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- PDB-4kie: Crystal structure of the EAL domain of c-di-GMP specific phosphod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kie
タイトルCrystal structure of the EAL domain of c-di-GMP specific phosphodiesterase YahA
要素Cyclic di-GMP phosphodiesterase YahA
キーワードHYDROLASE / pGpG / phosphodiesterase / TIM-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase / cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase activity / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family ...EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Cyclic di-GMP phosphodiesterase PdeL
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sundriyal, A. / Schirmer, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Inherent Regulation of EAL Domain-catalyzed Hydrolysis of Second Messenger Cyclic di-GMP.
著者: Sundriyal, A. / Massa, C. / Samoray, D. / Zehender, F. / Sharpe, T. / Jenal, U. / Schirmer, T.
履歴
登録2013年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references / Other
改定 1.22014年5月14日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic di-GMP phosphodiesterase YahA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9936
ポリマ－31,2421
非ポリマー7515
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.626, 87.818, 94.723
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-516-

HOH

詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Cyclic di-GMP phosphodiesterase YahA


分子量: 31241.881 Da / 分子数: 1 / 断片: EAL domain containing residues 96-372 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yahA, b0315, JW0307 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P21514, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Na-Acetate pH 4.6 and 40% PEG200, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→47.36 Å / Num. obs: 34026 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.14 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 15.722
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
1.7-1.796.140.441.66301084904100
1.79-1.96.160.272.74287324663100
1.9-2.036.180.164.28270154374100
2.03-2.196.190.116.65254434111100
2.19-2.46.190.079.19234063783100
2.4-2.696.210.0610.12212303417100
2.69-3.16.190.078.9188203042100
3.1-3.86.160.0415.1159932598100
3.8-5.386.030.0316.0712248203099.74
5.38-47.365.510.0320.636088110494.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0029精密化
SCALACCP4_3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER2.1.4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2R6O

2r6o


解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU B: 3.381 / SU ML: 0.057 / σ(F): 0
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1853 1726 5.1 %
Rwork0.1654 --
obs0.1665 34019 99.73 %
溶媒の処理溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 72.27 Å2 / Biso mean: 27.497 Å2 / Biso min: 11.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.57 Å20 Å2-0 Å2
2---0.71 Å2-0 Å2
3---1.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2054 0 50 213 2317
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192214
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4451.9683005
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79534910
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8255272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.24325.05199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.67715354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.512156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212480
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02492
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 116 -
Rwork0.234 2340 -
all-2456 -
obs--99.96 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.2854 Å / Origin y: -18.2126 Å / Origin z: -24.3855 Å
111213212223313233
T0.0019 Å20.0002 Å20.0063 Å2-0.0075 Å20.0096 Å2--0.0543 Å2
L0.4432 °2-0.1825 °20.054 °2-0.4183 °2-0.0164 °2--0.2172 °2
S-0.0193 Å °-0.0152 Å °-0.1081 Å °0.0105 Å °0.0318 Å °0.0058 Å °0.0116 Å °-0.0205 Å °-0.0125 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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