3	0.6225	0.1479	-0.0695	0.0416	-0.1004	0.1348	-0.3584	-0.5047	0.0977	0.3824	-0.0602	-0.6403	-0.4402	0.1976	-0.2279	0.2607	-0.0327	-0.1208	0.2542	0.0341	0.2329	-21.4393	-8.3169	17.6204
4	0.7638	0.0785	-0.0999	0.3928	-0.3197	1.9949	0.3054	-0.1026	0.4393	0.2149	0.1004	-0.9028	-0.5732	0.4893	0.4801	0.1882	-0.0777	-0.0774	0.2096	-0.1027	0.4278	-18.1483	5.6556	9.1047
5	0.6017	-0.058	-0.1805	0.5205	-0.3737	1.0309	0.0167	-0.1581	-0.215	-0.3096	-0.0667	-0.227	-0.5752	0.3485	-0.0681	0.2023	-0.0449	0.0168	0.1475	-0.0116	0.2132	-21.3188	0.6962	6.4849
6	0.0638	-0.0012	0.0344	-0.0043	-0.0035	0.0065	-0.0796	0.2861	-0.0768	-0.3839	0.1452	-0.9273	0.331	0.6524	0.0085	0.2404	0.0432	0.1309	0.3483	-0.0435	0.3935	-14.9121	-7.3932	-2.5248
7	0.4174	-0.1434	-0.1892	0.999	0.3194	0.1327	0.0805	0.0002	-0.0229	-0.1388	-0.0752	0.1026	-0.1423	-0.0546	0.0001	0.1741	0.0108	-0.0278	0.1255	-0.0159	0.1565	-29.2045	-0.8318	5.0345
8	0.4568	-0.129	0.0818	1.0076	0.6926	0.4247	-0.0122	0.1222	-0.1299	-0.2106	-0.1087	0.0296	-0.0065	-0.0138	-0.0019	0.1496	-0.0011	-0.0148	0.1404	0.0084	0.1262	-27.2759	-10.5946	3.0056
9	-0.0135	0.046	-0.0031	0.2038	0.1767	0.2674	0.1458	0.1011	-0.3479	-0.2098	-0.185	0.1347	-0.017	0.3042	0.0035	0.1142	0.0314	-0.0307	0.1602	-0.0017	0.1661	-25.655	-17.8636	1.4322
10	0.6245	0.5831	-0.5126	1.118	-0.5188	0.3968	0.4584	-0.107	-0.2894	0.9256	-0.1956	-0.5088	0.4876	0.4403	0.1397	0.2964	0.0068	-0.1038	0.2749	0.0594	0.2724	-15.708	-18.4536	15.3209
11	1.3678	0.1351	-0.0458	0.134	0.0794	0.0631	-0.0604	0.2713	-0.2167	-0.5866	0.0349	-0.1055	0.1236	0.0504	-0.2112	0.2898	-0.0069	-0.0141	0.1641	-0.0206	0.1109	-25.6187	-13.0588	-2.5962

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 8 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 9 through 22 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 23 through 37 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 38 through 61 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 62 through 72 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 73 through 84 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 85 through 109 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 110 through 133 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 134 through 141 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 142 through 153 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 154 through 163 )

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