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- PDB-4l85: Crystal structure of receiver domain of KdpE D52A mutant from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l85
タイトルCrystal structure of receiver domain of KdpE D52A mutant from E. coli
要素KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE
キーワードTRANSCRIPTION / Receiver domain
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / DNA-binding transcription activator activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.202 Å
データ登録者Kumar, S. / Yernool, D.A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: An asymmetric heterodomain interface stabilizes a response regulator-DNA complex.
著者: Narayanan, A. / Kumar, S. / Evrard, A.N. / Paul, L.N. / Yernool, D.A.
履歴
登録2013年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE
B: KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE
C: KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,89838
ポリマ－40,4563
非ポリマー4,44235
水2,936163
1
A: KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE
B: KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,89025
ポリマ－26,9712
非ポリマー2,91923
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE
ヘテロ分子

C: KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,01726
ポリマ－26,9712
非ポリマー3,04624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.918, 108.918, 74.408
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE


分子量: 13485.414 Da / 分子数: 3 / 断片: Response regulatory domain residues 3-121 / 変異: D52A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b0694, JW5096, kdpE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21866
#2: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% PEG 8K, 0.1M NaCl, 0.1M TRIS pH 7.2-8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
PH範囲: 7.2 to 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.54984 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→29.21 Å / Num. all: 26072 / Num. obs: 26052 / % possible obs: 99.92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.8 % / Biso Wilson estimate: 43.89 Å2
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 21.5 % / Mean I/σ(I) obs: 6.08 / Num. unique all: 2518 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1352)精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.202→29.21 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2191 2547 5.11 %RANDOM
Rwork0.1736 ---
obs0.176 26052 99.72 %-
all-26072 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.202→29.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2707 0 35 163 2905
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082734
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1023683
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5491041
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073429
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005484
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2018-2.24410.24921400.2122504X-RAY DIFFRACTION95
2.2441-2.28990.27951130.19492629X-RAY DIFFRACTION100
2.2899-2.33970.20451060.19192687X-RAY DIFFRACTION100
2.3397-2.39410.26341310.19862708X-RAY DIFFRACTION100
2.3941-2.45390.27261260.19252619X-RAY DIFFRACTION100
2.4539-2.52020.23451740.19592566X-RAY DIFFRACTION100
2.5202-2.59430.25421530.18982674X-RAY DIFFRACTION100
2.5943-2.6780.24941510.19532624X-RAY DIFFRACTION100
2.678-2.77370.24921390.20352621X-RAY DIFFRACTION100
2.7737-2.88460.26531690.20412599X-RAY DIFFRACTION100
2.8846-3.01580.25681610.19752630X-RAY DIFFRACTION100
3.0158-3.17460.26361280.18212629X-RAY DIFFRACTION100
3.1746-3.37320.2081540.17812638X-RAY DIFFRACTION100
3.3732-3.63320.22031510.16362636X-RAY DIFFRACTION100
3.6332-3.9980.19561410.15462651X-RAY DIFFRACTION100
3.998-4.57460.15861330.14152621X-RAY DIFFRACTION100
4.5746-5.75630.21841380.15532663X-RAY DIFFRACTION100
5.7563-29.21230.21141390.18482618X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8622-5.4234-5.99419.6411.99762.0119-0.0771-0.44851.2862-2.20060.7627-0.293-2.2806-0.0221-0.28760.61080.1711-0.06760.8055-0.12260.63313.2513103.4472-0.4405
23.84191.2208-4.01996.36230.96146.19040.66290.7211.6179-0.3155-0.18320.3565-1.371-1.466-0.44470.60840.1711-0.18030.88210.04731.018914.656111.2354-1.8772
34.1365-1.2519-4.48886.03733.42855.9039-0.6924-0.6963-0.0055-0.33840.52060.3441-0.2237-0.00810.27040.39130.1564-0.13220.9567-0.00240.655711.4372103.9948-2.0172
42.9091.17854.79194.35551.51147.8895-0.4567-0.5562-0.13410.45530.75951.48270.5088-1.5774-0.10190.37690.1820.06291.42960.13090.84364.482598.31646.0892
55.3282-2.9941-2.76689.0916-1.10027.9167-0.4792-0.2224-0.22930.04920.95960.3999-0.24380.101-0.27460.24470.1109-0.07840.63410.02330.468513.309599.03024.3019
66.39022.06833.29946.29151.59493.87280.3259-2.4634-0.75671.96520.40570.80430.9666-2.2980.52850.05220.22330.10111.31010.25960.564213.853594.639311.2854
79.9209-1.62692.76637.7779-8.15638.7212-1.084-1.72362.21832.63970.7977-0.0173-1.5475-0.6965-0.42240.76080.50870.07041.3936-0.19070.526123.4478101.049518.9174
84.1021.1441.34738.8432-4.19396.1214-0.659-0.58440.41790.41920.55470.0134-0.5595-0.21050.17680.40630.1484-0.06610.8072-0.12060.490424.1659104.15810.1149
93.91181.26970.46782.28431.94123.3740.03580.6637-0.2942-0.50790.44380.3502-0.1899-0.2499-0.44390.40870.1161-0.08650.5941-0.01710.493525.734198.5136-0.3119
109.22190.2874-0.87838.2562-2.91326.7687-0.76520.4199-0.7623-0.9486-0.2596-0.8273-0.05760.1390.40440.80840.48370.00950.8124-0.31350.739632.3162126.8825-4.5074
119.95934.062-0.94354.4162-3.93687.802-0.42571.30690.8731-1.966-0.29310.283-0.5392-0.23420.10841.39160.6005-0.19940.8503-0.24970.859327.5042136.1915-7.7511
126.2294.5432-4.07584.0298-3.9675.6669-0.3841.0493-0.0447-1.93110.4246-0.14730.511-0.4801-0.09210.94490.2993-0.18350.9388-0.2260.977525.3826123.829-5.5075
137.3172.003-0.26846.8584-3.89448.2787-0.665-0.3476-0.00270.93960.75550.3037-0.1662-0.7628-0.14150.75780.2548-0.10750.6658-0.04540.714223.6237128.82811.9612
140.40871.3411.09535.89441.154.74010.09750.1847-0.01310.44250.02311.63020.1712-0.8304-0.08810.59910.1938-0.08050.6687-0.1331.029521.8657123.33946.5796
152.3943-3.927-2.28638.7714-0.09928.93-0.36370.13691.73690.91640.08581.6467-0.8292-1.5534-0.2550.62690.314-0.08650.832-0.10671.093219.0556134.777913.6257
163.83831.8707-4.05823.4821-0.2019.4433-0.09880.2243-0.15920.04820.3063-0.2991-0.1686-0.0376-0.11950.67030.2322-0.13660.5072-0.12250.692731.9265134.78976.4752
175.2836-1.1014-0.69355.11263.74578.11190.205-0.9537-0.52020.9043-0.20560.02180.62780.14210.01510.41630.0265-0.0110.45510.07740.287443.268187.893816.8977
189.3597-2.7783-3.64683.63491.94568.6835-0.1384-0.3235-0.38390.0269-0.04810.22690.2997-0.0470.21590.2590.0054-0.00610.3513-0.00020.238643.950985.34046.3039
195.63531.0735-2.60833.09433.08485.6481.2127-0.17750.9614-1.10960.2236-2.3092-4.72750.62881.04811.7242-0.6983-0.43860.68031.06181.850747.9141102.67063.5018
206.6131-0.75931.79453.1131.52894.75980.31120.8233-0.1284-0.584-0.2502-0.2273-0.06650.1823-0.03010.28890.06-0.00860.4288-0.01470.227640.040390.82810.1216
213.213-2.63811.40583.5109-0.05943.4927-0.38110.6091.38410.0620.2032-1.5126-1.39260.90.05510.57730.0274-0.09890.60790.05710.687736.8875103.95251.9329
224.5918-3.542-1.93337.3431-3.5156.3179-0.3934-0.6791-0.02441.0720.70620.1839-0.6313-0.6559-0.29570.35120.1564-0.00750.625-0.00410.357532.284394.687812.6995
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 10 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 11 through 23 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 24 through 33 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 34 through 43 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 44 through 60 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 61 through 79 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 80 through 93 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 94 through 104 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 105 through 119 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 0 through 7 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 8 through 23 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 24 through 44 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 45 through 57 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 58 through 79 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 80 through 92 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 93 through 119 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid -1 through 33 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 34 through 53 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 54 through 58 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 59 through 79 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 80 through 93 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 94 through 118 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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