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万見
- PDB-4l1d: Voltage-gated sodium channel beta3 subunit Ig domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l1d
タイトルVoltage-gated sodium channel beta3 subunit Ig domain
要素Sodium channel subunit beta-3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / V-type immunoglobulin fold / sodium channel / voltage-gated / sodium channel alpha subunit / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


SA node cell action potential / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane depolarization / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / atrial cardiac muscle cell action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / membrane depolarization during action potential / positive regulation of sodium ion transport / ventricular cardiac muscle cell action potential / cardiac muscle cell action potential involved in contraction ...SA node cell action potential / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane depolarization / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / atrial cardiac muscle cell action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / membrane depolarization during action potential / positive regulation of sodium ion transport / ventricular cardiac muscle cell action potential / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / voltage-gated sodium channel complex / sodium channel inhibitor activity / Interaction between L1 and Ankyrins / sodium ion transport / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of heart rate by cardiac conduction / membrane depolarization / sodium channel regulator activity / positive regulation of heart rate / cardiac muscle contraction / sodium ion transmembrane transport / protein localization to plasma membrane / Z disc / nervous system development / transmembrane transporter binding / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sodium channel subunit beta-1/beta-3 / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...Sodium channel subunit beta-1/beta-3 / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium channel regulatory subunit beta-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Namadurai, S. / Weimhofer, M. / Rajappa, R. / Stott, K. / Klingauf, J. / Chirgadze, D.Y. / Jackson, A.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure and Molecular Imaging of the Nav Channel beta 3 Subunit Indicates a Trimeric Assembly.
著者: Namadurai, S. / Balasuriya, D. / Rajappa, R. / Wiemhofer, M. / Stott, K. / Klingauf, J. / Edwardson, J.M. / Chirgadze, D.Y. / Jackson, A.P.
履歴
登録2013年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月30日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium channel subunit beta-3
B: Sodium channel subunit beta-3
C: Sodium channel subunit beta-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4983
ポリマ－44,4983
非ポリマー00
水2,108117
1
A: Sodium channel subunit beta-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8331
ポリマ－14,8331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sodium channel subunit beta-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8331
ポリマ－14,8331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Sodium channel subunit beta-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8331
ポリマ－14,8331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.469, 81.469, 114.257
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-236-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid A
21chain B and segid B
31chain C and segid C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AA0
211chain B and segid BB0
311chain C and segid CC0

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要素

#1: タンパク質 Sodium channel subunit beta-3


分子量: 14832.702 Da / 分子数: 3 / 断片: Ig domain, UNP residues 25-145 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA1158, SCN3B / プラスミド: pTT3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NY72
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 1M Sodium citrate tribasic, 0.1M CHES/Sodium hydroxide pH9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月14日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 15706 / Num. obs: 15675 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 52.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 2257 / Rsym value: 0.633 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHENIX(phenix.phaser: 1.8.2_1309)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X1X, 1I8L AND 1F97

2x1x

1i8l

1f97


解像度: 2.5→30 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 23.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2381 1560 9.97 %Random
Rwork0.2017 ---
all0.2053 15674 --
obs0.2053 15643 99.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2636 0 0 117 2753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082693
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2453643
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.822977
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072412
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004469
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1504X-RAY DIFFRACTION12.423TORSIONAL
12B1504X-RAY DIFFRACTION12.423TORSIONAL
13C1504X-RAY DIFFRACTION12.423TORSIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.58070.31141390.27191252X-RAY DIFFRACTION100
2.5807-2.67290.3061420.24631273X-RAY DIFFRACTION100
2.6729-2.77980.29731400.25481238X-RAY DIFFRACTION100
2.7798-2.90620.2591450.23951280X-RAY DIFFRACTION100
2.9062-3.05930.2981340.23531266X-RAY DIFFRACTION100
3.0593-3.25080.26071420.20831281X-RAY DIFFRACTION100
3.2508-3.50140.25891400.19921261X-RAY DIFFRACTION100
3.5014-3.85310.21981380.18061276X-RAY DIFFRACTION100
3.8531-4.40920.2041450.16911289X-RAY DIFFRACTION100
4.4092-5.54940.19791420.16371300X-RAY DIFFRACTION99
5.5494-30.01780.23321530.22611367X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7064-0.21050.26182.93751.73913.28280.0706-0.1052-0.0890.13140.12-0.30030.1098-0.06340.24560.05250.0139-0.06820.0274-0.00940.021355.54724.065125.4074
23.102-0.4183-0.49953.22661.08483.19540.40280.02170.381-1.0018-0.5060.0468-1.0006-0.723-0.25010.39540.21930.05430.25170.02780.204333.707239.2507126.3412
33.8531.25171.70414.6828-1.11342.6342-0.08010.0124-0.3424-0.25350.41671.00410.3819-0.29620.11770.1090.04840.00790.2060.05150.401831.402213.0991124.6894
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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