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- PDB-4l8c: Crystal structure of the H2Db in complex with the NP-N3D peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l8c
タイトルCrystal structure of the H2Db in complex with the NP-N3D peptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
  • NP-N3D peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Influenza / viral escape / T cell immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / external side of plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rossjohn, J. / Gras, S.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Acute emergence and reversion of influenza A virus quasispecies within CD8(+) T cell antigenic peptides.
著者: Valkenburg, S.A. / Quinones-Parra, S. / Gras, S. / Komadina, N. / McVernon, J. / Wang, Z. / Halim, H. / Iannello, P. / Cole, C. / Laurie, K. / Kelso, A. / Rossjohn, J. / Doherty, P.C. / ...著者: Valkenburg, S.A. / Quinones-Parra, S. / Gras, S. / Komadina, N. / McVernon, J. / Wang, Z. / Halim, H. / Iannello, P. / Cole, C. / Laurie, K. / Kelso, A. / Rossjohn, J. / Doherty, P.C. / Turner, S.J. / Kedzierska, K.
履歴
登録2013年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月4日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
G: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: NP-N3D peptide
J: NP-N3D peptide
K: NP-N3D peptide
L: NP-N3D peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,11017
ポリマ－180,63012
非ポリマー4805
水1,71195
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
I: NP-N3D peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2544
ポリマ－45,1583
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area19170 Å2
手法PISA
2
C: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
J: NP-N3D peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3505
ポリマ－45,1583
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19200 Å2
手法PISA
3
E: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
K: NP-N3D peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3505
ポリマ－45,1583
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19200 Å2
手法PISA
4
G: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
L: NP-N3D peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1583
ポリマ－45,1583
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.567, 85.464, 138.506
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / heavy chain H2Db / H-2D(B)


分子量: 32470.111 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 25-304 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin / b2m


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド
NP-N3D peptide


分子量: 1027.084 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate, 25-30% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.956 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.956 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→138.505 Å / Num. all: 47116 / Num. obs: 47116 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 76.45 Å2 / Rsym value: 0.096
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.604 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.604 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.12データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceiceデータ収集
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4HUU

4huu


解像度: 2.8→59.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9285 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.362
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2584 2382 5.06 %RANDOM
Rwork0.1858 ---
obs0.1894 47090 99.79 %-
原子変位パラメータBiso max: 144.86 Å2 / Biso mean: 54.4254 Å2 / Biso min: 8.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.8651 Å20 Å22.2939 Å2
2--6.2787 Å20 Å2
3----10.1438 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.337 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→59.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12517 0 25 95 12637
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4428SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes357HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1841HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12913HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1573SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13681SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d12913HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg17526HARMONIC21.19
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.88
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.11
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3144 183 5.29 %
Rwork0.2369 3274 -
all0.241 3457 -
obs--99.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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