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- PDB-4ld3: Structural analysis of the microcephaly protein CPAP G-box domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ld3
タイトルStructural analysis of the microcephaly protein CPAP G-box domain suggests a role in centriole elongation.
要素
  • SCL-interrupting locus protein homolog
  • Uncharacterized protein
キーワードstructural protein / protein binding / G-box / beta-sheet / Centriole organisation
機能・相同性
機能・相同性情報


TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / positive regulation of mitotic spindle organization / body morphogenesis / centriole elongation / regulation of centriole replication / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / positive regulation of spindle assembly / protein localization to centrosome / smoothened signaling pathway ...TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / positive regulation of mitotic spindle organization / body morphogenesis / centriole elongation / regulation of centriole replication / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / positive regulation of spindle assembly / protein localization to centrosome / smoothened signaling pathway / centrosome duplication / cilium assembly / spindle assembly / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / centriole / tubulin binding / mitotic spindle organization / neuron cellular homeostasis / cell cortex / protein domain specific binding / centrosome / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
lipopolysaccharide transport protein A fold - #20 / SCL-interrupting locus protein / SCL-interrupting locus protein N-terminus / T-complex protein 10, C-terminal domain / T-complex protein 10 family / T-complex protein 10 C-terminus / lipopolysaccharide transport protein A fold / : / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Centromere protein J / SCL-interrupting locus protein homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Hatzopoulos, G.N. / Vakonakis, I.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural analysis of the G-box domain of the microcephaly protein CPAP suggests a role in centriole architecture.
著者: Hatzopoulos, G.N. / Erat, M.C. / Cutts, E. / Rogala, K.B. / Slater, L.M. / Stansfeld, P.J. / Vakonakis, I.
履歴
登録2013年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references
改定 1.22013年12月18日Group: Database references
改定 1.32014年2月5日Group: Database references
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: SCL-interrupting locus protein homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6646
ポリマ－27,3922
非ポリマー2724
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.396, 79.396, 50.561
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 20860.330 Da / 分子数: 1 / 断片: G-box domain (unp residues 942-1121) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: cenpj / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E7FCY1
#2: タンパク質 SCL-interrupting locus protein homolog


分子量: 6531.192 Da / 分子数: 1 / 断片: CPAP interacting fragment (unp residues 398-449) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: stil, sill, zgc:110502 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8JGS1
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% w/v PEG 4000, 14% v/v isopropanol, 0.1 M Hepes pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月19日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→28.87 Å / Num. obs: 13643 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 12.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.44→28.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9089 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8936 / SU R Cruickshank DPI: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2144 613 4.98 %RANDOM
Rwork0.1981 ---
obs0.1989 12304 88.53 %-
all-37469 --
原子変位パラメータBiso mean: 113.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-31.0582 Å20 Å20 Å2
2--31.0582 Å20 Å2
3----62.1164 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.687 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→28.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1362 0 18 3 1383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011410HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.081910HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d639SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes43HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes199HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1410HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.38
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.74
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion182SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1474SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.44→2.67 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2338 130 5.33 %
Rwork0.2407 2310 -
all0.2403 2440 -
obs--88.53 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.3774 Å / Origin y: 1.9849 Å / Origin z: -7.4509 Å
111213212223313233
T-0.2678 Å20.1926 Å20.0378 Å2--0.461 Å20.0506 Å2--0.1555 Å2
L4.2693 °2-7.5254 °22.4241 °2-13.2609 °2-2.338 °2--2.1996 °2
S0.1636 Å °-0.3353 Å °-0.2775 Å °-0.8618 Å °0.1898 Å °0.3308 Å °0.2188 Å °0.1261 Å °-0.3533 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|953 - A|1106 A|1301 - A|1301 A|1201 - A|1201 A|1203 - A|1203 A|1202 - A|1202 A|1302 - A|1302 A|1204 - A|1204 B|413 - B|428 B|501 - B|501 }A953 - 1106
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|953 - A|1106 A|1301 - A|1301 A|1201 - A|1201 A|1203 - A|1203 A|1202 - A|1202 A|1302 - A|1302 A|1204 - A|1204 B|413 - B|428 B|501 - B|501 }A1301
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|953 - A|1106 A|1301 - A|1301 A|1201 - A|1201 A|1203 - A|1203 A|1202 - A|1202 A|1302 - A|1302 A|1204 - A|1204 B|413 - B|428 B|501 - B|501 }A1201
4X-RAY DIFFRACTION1{ A|953 - A|1106 A|1301 - A|1301 A|1201 - A|1201 A|1203 - A|1203 A|1202 - A|1202 A|1302 - A|1302 A|1204 - A|1204 B|413 - B|428 B|501 - B|501 }A1203
5X-RAY DIFFRACTION1{ A|953 - A|1106 A|1301 - A|1301 A|1201 - A|1201 A|1203 - A|1203 A|1202 - A|1202 A|1302 - A|1302 A|1204 - A|1204 B|413 - B|428 B|501 - B|501 }A1202
6X-RAY DIFFRACTION1{ A|953 - A|1106 A|1301 - A|1301 A|1201 - A|1201 A|1203 - A|1203 A|1202 - A|1202 A|1302 - A|1302 A|1204 - A|1204 B|413 - B|428 B|501 - B|501 }A1302
7X-RAY DIFFRACTION1{ A|953 - A|1106 A|1301 - A|1301 A|1201 - A|1201 A|1203 - A|1203 A|1202 - A|1202 A|1302 - A|1302 A|1204 - A|1204 B|413 - B|428 B|501 - B|501 }A1204
8X-RAY DIFFRACTION1{ A|953 - A|1106 A|1301 - A|1301 A|1201 - A|1201 A|1203 - A|1203 A|1202 - A|1202 A|1302 - A|1302 A|1204 - A|1204 B|413 - B|428 B|501 - B|501 }B413 - 428
9X-RAY DIFFRACTION1{ A|953 - A|1106 A|1301 - A|1301 A|1201 - A|1201 A|1203 - A|1203 A|1202 - A|1202 A|1302 - A|1302 A|1204 - A|1204 B|413 - B|428 B|501 - B|501 }B501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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