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- PDB-4k66: Structure of an airborne transmissible avian influenza H5 hemaggl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k66
タイトルStructure of an airborne transmissible avian influenza H5 hemagglutinin mutant from the influenza virus A/Indonesia/5/2005 complexed with avian receptor analog LSTa
要素(Hemagglutinin) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / virus attachment / membrane fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.005 Å
データ登録者Zhang, W. / Shi, Y. / Lu, X. / Shu, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: An airborne transmissible avian influenza H5 hemagglutinin seen at the atomic level.
著者: Zhang, W. / Shi, Y. / Lu, X. / Shu, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2013年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月29日Group: Refinement description
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年8月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,84412
ポリマ－220,4598
非ポリマー1,3854
水00
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,42212
ポリマ－165,3446
非ポリマー2,0786
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area31360 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area58910 Å2
手法PISA
2
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子

C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子

C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,42212
ポリマ－165,3446
非ポリマー2,0786
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area31350 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area58860 Å2
手法PISA
3
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin

E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin

E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,3446
ポリマ－165,3446
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area27810 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area59730 Å2
手法PISA
4
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin

G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin

G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,3446
ポリマ－165,3446
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area27780 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area59930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.605, 70.605, 490.126
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

-
要素

#1: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 36203.953 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 17-326 / 変異: H107Y, T160A, Q226L, G228S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Indonesia/5/2005(H5N1) / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8HWY8
#2: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 18910.838 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 347-510 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Indonesia/5/2005(H5N1) / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8HWY8
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a3-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 1500, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月2日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinタイプ: merohedral / Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.2548
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 50062 / Num. obs: 50062 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FK0

2fk0


解像度: 3.005→49.013 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7969 / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.96 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2617 2544 5.09 %RANDOM
Rwork0.2187 ---
all0.2208 50023 --
obs0.2208 50023 91.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 304.21 Å2 / Biso mean: 98.4873 Å2 / Biso min: 8.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.005→49.013 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15480 0 92 0 15572
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01415956
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.57521588
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4685866
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.162316
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062814
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.0055-3.06330.33291380.2891264088
3.0633-3.12580.35281370.2813259094
3.1258-3.19370.31651500.2664263490
3.1937-3.2680.29641300.2558263293
3.268-3.34970.31161320.2537267291
3.3497-3.44030.31021290.2562264893
3.4403-3.54150.2961460.2487266991
3.5415-3.65580.2831410.2257256992
3.6558-3.78640.24361540.2318261891
3.7864-3.93790.27171560.216260589
3.9379-4.1170.2461400.197256191
4.117-4.3340.23381470.189258690
4.334-4.60530.2191350.1851256690
4.6053-4.96060.22381340.1851260390
4.9606-5.45920.24671660.1983262491
5.4592-6.24780.24621340.2087270294
6.2478-7.86630.26981370.2173279796
7.8663-49.01910.25411380.2201276395
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02290.0210.01110.0348-0.0380.01580.0423-0.0251-0.11510.0304-0.0950.0555-0.1562-0.0047-00.714-0.0907-0.14590.7948-0.06150.497917.784617.2601-46.0577
20.12970.055-0.13060.0288-0.11410.1342-0.0090.4887-0.142-0.04530.03040.1693-0.1581-0.0499-0.01140.27980.01880.00790.44620.01930.358212.80557.8755-8.0489
30.0011-0.00750.01460.0904-0.0850.16920.13760.0498-0.25610.16440.2058-0.00720.0725-0.02650.146-0.0271-0.21580.06860.2555-0.10550.318111.80212.489911.3113
40.14640.0365-0.0590.0918-0.03080.0651-0.0953-0.1965-0.152-0.1025-0.02860.1730.01050.0021-0.1415-0.2914-0.56350.0846-0.66630.06330.255816.39976.594421.6111
50.3011-0.09180.09350.3586-0.25430.40220.2641-0.5084-0.07140.359-0.4324-0.0228-0.22620.4255-0.13510.05610.13220.0342-0.033-0.01920.347522.61699.433632.5951
60.0875-0.0058-0.0670.0215-0.01360.05470.0045-0.18980.0701-0.0686-0.1591-0.0163-0.00080.0658-0.0932-1.21390.14590.13130.1070.01080.445128.38414.76224.729
70.0569-0.0419-0.0330.03810.0290.0163-0.01780.0309-0.0019-0.15520.048-0.0608-0.2274-0.089600.26980.00050.00440.2394-0.04850.29221.90762.175617.6769
80.02230.0040.02060.03090.01220.0301-0.17020.1287-0.0605-0.06590.17880.1568-0.2522-0.13550.00020.3-0.1209-0.03780.4041-0.0460.369713.67648.0326-8.9998
90.01720.0095-0.03540.0080.00630.0365-0.08960.0853-0.1857-0.24670.00210.0085-0.16040.1763-0.00940.61250.0441-0.03810.8317-0.05420.338519.79614.8012-25.3216
100.00160.00370.00690.00140.00430.0016-0.18540.23440.0441-0.0174-0.39650.0697-0.0623-0.192100.9378-0.0055-0.10281.0915-0.01410.506820.092816.0225-50.9549
110.020.0121-0.00340.025-0.01020.00150.0652-0.01420.01230.0212-0.07540.0316-0.01540.024201.448-0.23190.01271.2733-0.19230.461917.32286.005-59.0123
120.00210.0121-0.01160.0042-0.00320.0065-0.18280.01270.07290.06380.2594-0.0262-0.0211-0.010300.6940.12680.09850.52290.06210.599228.34995.1151-36.0736
130.07720.02440.04660.1991-0.0770.04660.117-0.19480.06150.256-0.11490.1085-0.0892-0.06860.057-0.0042-0.0874-0.1080.1346-0.04810.383727.474915.4145-0.8342
140.0917-0.09330.04460.1329-0.08670.02780.09630.09780.0017-0.02960.02850.0731-0.0763-0.02370.03020.3012-0.017-0.00320.27340.01020.135228.80618.7689-25.7077
150.0030.00270.0120.00480.0010.0088-0.1273-0.1121-0.0145-0.1632-0.0995-0.10120.2335-0.0489-01.36930.1097-0.03921.1640.05550.474526.573612.612-67.8438
16-0.00820.0027-0.0011-0.0044-0.00390.00140.0759-0.1908-0.23470.08130.03070.11170.0791-0.177701.05940.045-0.0441.1474-0.08770.655828.192.1394-67.2425
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 4:27 )A4 - 27
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3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 67:85 )A67 - 85
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10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 335:354 )B335 - 354
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 355:371 )B355 - 371
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16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resseq 480:498 )B480 - 498
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resseq 4:27 )C4 - 27
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resseq 28:111 )C28 - 111
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resseq 112:146 )C112 - 146
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resseq 147:247 )C147 - 247
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23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resseq 335:354 )D335 - 354
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resseq 355:371 )D355 - 371
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resseq 372:392 )D372 - 392
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resseq 393:402 )D393 - 402
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resseq 403:457 )D403 - 457
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resseq 458:498 )D458 - 498
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resseq 4:85 )E4 - 85
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resseq 86:270 )E86 - 270
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resseq 271:324 )E271 - 324
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resseq 335:354 )F335 - 354
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resseq 355:371 )F355 - 371
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resseq 372:392 )F372 - 392
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resseq 393:402 )F393 - 402
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resseq 403:471 )F403 - 471
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resseq 472:498 )F472 - 498
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resseq 4:85 )G4 - 85
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'G' and (resseq 86:270 )G86 - 270
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'G' and (resseq 271:304 )G271 - 304
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'G' and (resseq 305:324 )G305 - 324
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'H' and (resseq 335:344 )H335 - 344
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'H' and (resseq 345:354 )H345 - 354
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'H' and (resseq 355:361 )H355 - 361
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'H' and (resseq 362:371 )H362 - 371
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'H' and (resseq 372:402 )H372 - 402
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'H' and (resseq 403:457 )H403 - 457
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'H' and (resseq 458:471 )H458 - 471
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'H' and (resseq 472:498 )H472 - 498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る