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Yorodumi- PDB-4wa1: The crystal structure of hemagglutinin from a H3N8 influenza viru... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wa1 | ||||||||||||
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Title | The crystal structure of hemagglutinin from a H3N8 influenza virus isolated from New England harbor seals | ||||||||||||
Components | Hemagglutinin | ||||||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / hemagglutinin / influenza virus / seal | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Influenza A virus | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.898 Å | ||||||||||||
Authors | Yang, H. / Villanueva, J.M. / Gubareva, L.V. / Stevens, J. | ||||||||||||
Citation | Journal: J.Virol. / Year: 2015 Title: Structural and Functional Analysis of Surface Proteins from an A(H3N8) Influenza Virus Isolated from New England Harbor Seals. Authors: Yang, H. / Nguyen, H.T. / Carney, P.J. / Guo, Z. / Chang, J.C. / Jones, J. / Davis, C.T. / Villanueva, J.M. / Gubareva, L.V. / Stevens, J. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4wa1.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4wa1.ent.gz | 1001 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4wa1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4wa1_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4wa1_full_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | |
Data in XML | 4wa1_validation.xml.gz | 131.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4wa1_validation.cif.gz | 197.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/4wa1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/4wa1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4wa2C 4wa3C 4wa4C 4wa5C 2yp2S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 55662.246 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 24-519 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus (A/harbor seal/Massachusetts/1/2011(H3N8)) Gene: HA / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: I6NNE1 #2: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: Polysaccharide | #4: Sugar | ChemComp-NAG / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: microbatch / Details: 0.2 M ammonium iodide, 20% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 9, 2012 |
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.898→50 Å / Num. all: 280449 / Num. obs: 272212 / % possible obs: 97.1 % / Redundancy: 3.8 % / Net I/σ(I): 12.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 2YP2 Resolution: 1.898→46.779 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 21.3 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.898→46.779 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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