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Yorodumi- PDB-4mbu: Crystal structure of N-acetyltransferase from Staphylococcus aure... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4mbu | ||||||
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Title | Crystal structure of N-acetyltransferase from Staphylococcus aureus Mu50 | ||||||
Components | Similar to N-acetyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / N-acetyltransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus subsp. aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.15 Å | ||||||
Authors | Srivastava, P. / Khandokar, Y. / Forwood, J.K. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2014 Title: Structural characterization of a Gcn5-related N-acetyltransferase from Staphylococcus aureus. Authors: Srivastava, P. / Khandokar, Y.B. / Swarbrick, C.M. / Roman, N. / Himiari, Z. / Sarker, S. / Raidal, S.R. / Forwood, J.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4mbu.cif.gz | 146.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4mbu.ent.gz | 114.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4mbu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4mbu_validation.pdf.gz | 436.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4mbu_full_validation.pdf.gz | 436.3 KB | Display | |
Data in XML | 4mbu_validation.xml.gz | 16.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4mbu_validation.cif.gz | 23.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/4mbu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/4mbu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 18949.441 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus subsp. aureus (bacteria) Strain: Mu50 / Gene: N-acetyltransferase, SAV2529 / Plasmid: pMCSG21 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)pLysS / References: UniProt: Q99RA6, UniProt: A0A0H3JXG2*PLUS #2: Chemical | ChemComp-CD / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.13 Å3/Da / Density % sol: 60.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.047 M cadmium sulfate hydrate, 0.094 M HEPES pH 7.5,0.94 M sodium acetate trihydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 13, 2013 |
Radiation | Monochromator: Silicon Double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→31.52 Å / Num. all: 82832 / Num. obs: 23855 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.15→33.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.94 / Phase error: 21.22 / Stereochemistry target values: ML / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.875 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→33.15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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