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万見
- PDB-3p0u: Crystal Structure of the ligand binding domain of human testicula... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p0u
タイトルCrystal Structure of the ligand binding domain of human testicular receptor 4
要素Nuclear receptor subfamily 2 group C member 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ligand binding domain / Orphan nuclear receptor / testicular receptor 4
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of embryonic development / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of JNK cascade / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / nervous system development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis ...positive regulation of embryonic development / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of JNK cascade / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / nervous system development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...: / : / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear receptor subfamily 2 group C member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhou, X.E. / Suino-Powell, K.M. / Xu, Y. / Chan, C.-W. / Kruse, S.W. / Reynolds, R. / Engel, J.D. / Xu, H.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: The Orphan Nuclear Receptor TR4 Is a Vitamin A-activated Nuclear Receptor.
著者: Zhou, X.E. / Suino-Powell, K.M. / Xu, Y. / Chan, C.W. / Tanabe, O. / Kruse, S.W. / Reynolds, R. / Engel, J.D. / Xu, H.E.
履歴
登録2010年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 2 group C member 2
B: Nuclear receptor subfamily 2 group C member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2042
ポリマ－56,2042
非ポリマー00
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area23370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.479, 140.963, 184.863
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 2 group C member 2 / Orphan nuclear receptor TR4 / Testicular receptor 4 / Orphan nuclear receptor TAK1


分子量: 28102.188 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand binding domain / 変異: K539A, K550A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR2C2, TAK1, TR4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49116
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES, 25% w/v PEG 3,350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 17576 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル
解像度 (Å)% possible all
3-3.077
3.56-3.78100
3.78-4.0799.7
4.07-4.48100
4.48-5.13100
5.13-6.4699.9
6.46-5098.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 41.216 / SU ML: 0.337 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.419 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 1228 7.2 %RANDOM
Rwork0.258 ---
obs0.26001 15825 99.78 %-
all-17090 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 72.439 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.2 Å20 Å20 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----7.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3485 0 0 73 3558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223557
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022369
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4181.9684827
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96735801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6725432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.28124.323155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.00615622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6261518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213864
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02696
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7421.52190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5571.5868
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.19823552
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.31931367
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.84.51275
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.54435926
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free16.676573
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.77955854
LS精密化 シェル解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 85 -
Rwork0.367 1146 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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