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- PDB-4kq1: Crystal structure of yeast glycogen synthase in complex with urid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kq1
タイトルCrystal structure of yeast glycogen synthase in complex with uridine-5'-monophosphate
要素Gsy2p
キーワードTRANSFERASE / Glycosyltransferase / GT-B / Rossmann Fold / glucosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


F1FO ATP Synthase / F1FO ATP Synthase - #10 / Glycogen Phosphorylase B; / Helix non-globular / Special / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / :
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae FostersO (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Chikwana, V.M. / Hurley, T.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural basis for 2'-phosphate incorporation into glycogen by glycogen synthase.
著者: Chikwana, V.M. / Khanna, M. / Baskaran, S. / Tagliabracci, V.S. / Contreras, C.J. / Depaoli-Roach, A. / Roach, P.J. / Hurley, T.D.
履歴
登録2013年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gsy2p
B: Gsy2p
C: Gsy2p
D: Gsy2p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)331,00516
ポリマ－328,2434
非ポリマー2,76212
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17350 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area98090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.089, 204.372, 206.446
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22B
32C
42D

NCSドメイン領域:

Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERGLYGLYAA2 - 20521 - 224
211SERSERGLYGLYBB2 - 20521 - 224
311SERSERGLYGLYCC2 - 20521 - 224
411SERSERGLYGLYDD2 - 20521 - 224
121ASPASPALAALAAA208 - 278227 - 297
221ASPASPALAALABB208 - 278227 - 297
321ASPASPALAALACC208 - 278227 - 297
421ASPASPALAALADD208 - 278227 - 297
131TRPTRPALAALAAA599 - 639618 - 658
231TRPTRPALAALABB599 - 639618 - 658
331TRPTRPALAALACC599 - 639618 - 658
431TRPTRPALAALADD599 - 639618 - 658
112PHEPHEASPASPAA279 - 598298 - 617
212PHEPHEASPASPBB279 - 598298 - 617
312PHEPHEASPASPCC279 - 598298 - 617
412PHEPHEASPASPDD279 - 598298 - 617

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Gsy2p


分子量: 82060.719 Da / 分子数: 4 / 変異: R589A, R592A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae FostersO (パン酵母)
株: strain ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: FOSTERSO_3265, GSY2 YLR258W L8479.8 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E7NKU1, glycogen(starch) synthase
#2: 化合物
ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP


分子量: 324.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O9P
#3: 糖
ChemComp-G6P / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / グルコ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
a-D-Glcp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2
詳細: 0.1 M Bis-Tris, 16% PEG 300, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→50 Å / Num. all: 117070 / Num. obs: 111217 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0.2 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 69.509583 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.022 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.66-2.714.40.6651250.882188.4
2.71-2.7650.5954150.914193.7
2.76-2.815.30.51855010.942194.4
2.81-2.875.80.46656160.971196.4
2.87-2.935.80.3956230.977196.9
2.93-35.80.35256351.007197.1
3-3.075.90.2956411.054196.9
3.07-3.155.90.23856091.067196.7
3.15-3.255.90.18156551.065196.6
3.25-3.355.90.14756171.097196.4
3.35-3.475.90.11855941.087196.2
3.47-3.615.90.09956001.042196
3.61-3.775.90.08456101.089195.9
3.77-3.975.90.07356101.099195.5
3.97-4.225.90.06455721.003195.3
4.22-4.555.90.05955720.991194.9
4.55-55.80.05755740.99194.5
5-5.735.80.06255451.082194
5.73-7.215.70.05455670.979193.3
7.21-505.60.03655361.011190.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NB0

3nb0


解像度: 2.66→48.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 12.395 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.548 / ESU R Free: 0.317 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2601 5574 5 %RANDOM
Rwork0.2085 ---
obs0.2111 111215 94.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 201.04 Å2 / Biso mean: 80.9411 Å2 / Biso min: 17.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.23 Å2-0 Å20 Å2
2--9.42 Å20 Å2
3----5.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.66→48.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20563 0 176 0 20739
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01921237
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2771.95428785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.62752545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.15323.5991067
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.59153558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.25315156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.23134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02116257
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2536MEDIUM POSITIONAL0.510.5
12B2536MEDIUM POSITIONAL0.50.5
13C2536MEDIUM POSITIONAL0.490.5
14D2536MEDIUM POSITIONAL0.510.5
11A2536MEDIUM THERMAL14.672
12B2536MEDIUM THERMAL17.92
13C2536MEDIUM THERMAL16.382
14D2536MEDIUM THERMAL24.482
21A2592MEDIUM POSITIONAL0.360.5
22B2592MEDIUM POSITIONAL0.380.5
23C2592MEDIUM POSITIONAL0.410.5
24D2592MEDIUM POSITIONAL0.360.5
21A2592MEDIUM THERMAL10.692
22B2592MEDIUM THERMAL12.312
23C2592MEDIUM THERMAL9.642
24D2592MEDIUM THERMAL8.612
LS精密化 シェル解像度: 2.657→2.726 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 421 -
Rwork0.348 7354 -
all-7775 -
obs--90.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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