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- PDB-4lej: Crystal Structure of the Korean pine (Pinus koraiensis) vicilin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lej
タイトルCrystal Structure of the Korean pine (Pinus koraiensis) vicilin
要素Vicilin
キーワードallergen / plant protein / seed storage protein / cupin / seed storage
機能・相同性
機能・相同性情報


seed maturation / seed development / nutrient reservoir activity / protein homotrimerization / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / PHOSPHATE ION / Vicilin Pin k 2.0101
類似検索 - 構成要素
生物種Pinus koraiensis (チョウセンゴヨウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.402 Å
データ登録者Jin, T.C. / Wang, Y. / Zhang, Y.Z.
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Korean Pine ( Pinus koraiensis ) 7S Seed Storage Protein with Copper Ligands.
著者: Jin, T. / Wang, Y. / Chen, Y.W. / Fu, T.J. / Kothary, M.H. / McHugh, T.H. / Zhang, Y.
履歴
登録2013年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vicilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5024
ポリマ－46,2511
非ポリマー2513
水54030
1
A: Vicilin
ヘテロ分子

A: Vicilin
ヘテロ分子

A: Vicilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,50612
ポリマ－138,7543
非ポリマー7529
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area17240 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area39240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.780, 148.780, 148.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
詳細the biological assembly is a trimer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: 1/2+x,1/2-y,-z and -z,1/2+x,1/2-y

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要素

#1: タンパク質 Vicilin


分子量: 46251.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: seeds
由来: (天然) Pinus koraiensis (チョウセンゴヨウ)
参照: UniProt: V9VGU0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 2M sodium formate, 0.1 M sodium acetate trihydrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: ID / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 21280 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Χ2: 0.999 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.447.40.75210551.0051100
2.44-2.497.40.60210601.0041100
2.49-2.537.40.4710811.0051100
2.53-2.597.40.43610541.0041100
2.59-2.647.40.37910870.9921100
2.64-2.77.40.3310520.9971100
2.7-2.777.40.26510860.9971100
2.77-2.857.40.21410420.991100
2.85-2.937.40.18510780.9961100
2.93-3.027.40.15610580.9951100
3.02-3.137.40.1310630.9971100
3.13-3.267.40.11510770.9991100
3.26-3.417.40.10710901.0031100
3.41-3.587.30.09810631.0111100
3.58-3.817.30.09710850.9951100
3.81-4.17.20.0910850.992199.7
4.1-4.527.10.08510590.992199
4.52-5.1770.08710761.008198.6
5.17-6.516.90.09210980.997199.4
6.51-505.50.1089311.009181.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1304精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.402→33.268 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.87 / FOM work R set: 0.8139 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2414 1089 5.12 %
Rwork0.1924 --
obs0.1947 21257 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 172.87 Å2 / Biso mean: 71.9521 Å2 / Biso min: 37.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.402→33.268 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2832 0 12 30 2874
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042902
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8023928
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056422
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004524
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8211087
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4016-2.51080.34021370.269225122649100
2.5108-2.64310.28041410.249425452686100
2.6431-2.80870.31721340.243525122646100
2.8087-3.02540.26961500.221825152665100
3.0254-3.32960.26441450.204425392684100
3.3296-3.81080.24941320.187625522684100
3.8108-4.79890.19981250.15932560268599
4.7989-33.27140.22571250.18782433255892
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.94060.2895-0.26653.5396-1.76153.7565-0.0140.3075-0.3526-1.0619-0.2368-0.49840.52280.00120.20850.74860.16130.20180.451-0.03480.532718.3006-1.39-16.1092
21.1866-0.8690.35343.7132-2.04582.48790.05870.0606-0.276-0.3652-0.1625-0.16830.10630.12090.13010.4362-0.00520.12710.3746-0.06180.559619.2913-9.9681-4.0408
36.99413.02453.15564.5368-0.83596.70470.1801-0.9892-1.19350.2421-0.2417-0.17291.12040.52860.20180.64440.06650.16640.57120.2111.281624.9404-31.268115.349
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 65 through 204 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 205 through 427 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 428 through 454 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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