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- PDB-4kvx: Crystal structure of Naa10 (Ard1) bound to AcCoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kvx
タイトルCrystal structure of Naa10 (Ard1) bound to AcCoA
要素N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1
キーワードTRANSFERASE / acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide-glutamate-alpha-N-acetyltransferase activity / N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA / peptide-serine-alpha-N-acetyltransferase activity / NatA complex / protein maturation / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-acetyltransferase Ard1-like / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Liszczak, G.P. / Marmorstein, R.Q.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Molecular basis for N-terminal acetylation by the heterodimeric NatA complex.
著者: Liszczak, G. / Goldberg, J.M. / Foyn, H. / Petersson, E.J. / Arnesen, T. / Marmorstein, R.
履歴
登録2013年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22013年10月9日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1
B: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5254
ポリマ－36,9062
非ポリマー1,6192
水4,720262
1
A: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2622
ポリマ－18,4531
非ポリマー8101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2622
ポリマ－18,4531
非ポリマー8101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.974, 64.833, 60.723
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1 / NatA complex subunit ARD1


分子量: 18452.807 Da / 分子数: 2 / 断片: amino acids 1-156 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: ard1, SPAC15E1.08 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UTI3, EC: 2.3.1.88
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein buffer: 25 mM sodium citrate monobasic, 200 mM NaCl, 4 mM DTT Crystallization well: 0.1 M Bis-tris, 14% Peg 3350, 18% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日 / 詳細: Si(111)
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 41318

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: 3TFY

3tfy


解像度: 2→28.542 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.78 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: PHASING WAS PERFORMED BY USING SAD AND MR
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2173 1025 4.99 %
Rwork0.1772 --
obs0.1792 41318 98.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.542 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2462 0 102 262 2826
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092628
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2573562
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7431076
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086370
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013442
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.997-2.04350.30341190.25042212X-RAY DIFFRACTION82
2.0435-2.09460.29031340.21892615X-RAY DIFFRACTION98
2.0946-2.15120.32381420.20162677X-RAY DIFFRACTION99
2.1512-2.21450.2281390.20062628X-RAY DIFFRACTION99
2.2145-2.28590.24661370.18742627X-RAY DIFFRACTION99
2.2859-2.36760.32411380.18312613X-RAY DIFFRACTION99
2.3676-2.46230.26071440.18862672X-RAY DIFFRACTION99
2.4623-2.57430.23421420.18892656X-RAY DIFFRACTION99
2.5743-2.70990.24871380.18472650X-RAY DIFFRACTION100
2.7099-2.87960.26591390.17922665X-RAY DIFFRACTION100
2.8796-3.10160.20261370.18022649X-RAY DIFFRACTION100
3.1016-3.41330.20781410.17012682X-RAY DIFFRACTION100
3.4133-3.90620.16891360.15652612X-RAY DIFFRACTION100
3.9062-4.91730.14761370.1362657X-RAY DIFFRACTION99
4.9173-28.54540.17331400.18742640X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8003-0.4378-0.17532.16260.08682.0010.0190.0122-0.0105-0.01380.0551-0.11320.0351-0.0537-0.06580.06920.0011-0.00490.08770.00650.108718.26148.74227.8134
22.0455-0.47770.03491.86571.17483.16170.0299-0.04770.1594-0.0575-0.03970.1383-0.1533-0.45860.00730.14690.0294-0.00410.20870.03870.15465.499312.148524.7469
31.22730.3992-0.36642.27470.24372.0988-0.0653-0.04510.09020.10870.1363-0.1182-0.00050.1163-0.05650.1240.009-0.0020.1030.00180.09721.49533.55282.7243
41.29110.08060.20951.98971.75483.7401-0.02090.0278-0.15360.1853-0.17510.22820.3319-0.31990.17840.1746-0.02380.02590.18730.01020.16628.420330.05792.2589
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:88)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 89:153)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 2:88)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 89:153)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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