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万見
- PDB-4l8w: Crystal structure of gamma glutamyl hydrolase (H218N) from zebraf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l8w
タイトルCrystal structure of gamma glutamyl hydrolase (H218N) from zebrafish complex with MTX polyglutamate
要素Gamma-glutamyl hydrolase
キーワードHYDROLASE / Sandwiched-like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


folate gamma-glutamyl hydrolase / tetrahydrofolylpolyglutamate metabolic process / gamma-glutamyl-peptidase activity / Neutrophil degranulation / folic acid-containing compound metabolic process / vacuole / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Peptidase C26, gamma-glutamyl hydrolase / Gamma-glutamyl hydrolase domain profile. / Peptidase C26 / Peptidase C26 / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-GLUTAMIC ACID / METHOTREXATE / folate gamma-glutamyl hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Chuankhayan, P. / Kao, T.-T. / Chen, C.-J. / Fu, T.-F.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural insights into the hydrolysis and polymorphism of methotrexate polyglutamate by zebrafish gamma-glutamyl hydrolase
著者: Chuankhayan, P. / Kao, T.-T. / Lin, C.-C. / Guan, H.-H. / Nakagawa, A. / Fu, T.-F. / Chen, C.-J.
履歴
登録2013年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Gamma-glutamyl hydrolase
I: Gamma-glutamyl hydrolase
B: Gamma-glutamyl hydrolase
E: Gamma-glutamyl hydrolase
G: Gamma-glutamyl hydrolase
K: Gamma-glutamyl hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,85512
ポリマ－212,3586
非ポリマー1,4976
水6,936385
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Gamma-glutamyl hydrolase
K: Gamma-glutamyl hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7862
ポリマ－70,7862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area22990 Å2
手法PISA
3
I: Gamma-glutamyl hydrolase
E: Gamma-glutamyl hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5355
ポリマ－70,7862
非ポリマー7493
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area22700 Å2
手法PISA
4
B: Gamma-glutamyl hydrolase
G: Gamma-glutamyl hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5355
ポリマ－70,7862
非ポリマー7493
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area22610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)225.591, 60.409, 157.055
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Gamma-glutamyl hydrolase


分子量: 35392.918 Da / 分子数: 6 / 変異: H218N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: ggh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6NY42, folate gamma-glutamyl hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-MTX / METHOTREXATE


分子量: 454.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N8O5
#3: 化合物
ChemComp-DGL / D-GLUTAMIC ACID


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% PEG 3350, 8% Tassimate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月10日
放射モノクロメーター: double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→30 Å / Num. all: 82119 / Num. obs: 82119 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.39→2.47 Å / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
X-PLORモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1L9X

1l9x


解像度: 2.39→29.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 7.831 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.393 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25756 4102 5 %RANDOM
Rwork0.19296 ---
all0.2 78013 --
obs0.19621 78013 98.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.789 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å2-1.79 Å2
2--0.66 Å20 Å2
3----1.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13842 0 102 385 14329
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02214326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8331.95719448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.28351716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.76224.336678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.233152316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4791554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.22078
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02111088
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9941.58616
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.851213940
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7735710
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4514.55508
LS精密化 シェル解像度: 2.386→2.448 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 253 -
Rwork0.229 5153 -
obs--88.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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