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万見
- PDB-4ldd: Crystal Structure of Ebola virus VP40 Hexamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ldd
タイトルCrystal Structure of Ebola virus VP40 Hexamer
要素Matrix protein VP40
キーワードVIRAL PROTEIN / ebolavirus matrix assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular transport of virus / host cell endomembrane system / symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / viral budding / host cell late endosome membrane / viral budding via host ESCRT complex / host cell membrane / viral budding from plasma membrane / host cell ...intracellular transport of virus / host cell endomembrane system / symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / viral budding / host cell late endosome membrane / viral budding via host ESCRT complex / host cell membrane / viral budding from plasma membrane / host cell / structural constituent of virion / membrane raft / ribonucleoprotein complex / host cell plasma membrane / virion membrane / RNA binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
EV matrix protein / Matrix protein VP40, N-terminal domain / EV matrix protein fold / EV matrix protein, C-terminal / EV matrix protein / EV matrix domain superfamily / EV matrix protein, N-terminal / Matrix protein VP40 / Topoisomerase I; domain 3 / Distorted Sandwich ...EV matrix protein / Matrix protein VP40, N-terminal domain / EV matrix protein fold / EV matrix protein, C-terminal / EV matrix protein / EV matrix domain superfamily / EV matrix protein, N-terminal / Matrix protein VP40 / Topoisomerase I; domain 3 / Distorted Sandwich / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Matrix protein VP40
類似検索 - 構成要素
生物種Ebola virus (エボラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.498 Å
データ登録者Bornholdt, Z.A. / Ableson, D.M. / Saphire, E.O.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: Structural Rearrangement of Ebola Virus VP40 Begets Multiple Functions in the Virus Life Cycle.
著者: Bornholdt, Z.A. / Noda, T. / Abelson, D.M. / Halfmann, P. / Wood, M.R. / Kawaoka, Y. / Saphire, E.O.
履歴
登録2013年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22014年9月17日Group: Derived calculations
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Matrix protein VP40
C: Matrix protein VP40
A: Matrix protein VP40


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7333
ポリマ－96,7333
非ポリマー00
水00
1
B: Matrix protein VP40
C: Matrix protein VP40
A: Matrix protein VP40

B: Matrix protein VP40
C: Matrix protein VP40
A: Matrix protein VP40


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,4656
ポリマ－193,4656
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area9070 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area46260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.479, 134.479, 136.087
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'B' and (resseq 45:125 or resseq 130:165 or resseq...
211chain 'C' and (resseq 45:125 or resseq 130:165 or resseq...
311chain 'A' and (resseq 45:125 or resseq 130:165 or resseq...

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要素

#1: タンパク質 Matrix protein VP40 / Membrane-associated protein VP40


分子量: 32244.211 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 44-326 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) / 遺伝子: VP40 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05128

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M bicine, 15% PEG20000, 3% dextran sulfate sodium salt (Mr = 5 kDa), pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 85 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月19日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.497→136.087 Å / Num. all: 16369 / Num. obs: 16180 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル最高解像度: 3.497 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1150)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.498→44.885 Å / SU ML: 0.73 / σ(F): 0 / 位相誤差: 37.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3225 823 5.09 %
Rwork0.3063 --
obs0.3071 16178 98.96 %
all-16199 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.498→44.885 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3883 0 0 0 3883
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033981
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7195449
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2571469
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043660
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005690
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B1055X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C1055X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
13A1039X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.498-3.71680.41121420.43542505X-RAY DIFFRACTION100
3.7168-4.00370.35791200.39812540X-RAY DIFFRACTION100
4.0037-4.40620.39381450.34672531X-RAY DIFFRACTION100
4.4062-5.04310.31611530.32132549X-RAY DIFFRACTION100
5.0431-6.35090.33141360.30112605X-RAY DIFFRACTION100
6.3509-44.88860.26271270.24252625X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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