PDB-4yv4: Structure of the C. elegans SAS-5 coiled coil domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yv4

タイトル

Structure of the C. elegans SAS-5 coiled coil domain

要素

Spindle assembly abnormal protein 5

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / coiled coil / trimer / a-helical / cell cycle

機能・相同性

: / Spindle assembly abnormal protein 5, implico domain / centriole assembly / centriole replication / centrosome duplication / centriole / cytoplasm / PHOSPHATE ION / Spindle assembly abnormal protein 5

機能・相同性情報

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Rogala, K.B. / Hatzopoulos, G.N. / Vakonakis, I.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: The Caenorhabditis elegans protein SAS-5 forms large oligomeric assemblies critical for centriole formation.
著者: Rogala, K.B. / Dynes, N.J. / Hatzopoulos, G.N. / Yan, J. / Pong, S.K. / Robinson, C.V. / Deane, C.M. / Gonczy, P. / Vakonakis, I.

履歴

登録	2015年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月26日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月30日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yv4.cif.gz	196.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yv4.ent.gz	162.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yv4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/4yv4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/4yv4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ynhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3t4f-1 6m80-d 3p7k-d 1ik7-2 1dx7-d 2rn0-d 6s8x-3 1hgz-d 1u57-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Spindle assembly abnormal protein 5

B: Spindle assembly abnormal protein 5

C: Spindle assembly abnormal protein 5

D: Spindle assembly abnormal protein 5

E: Spindle assembly abnormal protein 5

F: Spindle assembly abnormal protein 5

G: Spindle assembly abnormal protein 5

H: Spindle assembly abnormal protein 5

ヘテロ分子

55.5 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Spindle assembly abnormal protein 5

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
6.88 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Spindle assembly abnormal protein 5

C: Spindle assembly abnormal protein 5

D: Spindle assembly abnormal protein 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Spindle assembly abnormal protein 5

G: Spindle assembly abnormal protein 5

H: Spindle assembly abnormal protein 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

F: Spindle assembly abnormal protein 5

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
6.88 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.600, 55.070, 191.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

There are two copies of the biologically relevant assembly in the asymmetric unit, comprising chains B,C and D (copy 1) and E, G, and H (copy 2). The correct oligomerization size and orientation of chains was determined experimentally in solution. Chains A and F correspond to crystallographic packing artefacts.

#1: タンパク質	Spindle assembly abnormal protein 5 分子量: 6875.661 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 125-180 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: sas-5, F35B12.5 / プラスミド: pFLOAT / 詳細 (発現宿主): pET30a derivative / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q20010
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.94 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% w/v MPD, 0.03 M NaNO3, 0.03 M Na2HPO4, 0.03 M (NH4)2SO4 PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→32.1 Å / Num. obs: 31718 / % possible obs: 68.2 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 32.35 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 0.1 % / R_merge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 3.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→32.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9408 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9244 / SU R Cruickshank DPI: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.227 / SU R_free Blow DPI: 0.175 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.172

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2392	1600	5.04 %	RANDOM
R_work	0.2108	-	-	-
obs	0.2123	31718	67.84 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.24 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.2821 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.2079 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.0742 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3647	0	25	249	3921

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	3708	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.96	4984	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1455	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		170	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		496	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		3708	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.2
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.8
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		497	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		4521	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.86 Å / Total num. of bins used: 16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3087	12	6.49 %
R_work	0.2103	173	-
all	0.2153	185	-
obs	-	-	4.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1949	0.226	1.3692	2.0987	-1.8103	9.9416	-0.1545	0.3458	-0.3282	-0.021	0.0347	-0.1093	0.2702	0.1102	0.1197	-0.242	0.0497	0.0028	-0.1009	-0.0807	-0.0997	14.2946	21.281	43.9163
2	2.4401	0.7066	2.0089	2.4972	0.865	9.6432	-0.0183	-0.0074	-0.1079	0.2448	-0.0021	-0.1264	0.3561	0.1292	0.0204	-0.3511	0.0046	-0.0027	-0.2576	-0.0458	-0.2232	19.1268	26.841	57.8562
3	0.1287	-0.1509	-0.7322	0.7899	1.9626	11.969	-0.0239	-0.05	-0.0728	0.0275	0.054	0.0283	-0.0079	0.2437	-0.0301	-0.4014	0.0302	-0.0164	-0.148	-0.0637	-0.2069	29.1925	31.5397	59.434
4	1.0905	-0.0421	-0.3265	0.6864	1.4753	14.0407	0.0945	0.0285	0.0654	-0.0278	0.0862	-0.0274	-0.6281	-0.1857	-0.1807	-0.3592	0.0319	-0.0071	-0.2955	-0.0474	-0.2291	18.9409	35.1381	63.4761
5	2.4263	-0.1042	-2.1548	3.5569	0.3096	6.1472	-0.006	-0.1135	0.0701	-0.4031	0.1027	-0.1899	-0.6183	0.2015	-0.0967	-0.4281	-0.0402	0.0046	-0.1911	-0.0893	-0.2204	42.691	25.8986	30.2486
6	2.3804	-0.307	-0.3085	1.6323	-0.2824	9.352	-0.1514	-0.0776	0.3697	0.0162	-0.0554	-0.0665	-0.5922	0.6906	0.2068	-0.1335	-0.037	0.0163	-0.0472	-0.0082	-0.0836	37.6759	30.1012	45.4554
7	0.691	-0.2978	-0.8852	0.4164	0.2634	9.3625	0.0917	0.0083	-0.0178	-0.0323	0.1114	0.0384	0.2625	-0.0715	-0.2031	-0.2763	-0.0494	-0.0009	-0.2144	-0.0421	-0.1915	41.9516	18.5845	24.0675
8	0.1043	0.0262	2.0533	0.6463	2.1014	12.6869	-0.0264	-0.0899	0.0961	-0.0057	-0.0178	0.0383	0.1018	0.2253	0.0442	-0.315	-0.0406	0.0101	-0.0262	-0.0799	-0.1967	52.3323	21.0982	27.8978

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|129 - A\|175 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|129 - B\|179 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|123 - C\|179 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|124 - D\|179 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|127 - E\|179 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|127 - F\|176 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|124 - G\|179 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|123 - H\|179 }

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