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- PDB-4lrs: Crystal and solution structures of the bifunctional enzyme (Aldol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lrs
タイトルCrystal and solution structures of the bifunctional enzyme (Aldolase/Aldehyde dehydrogenase) from Thermomonospora curvata, reveal a cofactor-binding domain motion during NAD+ and CoA accommodation whithin the shared cofactor-binding site
要素
  • 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
  • Acetaldehyde dehydrogenase
  • Symmetric aldolase, C-terminal disordered residues
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / TIM barrel domain / Dehydrogenase / aldolase
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase / 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase activity / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) / 2-isopropylmalate synthase activity / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) activity / L-leucine biosynthetic process / catabolic process / NAD binding / manganese ion binding
類似検索 - 分子機能
DmpG-like communication / 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase / 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase, N-terminal catalytic TIM barrel domain / DmpG-like communication domain / Acetaldehyde dehydrogenase / Acetaldehyde dehydrogenase, C-terminal / Prokaryotic acetaldehyde dehydrogenase, dimerisation / : / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding ...DmpG-like communication / 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase / 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase, N-terminal catalytic TIM barrel domain / DmpG-like communication domain / Acetaldehyde dehydrogenase / Acetaldehyde dehydrogenase, C-terminal / Prokaryotic acetaldehyde dehydrogenase, dimerisation / : / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMYL GROUP / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYRUVIC ACID / Acetaldehyde dehydrogenase / 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermomonospora curvata (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Fischer, B. / Branlant, G. / Talfournier, F. / Gruez, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal and solution structures of the bifunctional enzyme (Aldolase/Aldehyde dehydrogenase) from Thermomonospora curvata, reveal a cofactor-binding domain motion during NAD+ and CoA ...タイトル: Crystal and solution structures of the bifunctional enzyme (Aldolase/Aldehyde dehydrogenase) from Thermomonospora curvata, reveal a cofactor-binding domain motion during NAD+ and CoA accommodation whithin the shared cofactor-binding site
著者: Fischer, B. / Branlant, G. / Talfournier, F. / Gruez, A.
履歴
登録2013年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
B: Acetaldehyde dehydrogenase
N: Symmetric aldolase, C-terminal disordered residues
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,95423
ポリマ－71,6863
非ポリマー2,26820
水10,178565
1
A: 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
B: Acetaldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
B: Acetaldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,44644
ポリマ－142,9094
非ポリマー4,53640
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area18570 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area41360 Å2
手法PISA
2
N: Symmetric aldolase, C-terminal disordered residues


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 231 Da, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2311
ポリマ－2311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.880, 92.210, 56.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.59, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase / HOA / 4-hydroxy-2-keto-pentanoic acid aldolase / 4-hydroxy-2-oxopentanoate aldolase


分子量: 37326.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermomonospora curvata (バクテリア)
株: DSM 43183 / 遺伝子: Tcur_0536 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 (DE3) / 参照: UniProt: D1A3K8, 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
#2: タンパク質 Acetaldehyde dehydrogenase / Acetaldehyde dehydrogenase [acetylating]


分子量: 34127.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermomonospora curvata (バクテリア)
株: DSM 43183 / 遺伝子: Tcur_0535 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 (DE3)
参照: UniProt: D1A3K7, acetaldehyde dehydrogenase (acetylating)

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 N

#3: タンパク質・ペプチド Symmetric aldolase, C-terminal disordered residues


分子量: 231.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermomonospora curvata (バクテリア)
株: DSM 43183 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 (DE3)

-
非ポリマー , 9種, 585分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#10: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#11: 化合物 ChemComp-FOR / FORMYL GROUP / ホルムアルデヒド


分子量: 30.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 26-34% PEG 4000 or 3350, 0.1 M Tris, 0.2 M Li2SO4, 0.005M NAD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
PH範囲: 7.5-9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.8856
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月11日
放射モノクロメーター: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI- MORPH MIRRORS PLUS CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→43.35 Å / Num. obs: 424737 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.98 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 13.68
反射 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 3.01 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 3.06 / % possible all: 85.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NVM

1nvm


解像度: 1.55→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 3.01 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 5337 5 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.166 101394 97.7 %-
all-424737 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å20 Å21.03 Å2
2---1.1 Å20 Å2
3---2.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4682 0 145 565 5392
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195350
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4611.9747337
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5615733
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.65323.684228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.44615811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7041546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2842
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.67335350
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free19.4955122
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.31655685
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 338 -
Rwork0.195 6419 -
obs--84.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9196-0.0521-0.00980.46370.01480.3128-0.00620.092-0.0314-0.03080.01980.05680.00330.0127-0.01360.1079-0.0039-0.00110.1160.0030.010156.766991.134917.2404
20.40250.2753-0.03371.37860.14270.4403-0.03810.07960.064-0.14540.02140.37830.0183-0.12250.01670.121-0.0131-0.04870.15750.02020.2215.649884.850212.6331
30.472-0.0591-0.08041.15880.0870.3420.0226-0.00820.1-0.00120.00530.1181-0.0507-0.0366-0.02790.09840.00130.00950.09430.00530.141731.8427101.085222.0027
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 346
2X-RAY DIFFRACTION2B22 - 144
3X-RAY DIFFRACTION2B294 - 315
4X-RAY DIFFRACTION3B145 - 293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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