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- PDB-4ln3: The crystal structure of hemagglutinin from a H7N9 influenza viru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ln3
タイトルThe crystal structure of hemagglutinin from a H7N9 influenza virus (A/Shanghai/1/2013)
要素(Hemagglutinin) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / RECEPTOR SPECIFICITY
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Villanueva, J.M. / Stevens, J.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structural Analysis of the Hemagglutinin from the Recent 2013 H7N9 Influenza Virus.
著者: Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Villanueva, J.M. / Stevens, J.
履歴
登録2013年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
I: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin
K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,70326
ポリマ－337,51112
非ポリマー4,19314
水4,738263
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,62114
ポリマ－168,7556
非ポリマー2,8668
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33400 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area59110 Å2
手法PISA
2
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2815
ポリマ－56,2522
非ポリマー1,0293
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6830 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area24090 Å2
手法PISA
3
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0604
ポリマ－56,2522
非ポリマー8082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area23920 Å2
手法PISA
4
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2815
ポリマ－56,2522
非ポリマー1,0293
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6790 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area24220 Å2
手法PISA
5
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
ヘテロ分子

I: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin
ヘテロ分子

K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,08312
ポリマ－168,7556
非ポリマー1,3276
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation4_555x+1/2,-y+1/2,-z1
Buried area32180 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area56870 Å2
手法PISA
6
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6944
ポリマ－56,2522
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6480 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area23230 Å2
手法PISA
7
I: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6944
ポリマ－56,2522
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6450 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area23220 Å2
手法PISA
8
K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6944
ポリマ－56,2522
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6490 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area23180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.297, 154.289, 154.933
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13A
23G
14A
24I
15A
25K
16B
26D
17B
27F
18B
28H
19B
29J
110B
210L
111C
211E
112C
212G
113C
213I
114C
214K
115D
215F
116D
216H
117D
217J
118D
218L
119E
219G
120E
220I
121E
221K
122F
222H
123F
223J
124F
224L
125G
225I
126G
226K
127H
227J
128H
228L
129I
229K
130J
230L

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYPROPROAA0 - 3154 - 319
21GLYGLYPROPROCC0 - 3154 - 319
12GLYGLYPROPROAA0 - 3154 - 319
22GLYGLYPROPROEE0 - 3154 - 319
13GLYGLYPROPROAA0 - 3154 - 319
23GLYGLYPROPROGG0 - 3154 - 319
14GLYGLYPROPROAA0 - 3154 - 319
24GLYGLYPROPROII0 - 3154 - 319
15GLYGLYPROPROAA0 - 3154 - 319
25GLYGLYPROPROKK0 - 3154 - 319
16ALAALAILEILEBB5 - 1715 - 171
26ALAALAILEILEDD5 - 1715 - 171
17ALAALAILEILEBB5 - 1715 - 171
27ALAALAILEILEFF5 - 1715 - 171
18ILEILEGLNGLNBB6 - 1686 - 168
28ILEILEGLNGLNHH6 - 1686 - 168
19ILEILEGLNGLNBB6 - 1686 - 168
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110ILEILEGLNGLNBB6 - 1686 - 168
210ILEILEGLNGLNLL6 - 1686 - 168
111GLYGLYPROPROCC0 - 3154 - 319
211GLYGLYPROPROEE0 - 3154 - 319
112GLYGLYPROPROCC0 - 3154 - 319
212GLYGLYPROPROGG0 - 3154 - 319
113GLYGLYPROPROCC0 - 3154 - 319
213GLYGLYPROPROII0 - 3154 - 319
114GLYGLYPROPROCC0 - 3154 - 319
214GLYGLYPROPROKK0 - 3154 - 319
115ALAALAILEILEDD5 - 1715 - 171
215ALAALAILEILEFF5 - 1715 - 171
116ILEILEGLNGLNDD6 - 1686 - 168
216ILEILEGLNGLNHH6 - 1686 - 168
117ILEILEGLNGLNDD6 - 1686 - 168
217ILEILEGLNGLNJJ6 - 1686 - 168
118ILEILEGLNGLNDD6 - 1686 - 168
218ILEILEGLNGLNLL6 - 1686 - 168
119GLYGLYPROPROEE0 - 3154 - 319
219GLYGLYPROPROGG0 - 3154 - 319
120GLYGLYPROPROEE0 - 3154 - 319
220GLYGLYPROPROII0 - 3154 - 319
121GLYGLYPROPROEE0 - 3154 - 319
221GLYGLYPROPROKK0 - 3154 - 319
122ILEILEGLNGLNFF6 - 1686 - 168
222ILEILEGLNGLNHH6 - 1686 - 168
123ILEILEGLNGLNFF6 - 1686 - 168
223ILEILEGLNGLNJJ6 - 1686 - 168
124ILEILEGLNGLNFF6 - 1686 - 168
224ILEILEGLNGLNLL6 - 1686 - 168
125GLYGLYPROPROGG0 - 3154 - 319
225GLYGLYPROPROII0 - 3154 - 319
126GLYGLYPROPROGG0 - 3154 - 319
226GLYGLYPROPROKK0 - 3154 - 319
127ILEILEASNASNHH6 - 1696 - 169
227ILEILEASNASNJJ6 - 1696 - 169
128ILEILEASNASNHH6 - 1696 - 169
228ILEILEASNASNLL6 - 1696 - 169
129GLYGLYPROPROII0 - 3154 - 319
229GLYGLYPROPROKK0 - 3154 - 319
130ILEILEASNASNJJ6 - 1696 - 169
230ILEILEASNASNLL6 - 1696 - 169

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
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25
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27
28
29
30

-
要素

#1: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 35379.805 Da / 分子数: 6 / 断片: HA1 subunit residues 19-339 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Shanghai/02/2013(H7N9) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: R4NN21*PLUS
#2: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 20871.959 Da / 分子数: 6 / 断片: HA2 subunit residues 340-517 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Shanghai/02/2013(H7N9) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: R4NN21*PLUS
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl pH8.5, 16% PEG4000, Microbatch, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年7月3日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 8263 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→49.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 25.663 / SU ML: 0.248 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.861 / ESU R Free: 0.313 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24411 5396 5 %RANDOM
Rwork0.21058 ---
all0.213 ---
obs0.21224 102348 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.285 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20 Å20 Å2
2---1.28 Å20 Å2
3---0.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→49.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22542 0 271 263 23076
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01923277
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0221509
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6491.9531464
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1073.00349283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.04152877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.30324.5741161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.296153951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.90415165
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.23416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0226887
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.025532
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A184150.05
12C184150.05
21A185180.04
22E185180.04
31A184480.05
32G184480.05
41A184120.05
42I184120.05
51A184380.04
52K184380.04
61B89190.05
62D89190.05
71B89510.06
72F89510.06
81B86590.06
82H86590.06
91B86740.06
92J86740.06
101B86490.06
102L86490.06
111C184610.05
112E184610.05
121C184000.04
122G184000.04
131C183820.05
132I183820.05
141C184750.04
142K184750.04
151D89840.04
152F89840.04
161D86910.05
162H86910.05
171D86970.05
172J86970.05
181D86770.05
182L86770.05
191E184700.04
192G184700.04
201E184410.05
202I184410.05
211E184810.04
212K184810.04
221F87280.04
222H87280.04
231F87120.04
232J87120.04
241F86800.06
242L86800.06
251G186120.03
252I186120.03
261G185330.03
262K185330.03
271H88890.03
272J88890.03
281H88660.04
282L88660.04
291I185030.04
292K185030.04
301J88740.04
302L88740.04
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.442 378 -
Rwork0.382 7467 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4455-0.442-0.4210.59580.74341.1236-0.0670.1069-0.09290.1341-0.0650.12380.1550.02650.1320.1046-0.07420.02860.1715-0.03120.060457.9363-6.75722.03
20.9346-0.4882-0.63050.27190.32270.58990.02240.0280.09280.0070.0357-0.0460.0652-0.1137-0.05810.0862-0.00380.04150.199-0.02070.069334.974624.500933.8693
30.633-0.7625-0.48371.14430.43710.4906-0.0696-0.13890.1394-0.01970.1415-0.15530.10210.1006-0.07190.08020.0343-0.06180.1484-0.02520.10983.96182.165219.3035
40.2757-0.2646-0.46190.61280.66160.95910.04780.04810.02450.1221-0.0553-0.04890.041-0.07810.00750.09770.02860.00430.1554-0.03770.097952.6733.735142.3245
51.1673-0.4404-0.720.51510.46460.56210.13960.1558-0.0132-0.0944-0.064-0.1173-0.1189-0.1382-0.07570.05280.03030.03190.18530.07610.09175.132219.2137-6.7344
60.5201-0.5368-0.22670.85690.38940.1967-0.05520.06250.12720.09440.025-0.02030.0502-0.01930.03020.06010.04420.02940.17520.01270.127143.394842.174224.6215
70.2609-0.33230.16651.1983-0.15790.1919-0.03630.0102-0.01730.11640.0804-0.076-0.0133-0.1122-0.04410.08350.023-0.06830.21030.00720.071798.024934.072844.3892
81.2633-0.89930.85440.79-0.65160.59160.05640.05290.0629-0.08-0.06470.04130.06090.04990.00840.12340.0976-0.09250.21010.02710.172174.830666.98915.0548
90.19020.11840.09960.1880.25280.9635-0.0346-0.02360.0766-0.0141-0.0365-0.03120.0568-0.12310.07110.0524-0.0785-0.00120.18-0.01890.129432.8988-20.873434.2441
100.33120.56010.3691.00430.55340.50870.02530.0305-0.04040.0840.0105-0.0527-0.01520.0455-0.03580.1338-0.1092-0.02390.2188-0.10430.129362.14252.316867.2895
110.93940.0757-0.28780.2143-0.1310.210.07230.06910.11640.091-0.03630.01240.0050.0042-0.03610.1183-0.00410.02060.15390.07340.09243.076144.2361-20.9868
120.44680.331-0.49150.2962-0.48540.8353-0.05-0.0119-0.059-0.02870.0182-0.03740.0406-0.09010.03180.1205-0.03850.08650.24680.10190.139410.130115.03742.2857
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 315
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 404
3X-RAY DIFFRACTION2B5 - 171
4X-RAY DIFFRACTION2B500
5X-RAY DIFFRACTION3C0 - 315
6X-RAY DIFFRACTION3C800 - 802
7X-RAY DIFFRACTION4D5 - 171
8X-RAY DIFFRACTION4D500
9X-RAY DIFFRACTION5E0 - 315
10X-RAY DIFFRACTION5E401 - 404
11X-RAY DIFFRACTION6F5 - 171
12X-RAY DIFFRACTION6F500
13X-RAY DIFFRACTION7G0 - 315
14X-RAY DIFFRACTION7G800
15X-RAY DIFFRACTION8H6 - 169
16X-RAY DIFFRACTION8H500
17X-RAY DIFFRACTION9I0 - 315
18X-RAY DIFFRACTION9I800
19X-RAY DIFFRACTION10J6 - 169
20X-RAY DIFFRACTION10J500
21X-RAY DIFFRACTION11K0 - 315
22X-RAY DIFFRACTION11K800
23X-RAY DIFFRACTION12L6 - 169
24X-RAY DIFFRACTION12L500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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