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万見
- PDB-4log: The crystal structure of the orphan nuclear receptor PNR ligand b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4log
タイトルThe crystal structure of the orphan nuclear receptor PNR ligand binding domain fused with MBP
要素Maltose ABC transporter periplasmic protein and NR2E3 protein chimeric construct
キーワードTRANSCRIPTION / PNR / ligand binding domain / orphan nuclear receptor / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / sequence-specific DNA binding / periplasmic space / DNA-binding transcription factor activity / DNA damage response / zinc ion binding / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) ...Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / NR2E3 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O104:H4 (大腸菌)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tan, M.E. / Zhou, X.E. / Soon, F.-F. / Li, X. / Li, J. / Yong, E.-L. / Melcher, K. / Xu, H.E.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: The Crystal Structure of the Orphan Nuclear Receptor NR2E3/PNR Ligand Binding Domain Reveals a Dimeric Auto-Repressed Conformation.
著者: Tan, M.H. / Zhou, X.E. / Soon, F.F. / Li, X. / Li, J. / Yong, E.L. / Melcher, K. / Xu, H.E.
履歴
登録2013年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose ABC transporter periplasmic protein and NR2E3 protein chimeric construct
B: Maltose ABC transporter periplasmic protein and NR2E3 protein chimeric construct


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,3772
ポリマ－127,3772
非ポリマー00
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area36840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.435, 184.936, 85.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Maltose ABC transporter periplasmic protein and NR2E3 protein chimeric construct


分子量: 63688.711 Da / 分子数: 2
断片: K0BGG6_ECO1E unp residues 26-392; Q8IVZ9_HUMAN unp residues 129-322
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O104:H4 (大腸菌), (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
株: K12 / DH10B / 遺伝子: ECDH10B_4223, malE, O3O_01660, NR2E3 / プラスミド: pETDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: K0BGG6, UniProt: Q8IVZ9, UniProt: P0AEX9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CRYSTALLIZED SEQUENCE CONSISTS OF MBP FUSED PNR (NUCLEAR RECEPTOR NR2E3) IN WHICH MBP AND PNR ...THE CRYSTALLIZED SEQUENCE CONSISTS OF MBP FUSED PNR (NUCLEAR RECEPTOR NR2E3) IN WHICH MBP AND PNR ARE FUSED AS A SINGLE CHAIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6 / 詳細: PEG6000, pH 5.6, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月15日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 38683 / Num. obs: 35685 / % possible obs: 83.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.0655 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 67.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb id 3P0U (for PNR), pdb id 1OMP (for MBP)

3p0u

1omp


解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.75 / SU B: 12.425 / SU ML: 0.259 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.611 / ESU R Free: 0.361 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30744 2958 7.7 %RANDOM
Rwork0.28544 ---
obs0.28712 35657 96.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å20 Å20 Å2
2---0.95 Å20 Å2
3---1.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6172 0 0 62 6234
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.026318
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.024318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1451.9728573
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.852310586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.455781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.48424.76271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.114151096
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5231528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2962
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216934
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021234
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3251.53929
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5031.51558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.45126325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.79332387
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0394.52242
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.397310634
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free12.158562
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.254510490
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.457 137 -
Rwork0.391 1533 -
obs--60.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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