PDB-4l4c: Structure of L358P/K178G mutant of P450cam bound to camphor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l4c

タイトル

Structure of L358P/K178G mutant of P450cam bound to camphor

要素

Camphor 5-monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / mono-oxygenase / cytochrome P450

機能・相同性

機能・相同性情報

camphor 5-monooxygenase / camphor 5-monooxygenase activity / (+)-camphor catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Batabyal, D. / Li, H. / Poulos, T.L.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Synergistic Effects of Mutations in Cytochrome P450cam Designed To Mimic CYP101D1.
著者: Batabyal, D. / Li, H. / Poulos, T.L.

履歴

登録	2013年6月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月28日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l4c.cif.gz	342.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l4c.ent.gz	278.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l4c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4l4c_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4l4c_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4l4c_validation.xml.gz	35.8 KB	表示
CIF形式データ	4l4c_validation.cif.gz	52.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/4l4c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/4l4c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4l49C 4l4aC 4l4bC 4l4dC 4l4eC 4l4fC 4l4gC 2cppS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3wrh-2 3l63-d 3fwf-1 1uyu-1 2h7q-d 2gqx-1 1gem-d 1t87-1 2h7s-2 3wrj-1 2a1m-1 6we6-1 4g3r-1 1t88-1 6wfl-d 2qbm-d 2a1o-1 3wrl-2 3oia-d 4ek1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Camphor 5-monooxygenase

B: Camphor 5-monooxygenase

ヘテロ分子

94.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Camphor 5-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Camphor 5-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.581, 61.519, 94.964
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Camphor 5-monooxygenase / Cytochrome P450-cam / Cytochrome P450cam 分子量: 46599.840 Da / 分子数: 2 / 変異: C334A, L358P, K178G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: camC, cyp101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00183, camphor 5-monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-CAM / CAMPHOR 分子量: 152.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆O
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION 分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.93 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 50 mM Tris, 400 mM potassium chloride, 32% PEG4000, 1.2 mM D-camphor, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月27日
放射	モノクロメーター: VariMax optic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 37084 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 1.3 % / R_merge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 68

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CPP

2cpp

解像度: 2.2→29.263 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2434	1846	4.98 %
R_work	0.17	-	-
obs	0.1738	37065	93.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.263 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6402	0	111	544	7057

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6686
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.236	9128
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.222	2490
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	976
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1204

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2003-2.2598	0.2626	84	0.1977	1605	X-RAY DIFFRACTION	56
2.2598-2.3263	0.3255	114	0.1833	2330	X-RAY DIFFRACTION	81
2.3263-2.4013	0.2724	138	0.1751	2663	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4013-2.4871	0.2744	130	0.1856	2720	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4871-2.5866	0.2836	143	0.1862	2720	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5866-2.7043	0.2875	130	0.1927	2803	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7043-2.8468	0.2784	145	0.2082	2862	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8468-3.0249	0.2935	154	0.2108	2873	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0249-3.2582	0.2922	171	0.1868	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2582-3.5856	0.2301	166	0.1738	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5856-4.1032	0.2082	160	0.1449	2917	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1032-5.165	0.1834	150	0.1246	2959	X-RAY DIFFRACTION	100
5.165-29.2652	0.1733	161	0.1406	2990	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8992	-0.1507	0.0503	1.3395	0.4153	2.8099	-0.0558	0.2212	0.0337	-0.06	0.0096	-0.086	-0.0599	0.264	0.0566	0.0968	-0.0151	-0.0004	0.1106	0.0187	0.1289	-12.1742	6.7226	-63.0198
2	1.9812	0.2015	-1.2968	1.168	0.5698	5.4014	0.0298	0.1085	0.0152	0.0181	-0.0651	0.2924	-0.2231	-0.4053	-0.0149	0.1181	-0.005	-0.0213	0.0817	0.0028	0.1981	-32.7092	8.2616	-53.68
3	7.9185	-3.9024	5.2186	5.0592	-3.0914	5.2165	-0.3024	-0.9349	0.0712	0.7034	-0.0752	0.3387	-0.6426	-0.7007	0.2146	0.2992	-0.0602	0.0297	0.3872	-0.1149	0.1786	-21.2636	7.5209	-25.613
4	1.6249	0.2876	0.8007	1.2194	0.1621	1.0687	0.0392	-0.1733	-0.1772	0.0794	-0.0022	0.053	0.0089	-0.1141	-0.0564	0.1238	-0.0059	0.0123	0.1063	0.0152	0.1542	-27.8609	-0.5922	-41.4816
5	0.7563	0.0783	-0.0035	0.4582	0.1321	1.8902	-0.0253	-0.0314	0.1128	0.082	-0.0658	-0.0758	-0.2781	0.1642	0.1004	0.1591	-0.0304	-0.0202	0.0941	-0.0028	0.1595	-12.9613	14.7321	-46.575
6	2.3793	-0.0882	2.3597	1.0738	-0.9803	4.4064	0.25	0.0511	-0.1219	0.2571	-0.0301	-0.238	0.3083	0.3739	-0.2026	0.1881	-0.0115	-0.0553	0.1594	0.0292	0.1891	-4.9873	1.0739	-33.0307
7	0.7773	-0.3085	-0.3186	1.0857	-0.211	2.5226	-0.1318	-0.3063	-0.0191	0.2821	0.1545	0.2566	0.0068	-0.5476	-0.0296	0.2373	0.0417	0.0502	0.373	0.0107	0.1679	-24.6145	-23.7038	10.3357
8	1.9069	-0.09	-1.3429	0.3892	-1.113	6.4809	-0.0119	-0.1694	0.1929	0.0817	-0.1738	-0.2952	-0.4818	0.3377	0.1252	0.1976	-0.0119	-0.0366	0.1332	0.0159	0.2641	-1.9145	-21.0756	2.0929
9	1.0349	-0.9143	1.3724	0.878	-0.931	2.7566	0.1763	0.0987	-0.0179	-0.0989	-0.0538	-0.0302	0.4287	0.0972	-0.1164	0.1794	0.0096	-0.0054	0.1186	-0.0036	0.157	-6.7189	-32.6462	-12.3528
10	5.495	-1.4245	2.2555	1.2482	-0.6555	1.1943	0.0945	-0.1323	-0.0953	0.08	0.0433	-0.0862	0.0064	-0.0729	-0.0885	0.1618	-0.0146	0.0355	0.1595	0.0237	0.1146	-2.2491	-25.4623	-5.1342
11	0.8256	-0.0442	-0.2522	0.8606	-0.5522	2.235	-0.1265	-0.1422	0.111	0.2072	0.1472	0.0712	-0.3565	-0.3758	-0.0487	0.1689	0.0421	0.0187	0.1884	-0.0239	0.1665	-22.8703	-15.6183	-2.1168
12	1.3728	0.1683	1.5479	0.6699	0.3749	3.3007	-0.0599	0.1111	0.1441	-0.0011	-0.076	-0.0528	-0.4448	0.0291	0.0817	0.1715	0.0079	-0.0011	0.1277	0.0177	0.12	-14.5084	-14.7949	-11.4784
13	2.5607	0.4391	1.9948	1.1465	1.0932	2.0816	0.0049	-0.1815	-0.0849	-0.1817	-0.0043	0.0206	0.6659	-0.6703	-0.0604	0.1922	-0.062	0.0011	0.247	0.001	0.1523	-24.9953	-28.2027	-20.5463

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 89 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 90 through 120 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 121 through 145 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 146 through 266 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 267 through 377 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 378 through 414 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 10 through 89 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 90 through 127 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 128 through 213 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 214 through 265 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 266 through 340 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 341 through 377 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 378 through 414 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見 (Yorodumi)