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- PDB-5gjp: Crystal structure of SrLDC in complex with PLP and Cadaverine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gjp
タイトルCrystal structure of SrLDC in complex with PLP and Cadaverine
要素Lysine/ornithine decarboxylase
キーワードLYASE / barrel domain
機能・相同性
機能・相同性情報


ornithine decarboxylase / lysine decarboxylase / lysine decarboxylase activity / putrescine biosynthetic process from arginine, via ornithine / ornithine decarboxylase activity / spermidine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ornithine decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, conserved site / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, pyridoxal-phosphate binding site / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 pyridoxal-P attachment site. / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 signature 2. / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain ...Ornithine decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, conserved site / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, pyridoxal-phosphate binding site / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 pyridoxal-P attachment site. / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 signature 2. / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PENTANE-1,5-DIAMINE / TRIETHYLENE GLYCOL / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Lysine/ornithine decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Selenomonas ruminantium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sagong, H.-Y. / Kim, K.-J.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure and Pyridoxal 5-Phosphate Binding Property of Lysine Decarboxylase from Selenomonas ruminantium
著者: Sagong, H.-Y. / Son, H.F. / Kim, S. / Kim, Y.-H. / Kim, I.-K. / Kim, K.-J.
履歴
登録2016年7月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年9月9日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine/ornithine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0179
ポリマ－43,2631
非ポリマー7548
水68538
1
A: Lysine/ornithine decarboxylase
ヘテロ分子

A: Lysine/ornithine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,03518
ポリマ－86,5272
非ポリマー1,50816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area9840 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area29030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.734, 111.734, 112.976
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lysine/ornithine decarboxylase / LDC / PLP binding barrel domain


分子量: 43263.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Selenomonas ruminantium (バクテリア)
株: ATCC12561 / 遺伝子: ldc / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21T1R / 参照: UniProt: O50657, lysine decarboxylase

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非ポリマー , 7種, 46分子

#2: 化合物 ChemComp-N2P / PENTANE-1,5-DIAMINE / カダベリン


分子量: 102.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14N2
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 % / Mosaicity: 0.798 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: PEG 200, Sodium phosphate, NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月10日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 14439 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 24.2 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/av σ(I): 89.736 / Net I/σ(I): 27.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.5412.90.3170.907195.1
2.54-2.5913.60.2810.95195.4
2.59-2.6414.40.2560.97195.2
2.64-2.6915.20.250.996195.9
2.69-2.7516.20.2160.993197
2.75-2.8216.60.2170.987195.9
2.82-2.8918.60.1980.993195.4
2.89-2.9620.10.1820.995195.6
2.96-3.0520.60.1750.997196.9
3.05-3.1522.70.1720.994197.1
3.15-3.2625.40.1610.997197.3
3.26-3.3925.90.1570.99198.1
3.39-3.5528.70.150.997198.2
3.55-3.7331.30.1430.994198.5
3.73-3.9732.70.1370.997199.1
3.97-4.2733.90.1290.997199.2
4.27-4.733.10.1150.997199.3
4.7-5.3834.30.1110.998199.5
5.38-6.7834.50.1040.998199.5
6.78-5027.30.0930.995189.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GJN

5gjn


解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 10.307 / SU ML: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.679 / ESU R Free: 0.335
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2786 766 5.3 %RANDOM
Rwork0.1979 ---
obs0.2003 13670 96.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 110.56 Å2 / Biso mean: 52.041 Å2 / Biso min: 26.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.45 Å20.72 Å20 Å2
2--1.45 Å20 Å2
3----4.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2948 0 48 38 3034
Biso mean--65.82 50.08 -
残基数----381
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193054
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6361.9794122
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01536711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8925379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.54323.985133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.29515510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.141518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213415
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02671
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5474.9121523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5464.9131524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3617.3571899
LS精密化 シェル解像度: 2.503→2.568 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 55 -
Rwork0.22 958 -
all-1013 -
obs--93.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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