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- PDB-6gvt: Hybrid structure of the pRN1 helix bundle domain in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gvt
タイトルHybrid structure of the pRN1 helix bundle domain in complex with DNA and 2 ATP molecules
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3')
  • functional pRN1 primase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / pRN1 primase / dinucleotide formation / quaternary structure of the helix bundle domain / synergistic effect
機能・相同性
機能・相同性情報


helicase activity / hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 - #50 / DNA primase/polymerase, bifunctional, N-terminal / Primase helical domain / Bifunctional DNA primase/polymerase, N-terminal / Primase helical domain / Bifunctional DNA primase/polymerase, N-terminal / DNA primase, phage/plasmid / D5 N terminal like / Domain of unknown function DUF5906 / Family of unknown function (DUF5906) ...Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 - #50 / DNA primase/polymerase, bifunctional, N-terminal / Primase helical domain / Bifunctional DNA primase/polymerase, N-terminal / Primase helical domain / Bifunctional DNA primase/polymerase, N-terminal / DNA primase, phage/plasmid / D5 N terminal like / Domain of unknown function DUF5906 / Family of unknown function (DUF5906) / DNA primase/nucleoside triphosphatase, C-terminal / Poxvirus D5 protein-like / : / Bacteriophage/plasmid primase, P4, C-terminal / D5 N terminal like / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / SF3 helicase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus islandicus (古細菌)
手法溶液NMR / 個体NMR / simulated annealing
データ登録者Boudet, J. / Wiegand, T. / Meier, B.H. / Lipps, G. / Allain, F.H.-T.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030_163345 スイス
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: A Small Helical Bundle Prepares Primer Synthesis by Binding Two Nucleotides that Enhance Sequence-Specific Recognition of the DNA Template.
著者: Boudet, J. / Devillier, J.C. / Wiegand, T. / Salmon, L. / Meier, B.H. / Lipps, G. / Allain, F.H.
履歴
登録2018年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3')
B: functional pRN1 primase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2986
ポリマ－16,2362
非ポリマー1,0634
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2680 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area8380 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3')


分子量: 2706.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Sulfolobus islandicus (古細菌)
#2: タンパク質 functional pRN1 primase


分子量: 13528.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first stage of the hybrid structure determination includes structural data from the helix bundle domain quaternary structure
由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus (古細菌) / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54324
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
114isotropic23D HNCA
124isotropic23D HN(CO)CA
134isotropic23D HN(CA)CB
144isotropic23D CBCA(CO)NH
154isotropic23D HNCO
164isotropic23D C(CO)NH
174isotropic23D H(CCO)NH
184isotropic13D 1H-15N NOESY
194isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1104isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1115isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
2126isotropic13D 1H-15N NOESY
1139isotropic22D 1H-1H NOESY
1149isotropic22D 1H-1H TOCSY
2157isotropic22D 1H-1H NOESY
2166isotropic22D 1H-1H TOCSY
1175isotropic32D 1H-13C HSQC aromatic
1185isotropic32D 1H-13C HSQC aliphatic
1195isotropic22D-F1fF2f-NOESY
1205isotropic22D-F2f-NOESY
1215isotropic23D-13C-aliphatic-HfilteredHedited-NOESY
1225isotropic23D-13C-aliphatic-HfilteredHedited-NOESY
22310isotropic23D-13C-aromatic-HfilteredHedited-NOESY
22410isotropic23D-13C-aromatic-HfilteredHedited-NOESY
3257isotropic22D-imino-NOESY
1267isotropic32D-natural-abundance-CHSQC
4278isotropic4DARR
4288isotropic4NCX(R)
4298isotropic4NCX(W)
4308isotropic5CHHP
4318isotropic5NHHP
4328isotropic531P CPMAS
4338isotropic531P-31P-DARR
4348isotropic431P CPMAS
1354isotropic12D 1H-15N HSQC
2364isotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution41.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] pRN1 helix bundle domain in complex with DNA and ATP, 1.0 mM DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3'), 4.0 mM ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, 10 mM magnesium, 90% H2O/10% D2O13C-15N-hbd-hybrid-H2O-pH790% H2O/10% D2O
solution50.7 mM [U-100% 13C] pRN1 helix bundle domain in complex with DNA and ATP, 0.7 mM DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3'), 4.0 mM ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, 10.0 mM magnesium, 100% D2O13C-hbd-hybrid-D2O-pH7100% D2O
solution61.0 mM [U-99% 15N] pRN1 helix bundle domain in complex with DNA and ATP, 1.0 mM DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3'), 4.0 mM ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, 10.0 mM magnesium, 90% H2O/10% D2O15N-hbd-hybrid-H2O-pH590% H2O/10% D2O
solution71.0 mM pRN1 the helix bundle domain in complex with DNA and ATP, 1.0 mM DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3'), 4.0 mM ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, 10.0 mM magnesium, 90% H2O/10% D2O1H-hbd-hybrid-H2O-pH590% H2O/10% D2O
solution91.0 mM pRN1 helix bundle domain in complex with DNA and ATP, 1.0 mM DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3'), 4.0 mM ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, 10.0 mM magnesium, 90% H2O/10% D2O1H-hbd-hybrid-H2O-pH790% H2O/10% D2O
solid84.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] functional-pRN1-primase, 4.0 mM DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3'), 10.0 mM ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, 10.0 mM magnesium, 90% H2O/10% D2O13C-15N-pRN1-primase-solid-state90% H2O/10% D2O
solution101.0 mM [U-100% 13C] pRN1 helix bundle domain in complex with DNA and ATP, 1.0 mM DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3'), 4.0 mM ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, 10 mM magnesium, 100% D2O13C-hbd-hybrid-D2O-pH5100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMpRN1 helix bundle domain in complex with DNA and ATP[U-99% 13C; U-99% 15N]4
1.0 mMDNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3')natural abundance4
4.0 mMADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATEnatural abundance4
10 mMmagnesiumnatural abundance4
0.7 mMpRN1 helix bundle domain in complex with DNA and ATP[U-100% 13C]5
0.7 mMDNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3')natural abundance5
4.0 mMADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATEnatural abundance5
10.0 mMmagnesiumnatural abundance5
1.0 mMpRN1 helix bundle domain in complex with DNA and ATP[U-99% 15N]6
1.0 mMDNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3')natural abundance6
4.0 mMADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATEnatural abundance6
10.0 mMmagnesiumnatural abundance6
1.0 mMpRN1 the helix bundle domain in complex with DNA and ATPnatural abundance7
1.0 mMDNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3')natural abundance7
4.0 mMADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATEnatural abundance7
10.0 mMmagnesiumnatural abundance7
1.0 mMpRN1 helix bundle domain in complex with DNA and ATPnatural abundance9
1.0 mMDNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3')natural abundance9
4.0 mMADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATEnatural abundance9
10.0 mMmagnesiumnatural abundance9
4.0 mMfunctional-pRN1-primase[U-99% 13C; U-99% 15N]8
4.0 mMDNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3')natural abundance8
10.0 mMADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATEnatural abundance8
10.0 mMmagnesiumnatural abundance8
1.0 mMpRN1 helix bundle domain in complex with DNA and ATP[U-100% 13C]10
1.0 mMDNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3')natural abundance10
4.0 mMADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATEnatural abundance10
10 mMmagnesiumnatural abundance10
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
125mM phosphate buffer, NaCl 50mM50 mM NaCl 10mM MgCl2 mMNMR-solution-pH77ambient atm298 K
225mM acetate buffer, NaCl 100mM100 mM NaCl 10mM MgCl2 mMNMR-solution-pH5-25C5ambient atm298 K
3100 mM NaCl 10mM MgCl2 mMNMR-solution-pH5-5C5ambient atm278 K
450 mM NaCl 10mM MgCl2 mMNMR-solid-state7ambient atm278 K

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データ収集

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD9001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6003
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8504
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III5005

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert P.structure calculation
SparkyGoddardデータ解析
MARSJung and Zweckstetterchemical shift assignment
CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrichpeak picking
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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