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万見
- PDB-4kho: Structure of the FACT complex Subunit Spt16M -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kho
タイトルStructure of the FACT complex Subunit Spt16M
要素Uncharacterized protein Spt16M
キーワードTRANSCRIPTION/REPLICATION / Pleckstrin homology domain / Histone chaperone / Chromatin reorganizer / Pob3 / nucleus / TRANSCRIPTION-REPLICATION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


FACT complex / nucleosome organization / nucleosome binding / transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of gene expression / DNA replication / DNA repair / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PH-domain like - #150 / FACT complex subunit Spt16, peptidase M24-like domain / : / FACT complex subunit SPT16, C-terminal domain / : / FACT complex subunit SPT16 PH-like domain / FACT complex subunit Spt16 domain / FACT complex subunit (SPT16/CDC68) / FACT complex subunit (SPT16/CDC68) / FACT complex subunit Spt16, N-terminal lobe domain ...PH-domain like - #150 / FACT complex subunit Spt16, peptidase M24-like domain / : / FACT complex subunit SPT16, C-terminal domain / : / FACT complex subunit SPT16 PH-like domain / FACT complex subunit Spt16 domain / FACT complex subunit (SPT16/CDC68) / FACT complex subunit (SPT16/CDC68) / FACT complex subunit Spt16, N-terminal lobe domain / FACT complex subunit Spt16 / FACT complex subunit SPT16 N-terminal lobe domain / FACT complex subunit SPT16 N-terminal lobe domain / Histone chaperone RTT106/FACT complex subunit SPT16-like, middle domain / Histone chaperone Rttp106-like, middle domain / Histone chaperone Rttp106-like / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FACT complex subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Stuwe, T. / Hondele, M. / Ladurner, A.G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural basis of histone H2A-H2B recognition by the essential chaperone FACT.
著者: Hondele, M. / Stuwe, T. / Hassler, M. / Halbach, F. / Bowman, A. / Zhang, E.T. / Nijmeijer, B. / Kotthoff, C. / Rybin, V. / Amlacher, S. / Hurt, E. / Ladurner, A.G.
履歴
登録2013年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Derived calculations
改定 1.22013年6月12日Group: Database references
改定 1.32013年6月19日Group: Refinement description
改定 1.42013年7月17日Group: Database references
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein Spt16M
B: Uncharacterized protein Spt16M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8595
ポリマ－69,7012
非ポリマー1583
水7,746430
1
A: Uncharacterized protein Spt16M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9503
ポリマ－34,8501
非ポリマー992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein Spt16M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9092
ポリマ－34,8501
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.550, 75.030, 142.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein Spt16M


分子量: 34850.449 Da / 分子数: 2 / 断片: Histone chaperone residues 651-945 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0052370, Spt16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SDN1
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 6% PEG 8000, 0.1M Na-cacodylate pH 5.5, 0.2M Ca-acetate hydrate, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月18日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.8 Å / Num. obs: 52572 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 3.1 / Biso Wilson estimate: 26.29 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→45.143 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.12 / σ(F): 2 / 位相誤差: 22.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2357 1357 3 %
Rwork0.208 --
obs0.209 45225 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.3374 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.143 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4343 0 9 430 4782
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044446
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8976013
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2161676
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057665
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003787
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.07150.26491330.25384317X-RAY DIFFRACTION99
2.0715-2.15450.27671330.24114290X-RAY DIFFRACTION99
2.1545-2.25250.29961340.2394329X-RAY DIFFRACTION99
2.2525-2.37130.27731340.23994323X-RAY DIFFRACTION99
2.3713-2.51980.25751330.23144331X-RAY DIFFRACTION99
2.5198-2.71430.26981350.23174359X-RAY DIFFRACTION100
2.7143-2.98750.27381360.22624396X-RAY DIFFRACTION100
2.9875-3.41960.25361370.20784416X-RAY DIFFRACTION100
3.4196-4.30780.22641370.17714449X-RAY DIFFRACTION100
4.3078-45.15490.16691450.18374658X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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