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万見
- PDB-4lrt: Crystal and solution structures of the bifunctional enzyme (Aldol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lrt
タイトルCrystal and solution structures of the bifunctional enzyme (Aldolase/Aldehyde dehydrogenase) from Thermomonospora curvata, reveal a cofactor-binding domain motion during NAD+ and CoA accommodation whithin the shared cofactor-binding site
要素
  • 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
  • Acetaldehyde dehydrogenase
キーワードLyase/OXIDOREDUCTASE / Rosmmann Fold / TIM barrel / Dehydrogenase / aldolase / Lyase-OXIDOREDUCTASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase / 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase activity / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) / 2-isopropylmalate synthase activity / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) activity / L-leucine biosynthetic process / catabolic process / NAD binding / manganese ion binding
類似検索 - 分子機能
DmpG-like communication / 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase / 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase, N-terminal catalytic TIM barrel domain / DmpG-like communication domain / Acetaldehyde dehydrogenase / Acetaldehyde dehydrogenase, C-terminal / Prokaryotic acetaldehyde dehydrogenase, dimerisation / : / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding ...DmpG-like communication / 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase / 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase, N-terminal catalytic TIM barrel domain / DmpG-like communication domain / Acetaldehyde dehydrogenase / Acetaldehyde dehydrogenase, C-terminal / Prokaryotic acetaldehyde dehydrogenase, dimerisation / : / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / PYRUVIC ACID / Acetaldehyde dehydrogenase / 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermomonospora curvata (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Fischer, B. / Branlant, G. / Talfournier, F. / Gruez, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal and solution structures of the bifunctional enzyme (Aldolase/Aldehyde dehydrogenase) from Thermomonospora curvata, reveal a cofactor-binding domain motion during NAD+ and CoA ...タイトル: Crystal and solution structures of the bifunctional enzyme (Aldolase/Aldehyde dehydrogenase) from Thermomonospora curvata, reveal a cofactor-binding domain motion during NAD+ and CoA accommodation whithin the shared cofactor-binding site
著者: Fischer, B. / Branlant, G. / Talfournier, F. / Gruez, A.
履歴
登録2013年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
B: Acetaldehyde dehydrogenase
C: 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
D: Acetaldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,23019
ポリマ－142,9094
非ポリマー2,32015
水24,5721364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14490 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area41360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.500, 116.700, 131.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase / HOA / 4-hydroxy-2-keto-pentanoic acid aldolase / 4-hydroxy-2-oxopentanoate aldolase


分子量: 37326.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermomonospora curvata (バクテリア)
株: DSM 43183 / 遺伝子: Tcur_0536 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 (DE3) / 参照: UniProt: D1A3K8, 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
#2: タンパク質 Acetaldehyde dehydrogenase / Acetaldehyde dehydrogenase [acetylating]


分子量: 34127.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermomonospora curvata (バクテリア)
株: DSM 43183 / 遺伝子: Tcur_0535 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 (DE3)
参照: UniProt: D1A3K7, acetaldehyde dehydrogenase (acetylating)

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非ポリマー , 7種, 1379分子

#3: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3 / 参照: 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / 参照: acetaldehyde dehydrogenase (acetylating)
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 26-34% PEG 4000 or 3350, 0.1 M Tris, 0.2 M Li2SO4, 0.005 M CoA, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
PH範囲: 7.5-9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月11日
放射モノクロメーター: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors plus channel cut cryogenically cooled monochromator crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→46.45 Å / Num. all: 208563 / Num. obs: 812171 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.89 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 22.53
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 3.15 % / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 3.04 / % possible all: 52.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4LRS

4lrs


解像度: 1.5→46.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 2.166 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17016 10429 5 %RANDOM
Rwork0.15139 ---
obs0.15234 198134 100 %-
all-208563 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.556 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.96 Å20 Å20 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3---0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→46.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9307 0 142 1364 10813
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02111172
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3341.96815417
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.57351554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.91924.032496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.154151763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.321596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.21728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218953
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5951.57212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.021211732
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.75933960
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8824.53684
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 445 -
Rwork0.206 8438 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.68360.06020.07720.21980.03450.26560.0104-0.0158-0.0962-0.0202-0.01930.00280.0261-0.00790.00890.00870.00380.00060.005-0.00160.030129.92-8.8034-21.2039
20.77970.31830.10890.5564-0.04620.44130.0054-0.1607-0.00550.0695-0.0309-0.0415-0.0427-0.00210.02550.02970.0103-0.0110.0416-0.00240.005254.98045.3479-1.3574
30.58450.12670.04860.3470.01490.18870.0129-0.05610.02930.0307-0.0041-0.0355-0.01160.0011-0.00880.016-0.00090.00430.0065-0.00720.0233-4.0783-9.6061-22.1537
40.5748-0.12420.1580.52180.09150.52020.02710.0324-0.0627-0.0381-0.02720.05420.0179-0.06180.00010.0212-0.0064-0.00070.0154-0.00660.0152-28.7846-26.9539-38.8626
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 343
2X-RAY DIFFRACTION2B20 - 314
3X-RAY DIFFRACTION3C11 - 345
4X-RAY DIFFRACTION4D21 - 313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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