PDB-4l3f: Crystal structure of Internalin K (InlK) from Listeria monocytogenes

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l3f

タイトル

Crystal structure of Internalin K (InlK) from Listeria monocytogenes

要素

Internalin K

キーワード

CELL INVASION / Leucine rich repeat / immune system evasion / major vault protein

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Neves, D.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structure of Internalin InlK from the Human Pathogen Listeria monocytogenes.
著者: Neves, D. / Job, V. / Dortet, L. / Cossart, P. / Dessen, A.

履歴

登録	2013年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月4日	Group: Database references
改定 1.2	2013年11月13日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l3f.cif.gz	496.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l3f.ent.gz	408.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l3f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4l3f_validation.pdf.gz	523.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4l3f_full_validation.pdf.gz	585.5 KB	表示
XML形式データ	4l3f_validation.xml.gz	96.2 KB	表示
CIF形式データ	4l3f_validation.cif.gz	133.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/4l3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/4l3f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4l3aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vjr-d 1ktp-d 3o18-d 5bpu-3 4gy3-d 1cpc-1 4f0t-d 5mjm-d 5o7m-d 1on7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Internalin K

B: Internalin K

C: Internalin K

D: Internalin K

E: Internalin K

F: Internalin K

G: Internalin K

H: Internalin K

ヘテロ分子

308 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Internalin K

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Internalin K

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Internalin K

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Internalin K

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Internalin K

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Internalin K

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: Internalin K

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

H: Internalin K

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.100, 89.500, 186.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:
NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.994514, -0.102659, -0.020061), (-0.103919, 0.991554, 0.077594), (0.011926, 0.079253, -0.996783)	49.38516, -5.25593, 175.91423

#1: タンパク質	Internalin K / Lmo1290 protein 分子量: 38533.660 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 38-362 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 株: serovar 1/2a (ATCC BAA-679 / EGD-e) / 遺伝子: lmo1290 / プラスミド: pet28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8Y7I7
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 679 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.09 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 18% PEG3350, 0.2 M magnesium nitrate, 20 mM cesium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.461 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月26日

放射

モノクロメーター: double flat crystal Si(111) with fixed exit
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.461 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.679
1	1	-H, -K, H+L	2	0.321

反射

解像度: 2.4→47.9 Å / Num. obs: 92217 / % possible obs: 81.4 % / Observed criterion σ(I): -3

反射シェル

解像度: 2.4→2.53 Å / % possible all: 36.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	- Marresearch	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.39→47.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 9.167 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.313 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23239	9215	10 %	RANDOM
R_work	0.19173	-	-	-
obs	0.1958	82998	80.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.757 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-15.11 Å²	0 Å²	0.32 Å²
2-	-	-30.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	45.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.39→47.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19488	0	4	679	20171

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.02	19824
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.8	1.961	26984
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.293	5	2480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.717	26.121	928
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.848	15	3392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.097	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	3192
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	14888
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.16	0.13
1	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.16	0.13
1	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.17	0.13
1	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.15	0.13
1	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.19	0.13
1	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.18	0.13
1	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.16	0.13
1	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.17	0.13
1	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.14	0.13
1	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.21	0.13
1	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	4.65	1.32
2	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.19	0.13
2	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.16	0.13
2	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.19	0.13
2	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.17	0.13
2	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.15	0.13
2	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.17	0.13
2	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.16	0.13
2	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.15	0.13
2	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.15	0.13
2	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	6.1	1.32
3	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	6.41	1.32
4	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	8.64	1.32
5	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	4.83	1.32
6	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	5.36	1.32
7	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	5.11	1.32
8	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	6.79	1.32
9	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	7.6	1.32
10	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	10.13	1.32
11	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	4.75	1.32
12	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	6.34	1.32
13	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	4.7	1.32
14	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	5.68	1.32
15	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	7.36	1.32
16	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	5.74	1.32
17	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	6.47	1.32
18	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	6	1.32
19	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	6.59	1.32
20	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	6.57	1.32
21	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	5.4	1.32
22	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	6.92	1.32
23	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	8.96	1.32
24	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	7.39	1.32
25	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	9.69	1.32
26	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	6.19	1.32
27	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	4.31	1.32
28	1	512	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	5.9	1.32

LS精密化シェル

解像度: 2.39→2.452 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.367	201	-
R_work	0.313	1842	-
obs	-	-	24.4 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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