PDB-4ldm: Crystal Structure of an RNA-free VP40 Octameric Ring

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ldm

タイトル

Crystal Structure of an RNA-free VP40 Octameric Ring

要素

Matrix protein VP40

キーワード

VIRAL PROTEIN / ebolavirus matrix protein / RNA binding ring / viral transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

intracellular transport of virus / host cell endomembrane system / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / viral budding / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / host cell late endosome membrane / viral budding via host ESCRT complex / host cell membrane / viral budding from plasma membrane / host cell ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Ebola virus (エボラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Bornholdt, Z.A. / Ableson, D.M. / Saphire, E.O.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: Structural Rearrangement of Ebola Virus VP40 Begets Multiple Functions in the Virus Life Cycle.
著者: Bornholdt, Z.A. / Noda, T. / Abelson, D.M. / Halfmann, P. / Wood, M.R. / Kawaoka, Y. / Saphire, E.O.

履歴

登録	2013年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月4日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ldm.cif.gz	82.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ldm.ent.gz	64.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ldm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/4ldm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/4ldm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ld8C 4ldbC 4lddC 4ldiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6a2v-d 4hkh-d 3he1-1 3he1-3 1h2d-1 3he1-2 3fz2-1 1h2c-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Matrix protein VP40

17.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Matrix protein VP40

x 8

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
140 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	5_556	-x,y,-z+1	1
crystal symmetry operation	6_556	x,-y,-z+1	1
crystal symmetry operation	7_556	y,x,-z+1	1
crystal symmetry operation	8_556	-y,-x,-z+1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.457, 80.457, 47.543
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	89
Space group name H-M	P422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-288- HOH
2	1	A-296- HOH

#1: タンパク質	Matrix protein VP40 / Membrane-associated protein VP40 分子量: 17502.066 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 44-188 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) / 遺伝子: VP40 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05128
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M bicine, 15% PEG20000, 3% dextran sulfate sodium salt (Mr = 5 kDa), pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 85 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月14日
放射	モノクロメーター: liquid nitrogen cooled dual crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→80.457 Å / Num. all: 13886 / Num. obs: 13881 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	最高解像度: 1.85 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1150)	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→47.543 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2021	694	5 %	RANDOM
R_work	0.1865	-	-	-
obs	0.1873	13877	99.95 %	-
all	-	13881	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→47.543 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	933	0	0	102	1035

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	958
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.36	1311
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.847	352
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	158
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	165

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.993	0.2384	130	0.2286	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.993-2.1936	0.2871	144	0.2088	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1936-2.511	0.2121	132	0.1946	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.511-3.1635	0.1907	153	0.1951	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1635-47.559	0.1835	135	0.1724	2798	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.697	-2.3188	-0.0958	4.3844	2.7037	2.8761	0.1547	-0.1771	0.1862	-0.1178	0.1851	-0.3789	-0.0582	0.4798	-0.4817	0.2196	-0.0037	-0.0125	0.1813	-0.0197	0.2984	16.3089	29.3544	24.2949
2	5.6716	-2.1947	-3.0847	3.1245	2.9165	5.9788	0.0245	-0.49	0.3204	0.1442	0.1368	-0.0722	0.075	0.1366	-0.0961	0.2462	0.0068	-0.0188	0.217	0.0368	0.3083	9.5524	30.3957	30.9165
3	6.2244	0.3208	-3.3903	2.4521	-1.7639	8.5351	0.2216	0.242	-0.0149	-0.3305	-0.116	-0.0838	0.2041	0.4125	-0.1573	0.2143	0.0399	0.0006	0.1699	-0.0309	0.2287	13.0583	28.48	14.9179
4	3.1347	0.6972	3.3403	0.8359	1.2117	3.8819	0.0922	-2.4374	-2.9471	1.2193	0.08	-1.1247	2.4071	-0.7012	-0.1919	1.0916	0.1521	0.0955	0.836	0.4263	1.0402	6.4791	12.0543	35.6525
5	6.6758	-2.7005	4.2669	3.0904	-0.1461	4.2391	-0.1001	-0.4162	-0.429	-0.6361	0.8379	0.2466	0.6963	-0.8699	-0.5032	0.2356	-0.0319	0.0366	0.221	-0.0063	0.2927	6.161	22.542	23.6605
6	2.6085	-4.2138	-0.178	9.7646	2.2699	2.3	0.2409	0.4621	-0.7261	-0.337	-0.0812	0.3475	0.04	-0.0643	-0.2677	0.2476	0.0051	-0.0022	0.3249	-0.054	0.2951	8.9312	23.4546	11.9932
7	3.6898	-2.7237	2.3225	3.7333	-1.7947	6.8951	0.2636	-0.0516	-0.0031	-0.2219	0.0989	-0.3762	0.9363	0.0837	-0.5032	0.3411	-0.0171	0.0066	0.2322	-0.0031	0.3656	12.5503	18.9054	27.6949
8	2.7274	0.8104	-0.4344	2.3002	0.4526	1.0012	-0.0229	-0.4923	-0.28	0.2223	0.1153	-0.0236	0.0245	0.0898	-0.2033	0.2086	0.0056	-0.011	0.3105	0.0638	0.3457	6.7123	26.4691	33.808
9	4.5908	-4.4726	-0.9989	6.8905	4.2507	5.0612	0.1005	-0.6588	0.7802	0.2556	0.4422	-1.1045	0.0814	1.076	-0.8445	0.2637	0.005	0.0376	0.3665	-0.0288	0.4919	24.5367	28.8102	18.7533

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 70 through 81 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 82 through 101 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 102 through 125 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 126 through 131 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 132 through 137 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 138 through 153 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 154 through 162 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 163 through 179 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 180 through 186 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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