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- PDB-4kpy: DNA binding protein and DNA complex structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kpy
タイトルDNA binding protein and DNA complex structure
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
  • Uncharacterized protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Argonaute / RNA interference / DNA interference / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Hydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass) / clearance of foreign intracellular DNA / DNA endonuclease activity / manganese ion binding / DNA replication / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 - #60 / Alpha-Beta Plaits - #2620 / Argonaute, PAZ domain / : / : / Argonaute PAZ domain / Argonaute, N-terminal domain / Argonaute, middle domain / Piwi domain profile. / Piwi domain ...Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 - #60 / Alpha-Beta Plaits - #2620 / Argonaute, PAZ domain / : / : / Argonaute PAZ domain / Argonaute, N-terminal domain / Argonaute, middle domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain profile. / PAZ domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / Response regulator / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Protein argonaute
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.406 Å
データ登録者Sheng, G. / Zhao, H. / Wang, J. / Rao, Y. / Wang, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structure-based cleavage mechanism of Thermus thermophilus Argonaute DNA guide strand-mediated DNA target cleavage.
著者: Sheng, G. / Zhao, H. / Wang, J. / Rao, Y. / Tian, W. / Swarts, D.C. / van der Oost, J. / Patel, D.J. / Wang, Y.
履歴
登録2013年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22019年11月20日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02024年5月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3')
E: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3')
M: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*C)-3')
N: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,93616
ポリマ－177,9628
非ポリマー9748
水6,413356
1
A: Uncharacterized protein
C: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3')
N: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4688
ポリマ－88,9814
非ポリマー4874
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8400 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area30740 Å2
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein
E: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3')
M: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4688
ポリマ－88,9814
非ポリマー4874
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8440 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area30790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.329, 118.362, 160.873
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 76728.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB27 / 遺伝子: TT_P0026 / プラスミド: pET-sumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q746M7

-
DNA鎖 , 3種, 6分子 CEDFMN

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3')


分子量: 6588.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3')


分子量: 2979.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*C)-3')


分子量: 2683.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 364分子

#5: 化合物 ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / TMP


分子量: 322.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O8P
#6: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.7 %
結晶化温度: 306 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.6M NaAc, 0.1M Bis-Tris Propane pH 7.0, hanging drop, temperature 306K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2012年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 82290 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 44.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Num. unique all: 7757 / % possible all: 92.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.406→48.312 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / FOM work R set: 0.8128 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 4028 4.99 %radom
Rwork0.1904 ---
obs0.1926 80659 97.13 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 148.75 Å2 / Biso mean: 49.8736 Å2 / Biso min: 15.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.406→48.312 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10542 1314 48 356 12260
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00912349
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10217084
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451870
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051984
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9734667
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4059-2.43420.28741180.25712346246487
2.4342-2.46390.32921320.254626942826100
2.4639-2.49510.34981400.277926762816100
2.4951-2.52790.43261450.35412599274498
2.5279-2.56250.39881500.297226942844100
2.5625-2.59910.35641380.264326902828100
2.5991-2.63790.29781400.254926892829100
2.6379-2.67920.47381250.37082684280999
2.6792-2.72310.36871350.28432698283399
2.7231-2.770.30211440.218126742818100
2.77-2.82040.27591530.219926952848100
2.8204-2.87460.27411410.21326842825100
2.8746-2.93330.26661630.209326962859100
2.9333-2.99710.24681340.208226862820100
2.9971-3.06680.27221420.206126952837100
3.0668-3.14350.24551170.195427442861100
3.1435-3.22840.2281440.191727012845100
3.2284-3.32340.21221420.18227222864100
3.3234-3.43070.20811420.17952667280999
3.4307-3.55320.24551470.21672653280098
3.5532-3.69550.22691080.18231824193267
3.6955-3.86360.22141190.17112699281899
3.8636-4.06720.23211100.16072010212074
4.0672-4.32180.16851530.143227252878100
4.3218-4.65530.1681380.136927662904100
4.6553-5.12330.20871570.144327322889100
5.1233-5.86360.20351460.174427822928100
5.8636-7.38320.24731480.184128112959100
7.3832-48.32170.17031570.16682895305299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.07510.1296-0.27850.78570.00161.08950.31240.99610.091-0.4721-0.3377-0.321-0.4346-0.17660.04860.57870.2204-0.00240.71150.06290.480411.1183-28.565844.5488
20.3795-0.0098-0.77731.20661.12882.5963-0.15360.2558-0.20570.3425-0.1060.02870.7922-0.40220.23340.60030.06120.07150.4682-0.10560.4545-13.8947-42.314938.1322
31.0607-0.10130.54690.5283-0.05011.6248-0.0933-0.07930.08280.0655-0.00190.0074-0.03750.01560.1020.19380.0116-0.00850.1815-0.03810.2165-27.7132-9.569740.1209
40.9303-0.5971-0.05432.1426-0.5111.0901-0.0795-0.16090.0940.3635-0.1418-0.3195-0.24310.1690.19560.34280.0538-0.02940.48780.0390.34314.7483-25.7327-1.1616
50.4219-0.08680.01640.86380.30481.23740.00240.05360.1228-0.1115-0.0605-0.0668-0.00190.10230.06070.22420.0152-0.02460.21830.04590.2576-21.4773-2.42290.6628
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1:122 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 123:300 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 301:685 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 3:282 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 283:685 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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