PDB-4lgp: Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lgp

タイトル

Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH1)

要素

Ricin
VHH1 camelid nanobody

キーワード

HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / Ribosome inhibiting protein 2 / Camelid antibody (VHH) / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Ricinus communis (トウゴマ)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Rudolph, M.J. / Cheung, J. / Franklin, M. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Mantis, N.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structures of Ricin Toxin's Enzymatic Subunit (RTA) in Complex with Neutralizing and Non-Neutralizing Single-Chain Antibodies.
著者: Rudolph, M.J. / Vance, D.J. / Cheung, J. / Franklin, M.C. / Burshteyn, F. / Cassidy, M.S. / Gary, E.N. / Herrera, C. / Shoemaker, C.B. / Mantis, N.J.

履歴

登録	2013年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月2日	Group: Database references
改定 1.2	2014年7月30日	Group: Database references
改定 1.3	2014年8月20日	Group: Database references
改定 1.4	2017年3月15日	Group: Source and taxonomy
改定 1.5	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.6	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4lgp.ent.gz	257.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/4lgp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/4lgp	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	5b1y-d 3doh-2 2pvc-3 3ctl-2 4dml-1 5gjp-d 2pvc-2 3doi-3 3ct7-2 3a3k-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (15) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (15) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ricin

B: VHH1 camelid nanobody

C: Ricin

D: VHH1 camelid nanobody

ヘテロ分子

83.8 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Ricin

B: VHH1 camelid nanobody

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Ricin

D: VHH1 camelid nanobody

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.168, 92.443, 93.317
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ricin / Ricin A chain / rRNA N-glycosidase 分子量: 29293.072 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 36-296 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / プラスミド: pUTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: 抗体	VHH1 camelid nanobody 分子量: 12536.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: MCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Bicine, 20 % PEG 6000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.08 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月21日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.08 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.09→50 Å / Num. all: 46600 / Num. obs: 44876 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.162 / Χ²: 1.255 / Net I/σ(I): 4.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.09-2.13	2	0.603	1571	0.538	1	69.4
2.13-2.16	2.3	0.548	1884	0.536	1	82.2
2.16-2.21	2.5	0.56	2044	0.6	1	89.1
2.21-2.25	2.7	0.528	2151	0.615	1	92.9
2.25-2.3	3.1	0.528	2250	0.606	1	97.6
2.3-2.35	3.6	0.542	2258	0.584	1	99.4
2.35-2.41	4.1	0.565	2299	0.612	1	99.9
2.41-2.48	4.6	0.565	2320	0.638	1	100
2.48-2.55	5.1	0.533	2288	0.675	1	100
2.55-2.63	5.5	0.467	2333	0.722	1	99.9
2.63-2.73	5.9	0.447	2306	0.804	1	100
2.73-2.84	6.2	0.376	2302	0.858	1	100
2.84-2.97	6.3	0.309	2329	1.006	1	99.9
2.97-3.12	6.2	0.252	2326	1.216	1	99.9
3.12-3.32	6.2	0.2	2346	1.438	1	100
3.32-3.57	6.1	0.154	2327	1.719	1	99.8
3.57-3.93	5.8	0.124	2320	2.035	1	99.4
3.93-4.5	5.5	0.094	2369	2.277	1	99.3
4.5-5.67	5.4	0.082	2369	2.163	1	98.7
5.67-50	5.1	0.068	2484	2.388	1	98.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 48.45 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	46.22 Å
Translation	2.5 Å	46.22 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→46.222 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / FOM work R set: 0.7779 / SU ML: 0.51 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2805	1561	5.03 %	RANDOM
R_work	0.2249	-	-	-
obs	0.2278	31027	99.59 %	-
all	-	31154	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 18.18 Å² / k_sol: 0.303 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 113.33 Å² / B_iso mean: 44.9795 Å² / B_iso min: 15.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.409 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.7159 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.3577 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.222 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5889	0	5	136	6030

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6040
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.937	8209
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	900
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1077
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.047	2176

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4-2.4775	0.3601	138	0.2982	2647	2785	100
2.4775-2.566	0.3181	145	0.2633	2650	2795	100
2.566-2.6688	0.3006	140	0.2484	2637	2777	100
2.6688-2.7902	0.3579	126	0.2539	2658	2784	100
2.7902-2.9373	0.33	153	0.2563	2654	2807	100
2.9373-3.1213	0.3314	140	0.243	2673	2813	100
3.1213-3.3622	0.2702	130	0.2259	2672	2802	100
3.3622-3.7004	0.2553	147	0.2102	2693	2840	100
3.7004-4.2356	0.2405	142	0.1858	2670	2812	99
4.2356-5.3351	0.2244	139	0.1817	2706	2845	99
5.3351-46.2301	0.2835	161	0.2443	2806	2967	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8405	1.5004	-1.3981	3.8689	-0.4645	0.4039	1.0791	-1.0998	0.3195	0.5417	-0.6888	-0.0429	-0.1724	0.3254	0.4364	0.0427	0.3697	0.0133	-0.1764	0.0212	0.2024	-5.0243	14.0041	12.2976
2	8.2624	-0.892	3.9874	2.7157	-1.0268	8.9194	0.2523	0.4788	0.958	-0.7055	-0.7655	0.3936	-0.3961	0.7563	0.5301	0.3357	0.0111	-0.062	0.1513	0.0422	0.3061	1.4545	14.3682	1.161
3	5.1664	0.1233	-4.0326	1.2564	-0.0805	9.5537	-0.077	-0.7826	0.6489	-0.1968	0.5514	-0.0809	-0.2939	1.0681	-0.2148	0.4036	-0.041	0.0257	0.6022	-0.0549	0.2522	14.2673	9.0774	12.4024
4	4.1308	1.7503	-0.2712	1.3954	-0.1734	2.3423	0.1354	0.1002	0.3889	-0.3467	-0.0965	0.2199	-0.5762	-0.2824	-0.1624	0.3213	0.0503	-0.0352	0.2125	-0.0355	0.2239	-5.7609	6.4656	10.0923
5	8.7341	-0.6888	0.3513	7.9553	1.5731	6.5942	0.0895	0.2306	-0.439	0.4501	-0.3226	-0.0661	0.1704	0.3424	0.029	0.2394	-0.0535	0.0013	0.1848	0.0414	0.095	-1.4195	-1.8897	20.3766
6	0.942	1.1878	-0.1283	1.9783	0.141	4.1671	-0.1038	0.0405	-0.2111	-0.4507	-0.2376	0.3422	0.0418	-0.0414	0.1133	0.1927	0.0983	-0.0657	0.1455	-0.0118	0.1478	-5.6073	-5.524	8.5851
7	4.3286	1.8117	-1.1286	6.2025	-2.067	4.1588	0.072	-0.1177	0.3559	0.3123	0.305	1.0612	-0.4004	-0.6546	-0.1102	0.258	0.0706	-0.0351	0.3443	-0.0861	0.4091	-15.6278	0.5887	5.0464
8	6.6411	4.8429	-3.0288	5.222	-2.381	1.5281	-0.269	0.5696	-0.1704	-0.456	0.0711	-0.1581	0.0469	-0.2464	-0.0018	0.2858	0.1043	-0.0442	0.3049	-0.0597	0.1031	-4.0543	-1.0375	2.7396
9	5.7203	-1.199	-0.5877	2.9265	-0.2368	2.975	0.6573	0.9166	0.3897	-0.9691	-0.1203	0.0507	-0.0349	-0.7776	-0.2033	0.7119	0.0552	0.0552	0.4021	-0.1382	0.0716	-0.7383	5.2852	-9.5514
10	6.2095	0.6094	1.0946	3.9675	0.8206	6.3449	0.1866	-0.1679	-0.4983	-0.0374	-0.2208	-0.6082	0.5237	0.2711	0.0336	0.2915	-0.0045	0.0588	0.2332	0.0475	0.1282	17.5576	-1.8101	-0.7225
11	7.5195	1.9287	3.3273	2.6071	1.9826	5.4101	0.0589	0.8469	-0.3744	-0.0809	0.0578	-0.0415	-0.014	0.3059	-0.1813	0.5411	-0.1023	0.0776	0.399	-0.0399	0.1684	16.0163	-3.0096	-10.2555
12	9.0933	0.2272	1.4088	6.5086	0.5132	2.0964	0.1117	-1.0897	0.2782	0.1303	-0.2159	-0.7343	-0.2125	0.7184	-0.1371	0.2998	0.0433	0.0471	0.4896	0.0079	0.325	16.8927	5.1586	4.6196
13	0.9319	1.6041	0.8885	2.891	0.7935	4.014	-0.9693	-0.0027	0.0642	0.1471	0.3498	0.6451	0.2346	-0.314	0.2467	0.3399	0.0016	0.1412	0.7196	0.2441	0.8256	-17.8418	-9.0143	27.75
14	7.1887	-4.2445	1.4359	4.0997	-0.4542	5.5901	-0.7838	-0.1649	-0.0989	1.2399	0.2628	-0.1325	0.4177	-0.7707	0.3575	0.6264	0.0805	0.4782	0.5811	0.2948	0.5809	-8.4695	-22.2791	45.3651
15	1.6029	-1.6617	-0.6629	3.7104	-3.0192	6.9432	-0.1639	0.4279	-0.4824	-0.0305	0.8574	1.07	0.1416	-0.5837	-0.4915	0.351	-0.2734	0.0167	0.4448	0.0136	0.4591	-14.2088	-14.2582	24.1774
16	8.338	1.634	0.4593	4.5456	3.3116	2.7364	0.1956	-1.4451	0.5032	1.0843	-0.3581	0.0704	-1.0269	-0.296	0.0253	0.7018	0.0384	0.0145	0.3632	-0.0466	0.2456	-3.7062	-7.6065	36.9043
17	5.6307	-1.7206	-0.1655	3.4745	-3.7839	4.9766	0.179	0.2375	0.054	-0.3439	-0.2477	0.1335	-0.7332	0.4275	0.0033	0.5309	0.0669	0.0499	0.2248	0.0003	0.3159	-1.8076	-15.5924	24.6224
18	7.4093	-0.1715	2.9996	6.2312	-1.8429	8.1744	0.2131	0.866	-0.8717	-0.0656	0.2276	-0.8008	0.5496	0.862	-0.5024	0.3746	0.0676	0.0708	0.3071	0.0453	0.4759	-2.3284	-20.6678	30.7093
19	8.6586	2.2933	-1.2575	2.6755	-0.2284	5.7798	-0.048	1.2549	-0.2802	-0.1336	-0.0313	0.1518	1.2338	0.1264	0.3412	0.46	-0.0585	0.0683	0.3546	0.0702	0.4963	-13.2397	-20.3223	27.21
20	2.4041	1.4354	-1.2092	4.2978	-0.065	0.9462	0.2927	-0.2865	0.3379	1.0285	-0.2578	0.3546	-0.1043	0.342	-0.2106	0.6515	-0.1264	0.062	0.3358	0.0423	0.228	-4.7047	-14.9138	39.8183
21	6.9233	2.8995	-0.6204	7.7838	0.3036	8.191	-0.0074	-0.4304	-0.2006	0.6695	0.7505	-0.1573	-0.9003	-0.2864	-0.7326	0.4287	0.0223	-0.0026	0.3019	0.1928	0.4033	-6.5819	-4.1795	29.4674
22	4.0273	-0.6085	-1.9175	2.2913	1.2678	2.5379	0.0601	-0.2795	-0.0224	0.3951	-0.0164	0.044	-0.274	0.2792	0.0223	1.1525	0.3068	0.5416	0.4688	-0.0367	0.0576	-8.9981	-15.3246	45.0092
23	3.5936	0.026	-0.8276	2.4567	-1.225	2.4774	-0.3134	0.2909	-0.2581	0.0056	-0.0093	-0.0952	0.0816	0.1589	0.3045	0.1771	0.0231	-0.0075	0.2154	-0.099	0.3721	35.4815	-30.7363	11.4923
24	5.9844	1.2866	-2.1312	9.4056	-2.8922	7.1845	0.089	-0.3341	-0.4793	0.5358	0.1794	-0.3248	0.2207	0.2207	-0.444	0.1252	0.0125	-0.0647	0.1915	-0.0034	0.3564	36.3829	-24.9884	23.0218
25	1.9149	-0.0324	-0.4378	4.5285	4.2094	7.6291	0.338	-0.1758	0.53	-0.6797	0.2752	-0.5918	-1.2963	0.8309	-0.5065	0.3108	-0.0632	0.1286	0.237	-0.1026	0.4055	32.7381	-11.0126	12.2463
26	2.8229	2.6937	-0.469	3.4231	-0.9156	3.0911	-0.2899	-0.3097	-0.3827	-0.3476	0.2194	-0.6443	0.3389	0.3596	0.123	0.202	0.0335	0.0482	0.2655	-0.0097	0.2328	28.1583	-30.7819	13.4224
27	5.7046	1.1347	-0.9432	6.9131	0.0713	4.2053	-0.3671	0.5868	0.2779	-0.1403	0.1368	0.1443	0.0223	-0.295	-0.2115	0.35	-0.1322	0.0444	0.2795	0.0199	0.0621	20.7989	-25.1079	3.1174
28	5.6374	1.7375	0.2819	2.1142	-1.5631	2.7536	-0.2105	0.0315	-0.5011	-0.75	0.2756	-0.6084	0.1802	0.1305	0.0413	0.2805	-0.0869	0.1027	0.1814	-0.0518	0.3147	20.3936	-32.1407	3.7706
29	8.0092	3.5324	1.0805	4.2845	1.5472	2.9244	0.2914	-0.3782	-0.026	-0.1016	-0.362	0.4099	-0.1075	-0.1818	0.1955	0.2385	0.072	0.0103	0.3088	-0.0794	0.1604	12.4221	-27.7562	23.7213
30	4.5618	0.8409	2.1783	3.3722	0.9988	3.8054	0.137	0.0878	-0.9149	-0.3361	0.1628	-0.4408	0.2278	0.0303	-0.3728	0.309	-0.0524	0.0352	0.1946	-0.0116	0.3304	21.1558	-40.2223	17.6959
31	4.8128	4.3409	2.3101	4.8159	2.0704	1.8057	0.0157	-0.2378	0.1154	0.3052	0.0464	-0.0309	-0.0463	0.0231	-0.06	0.2253	0.0379	0.048	0.2453	-0.0325	0.1935	20.436	-28.6944	20.5973
32	4.4805	-0.5632	0.1884	7.5942	-1.3067	1.7691	-0.1434	-0.6136	-0.1423	0.4167	0.002	-0.5361	-0.1286	-0.2503	0.0656	0.4036	-0.0907	-0.0637	0.2667	0.0051	0.2091	26.7211	-26.8322	33.3188
33	3.1269	1.0796	-1.3548	4.5584	-1.2176	2.7832	-0.2205	0.4725	0.5566	0.0478	0.1191	0.3114	-0.687	-0.2159	-0.0817	0.2776	0.0337	-0.018	0.0496	-0.034	0.1594	21.5036	-7.4634	24.9875
34	3.5198	2.8449	-1.1969	7.5008	-3.595	3.1277	0.3773	-0.1072	0.2301	0.5868	0.0815	0.493	-0.5979	0.3342	-0.4604	0.3236	-0.0335	0.0399	0.3378	-0.113	0.2713	19.2981	-9.3078	34.116
35	5.0762	1.2619	1.2881	4.1328	-0.5239	5.9447	0.2245	0.0544	0.7002	-0.4606	-0.2208	0.1501	-0.3071	-0.9874	-0.1488	0.2467	0.1174	-0.0701	0.304	-0.0589	0.4039	28.7238	-8.4275	20.1483
36	4.4529	-0.1252	2.3608	3.5719	0.7465	5.3868	0.4242	-0.4507	-0.6203	0.4279	-0.0538	-1.032	0.7313	-0.0088	-0.4054	0.6071	-0.6279	-0.0598	0.3018	-0.1519	0.5213	11.2708	-39.5004	-6.6068
37	5.3902	-2.0536	-0.8221	2.3903	-0.9606	1.1416	0.4355	0.6557	-0.0715	-1.0177	-0.234	0.2569	0.1321	-0.4481	0.0504	0.6863	-0.1344	-0.1034	0.6412	-0.269	0.4803	1.2656	-29.1969	-23.3413
38	1.9724	-1.3654	1.8148	1.9931	0.4897	4.238	0.3539	-0.5199	-0.5536	0.6342	-0.0524	0.6189	1.0591	-0.3758	-0.1151	0.4362	-0.4558	0.0909	0.4862	-0.0077	0.2765	7.1127	-36.2183	-1.8412
39	6.6147	0.162	-1.012	2.8768	-0.5369	7.724	-0.1693	0.8546	0.3697	-0.2742	0.2731	-0.3158	0.1985	1.1251	-0.07	0.3101	-0.0342	0.0181	0.6025	-0.0682	0.2321	15.5155	-26.254	-13.6266
40	2.4297	-0.0285	1.0346	3.7255	2.1528	7.9802	-0.312	-0.2627	0.3872	0.093	0.3333	0.301	-1.1478	0.0141	0.1053	0.3255	0.0476	-0.0528	0.5149	-0.1566	0.2333	7.314	-23.7163	-1.7373
41	4.9055	-0.301	-0.2095	3.7301	-3.9493	7.6115	0.5636	-0.4027	1.1318	0.1777	-0.7904	0.4556	-0.0435	-0.3957	0.1468	0.3086	0.0083	-0.0038	0.4458	-0.2462	0.418	2.7355	-23.3512	-8.4615
42	4.1663	3.3114	-2.1815	6.4467	-3.6636	2.1183	0.2987	-0.3308	-0.3373	0.0426	0.818	1.1266	0.7249	-1.447	-1.0728	0.3998	-0.2371	-0.028	0.504	-0.0311	0.5293	1.6137	-34.3048	-5.3577
43	5.6432	-1.2555	2.1329	1.9602	-0.3518	2.6657	-0.17	0.3338	0.4311	0.2706	-0.0468	0.0111	-0.4631	-0.478	0.3376	0.3655	-0.1488	0.0428	0.5772	-0.0052	0.2846	8.5151	-26.4314	-17.2035
44	6.8986	1.2281	1.0246	7.9846	0.339	2.2725	0.2933	0.662	-0.1764	-0.8952	0.0907	0.1769	0.0094	1.1868	-0.3584	0.3902	0.048	-0.033	0.5042	-0.0386	0.1407	18.2644	-29.48	-6.2959
45	3.4159	-0.7244	-2.4148	3.2204	2.5138	3.2782	0.1339	-0.3444	0.0219	-0.2917	-0.2566	0.0742	-0.2046	0.0675	-0.2361	0.3906	0.3209	0.1594	0.8555	-0.349	-0.5463	8.0794	-30.6688	-22.4848

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:17)	A	1 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 18:32)	A	18 - 32
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 33:56)	A	33 - 56
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 57:86)	A	57 - 86
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 87:106)	A	87 - 106
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 107:140)	A	107 - 140
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 141:160)	A	141 - 160
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 161:180)	A	161 - 180
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESSEQ 181:201)	A	181 - 201
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN A AND (RESSEQ 202:229)	A	202 - 229
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN A AND (RESSEQ 230:248)	A	230 - 248
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN A AND (RESSEQ 249:261)	A	249 - 261
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 1:7)	B	1 - 7
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESSEQ 8:17)	B	8 - 17
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESSEQ 18:33)	B	18 - 33
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN B AND (RESSEQ 34:45)	B	34 - 45
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN B AND (RESSEQ 46:61)	B	46 - 61
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN B AND (RESSEQ 62:73)	B	62 - 73
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN B AND (RESSEQ 74:83)	B	74 - 83
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN B AND (RESSEQ 84:97)	B	84 - 97
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN B AND (RESSEQ 98:110)	B	98 - 110
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN B AND (RESSEQ 111:116)	B	111 - 116
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN C AND (RESSEQ 1:17)	C	1 - 17
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN C AND (RESSEQ 18:32)	C	18 - 32
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN C AND (RESSEQ 33:56)	C	33 - 56
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN C AND (RESSEQ 57:86)	C	57 - 86
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN C AND (RESSEQ 87:106)	C	87 - 106
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN C AND (RESSEQ 107:122)	C	107 - 122
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN C AND (RESSEQ 123:140)	C	123 - 140
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN C AND (RESSEQ 141:160)	C	141 - 160
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN C AND (RESSEQ 161:180)	C	161 - 180
32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN C AND (RESSEQ 181:201)	C	181 - 201
33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN C AND (RESSEQ 202:229)	C	202 - 229
34	X-RAY DIFFRACTION	34	CHAIN C AND (RESSEQ 230:248)	C	230 - 248
35	X-RAY DIFFRACTION	35	CHAIN C AND (RESSEQ 249:261)	C	249 - 261
36	X-RAY DIFFRACTION	36	CHAIN D AND (RESSEQ 2:7)	D	2 - 7
37	X-RAY DIFFRACTION	37	CHAIN D AND (RESSEQ 8:17)	D	8 - 17
38	X-RAY DIFFRACTION	38	CHAIN D AND (RESSEQ 18:33)	D	18 - 33
39	X-RAY DIFFRACTION	39	CHAIN D AND (RESSEQ 34:45)	D	34 - 45
40	X-RAY DIFFRACTION	40	CHAIN D AND (RESSEQ 46:61)	D	46 - 61
41	X-RAY DIFFRACTION	41	CHAIN D AND (RESSEQ 62:73)	D	62 - 73
42	X-RAY DIFFRACTION	42	CHAIN D AND (RESSEQ 74:83)	D	74 - 83
43	X-RAY DIFFRACTION	43	CHAIN D AND (RESSEQ 84:97)	D	84 - 97
44	X-RAY DIFFRACTION	44	CHAIN D AND (RESSEQ 98:110)	D	98 - 110
45	X-RAY DIFFRACTION	45	CHAIN D AND (RESSEQ 111:116)	D	111 - 116

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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