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万見
- PDB-4k6v: Crystal structure of Ad37 fiber knob in complex with trivalent si... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k6v
タイトルCrystal structure of Ad37 fiber knob in complex with trivalent sialic acid inhibitor ME0407
要素Fiber protein
キーワードVIRAL PROTEIN / adenovirus / fiber knob / protein carbohydrate interaction / carbohydrate mimic / multivalent ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-18D / Chem-1P4 / ACETATE ION / Fiber
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus 37 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Stehle, T. / Bauer, J.
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Triazole linker-based trivalent sialic acid inhibitors of adenovirus type 37 infection of human corneal epithelial cells.
著者: Caraballo, R. / Saleeb, M. / Bauer, J. / Liaci, A.M. / Chandra, N. / Storm, R.J. / Frangsmyr, L. / Qian, W. / Stehle, T. / Arnberg, N. / Elofsson, M.
履歴
登録2013年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Database references
改定 1.22015年9月9日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name
改定 2.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fiber protein
B: Fiber protein
C: Fiber protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,11618
ポリマ－65,1503
非ポリマー1,96615
水11,187621
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7630 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area21160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.320, 69.680, 74.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC

#1: タンパク質 Fiber protein


分子量: 21716.535 Da / 分子数: 3 / 断片: fiber knob / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus 37 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: L5 / プラスミド: pPROEX Htb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q64823
#3: 糖 ChemComp-18D / 3,5-dideoxy-5-(propanoylamino)-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid / 3,5-dideoxy-5-(propanoylamino)-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulosonic acid / 3,5-dideoxy-5-(propanoylamino)-D-glycero-D-galacto-non-2-ulosonic acid / 3,5-dideoxy-5-(propanoylamino)-D-glycero-galacto-non-2-ulosonic acid / N-プロパノイル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 323.296 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H21NO9

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非ポリマー , 6種, 633分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-1P4 / 3,3',3''-[nitrilotris(methanediyl-1H-1,2,3-triazole-4,1-diyl)]tripropan-1-ol / 3,3′,3′′-[ニトリロトリス[メチレン(1H-1,2,3-トリアゾ-ル-4,1-ジイル)]]トリス(1-プロパノ(以下略)


分子量: 434.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H30N10O3
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 621 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 25% PEG 8000, 0.1M HEPES, 0.05M zinc acetate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月12日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 99467 / Num. obs: 99467 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 27.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.917 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 7042 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0025精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: unliganded Ad37 trimer

解像度: 1.5→45.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.98 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18464 1492 1.5 %RANDOM
Rwork0.13376 ---
obs0.13452 99466 99.46 %-
all-99467 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.715 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20 Å20.63 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→45.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4320 0 117 621 5058
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.024631
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024277
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4091.9716330
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.4253.0029898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.75588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.26525.243185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.94915748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.994158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2735
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021050
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.67338908
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.6455172
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.38559241
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.541 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 105 -
Rwork0.251 6925 -
obs-6778 95.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.19860.9455-0.32372.0325-0.71721.0478-0.1660.0931-0.2287-0.3217-0.0431-0.37740.29740.13180.20910.12510.05580.09170.06150.0120.0989-10.8098-4.0768-33.1732
21.6931-0.2278-1.05241.18240.20221.92380.0734-0.29010.07140.1958-0.1249-0.255-0.10340.41640.05140.05-0.0394-0.05430.15920.02450.0758-7.508910.7069-10.6693
31.14350.39970.15391.0304-0.21511.91730.0084-0.0895-0.07090.072-0.03110.01480.1665-0.01080.02270.03280.00960.00530.02380.00330.0076-29.2111-5.4985-13.138
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A182 - 365
2X-RAY DIFFRACTION2B181 - 365
3X-RAY DIFFRACTION3C183 - 365

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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