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Yorodumi- PDB-4hkh: Structure of the Hcp1 protein from E. coli EAEC 042 pathovar, mut... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hkh | ||||||
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Title | Structure of the Hcp1 protein from E. coli EAEC 042 pathovar, mutants N93W-S158W | ||||||
Components | Putative type VI secretion proteinType VI secretion system | ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / beta sandwich / tube of T6SS | ||||||
Function / homology | Hcp1-like / Type VI secretion system effector Hcp / Hcp1-like superfamily / Type VI secretion system effector, Hcp / Pnp Oxidase; Chain A / Roll / Mainly Beta / Putative type VI secretion protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.69 Å | ||||||
Authors | Douzi, B. / Spinelli, S. / Derrez, E. / Blangy, S. / Brunet, Y.R. / Cascales, E. / Cambillau, C. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Structure of the Hcp1 protein from E. coli EAEC 042 pathovar, mutants N93W-S158W Authors: Douzi, B. / Spinelli, S. / Derrez, E. / Blangy, S. / Brunet, Y.R. / Cascales, E. / Cambillau, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hkh.cif.gz | 362.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4hkh.ent.gz | 297.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hkh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/4hkh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/4hkh | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3he1S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19706.094 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: Hcp1 / Mutation: N93W, S158W Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: EAEC 042 / Gene: EC042_4529, Hcp1 / Plasmid: pDEST14 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: D3GUW0 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.8 Details: 14% PEG 3350, 50 mM bis-TRIS propane, 0.1 M Mg-formate , pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.97625 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4r / Detector: CCD / Date: Jun 28, 2012 / Details: Si[111] monochromator crystal |
Radiation | Monochromator: Si[111] monochromator crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.69→50 Å / Num. all: 116904 / Num. obs: 116904 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 20.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 8.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.69→1.75 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 11432 / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 3HE1 Resolution: 1.69→43.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9286 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9253 / SU R Cruickshank DPI: 0.092 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Displacement parameters | Biso mean: 27.66 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.188 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.69→43.7 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.69→1.73 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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