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- PDB-4k65: Structure of an airborne transmissible avian influenza H5 hemaggl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k65
タイトルStructure of an airborne transmissible avian influenza H5 hemagglutinin mutant from the influenza virus A/Indonesia/5/2005
要素(Hemagglutinin) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / virus attachment / membrane fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhang, W. / Shi, Y. / Lu, X. / Shu, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: An airborne transmissible avian influenza H5 hemagglutinin seen at the atomic level.
著者: Zhang, W. / Shi, Y. / Lu, X. / Shu, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2013年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月29日Group: Refinement description
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32022年8月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,90210
ポリマ－220,4598
非ポリマー4422
水00
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,0089
ポリマ－165,3446
非ポリマー6643
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area28460 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area58470 Å2
手法PISA
2
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子

C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子

C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,0089
ポリマ－165,3446
非ポリマー6643
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area28340 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area58800 Å2
手法PISA
3
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin

E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin

E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,3446
ポリマ－165,3446
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area27450 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area59350 Å2
手法PISA
4
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin

G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin

G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,3446
ポリマ－165,3446
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area27730 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area59530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.637, 70.637, 487.656
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 36203.953 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 17-326 / 変異: H107Y, T160A, Q226L, G228S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Indonesia/5/2005(H5N1) / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8HWY8
#2: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 18910.838 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 347-510 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Indonesia/5/2005(H5N1) / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8HWY8
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 1500, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月3日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinタイプ: merohedral / Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.431
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 56188 / Num. obs: 56188 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 91.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FK0

2fk0


解像度: 2.9→48.876 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8088 / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2563 2833 5.05 %RANDOM
Rwork0.2081 ---
all0.2106 56153 --
obs0.2106 56153 92.35 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 185.66 Å2 / Biso mean: 61.2666 Å2 / Biso min: 2.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.876 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15480 0 28 0 15508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00515890
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98721490
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4865848
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0682292
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052810
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8945-2.94440.37251290.2983257287
2.9444-2.99790.27781370.2593259292
2.9979-3.05560.28951540.259272792
3.0556-3.1180.31951460.2547258492
3.118-3.18570.28461420.2534268393
3.1857-3.25980.33771370.2472263793
3.2598-3.34130.28881490.2471271092
3.3413-3.43170.28961350.235261794
3.4317-3.53260.31261580.2284270191
3.5326-3.64660.26261450.204255992
3.6466-3.77690.24051210.2139261390
3.7769-3.9280.23181410.1967270991
3.928-4.10670.23691430.1823266794
4.1067-4.32310.22371400.1737263792
4.3231-4.59380.20381440.1661262392
4.5938-4.94820.23361380.169268692
4.9482-5.44550.24081410.1854264691
5.4455-6.23210.23241320.2062268093
6.2321-7.84660.24561470.209284097
7.8466-48.88310.24961540.2073283798
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.5671 Å / Origin y: -2.3255 Å / Origin z: -174.9651 Å
111213212223313233
T0.03 Å20.0016 Å2-0.0005 Å2-0.0254 Å20.0029 Å2--0.0313 Å2
L-0.0016 °20.0001 °2-0.0006 °2--0.0008 °2-0.001 °2--0.0002 °2
S-0.0026 Å °-0.003 Å °-0.0077 Å °0.0007 Å °-0.0044 Å °-0.0026 Å °-0.0022 Å °0.0045 Å °0.0034 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA4 - 324
2X-RAY DIFFRACTION1allA601
3X-RAY DIFFRACTION1allB335 - 498
4X-RAY DIFFRACTION1allC4 - 324
5X-RAY DIFFRACTION1allC601
6X-RAY DIFFRACTION1allD335 - 498
7X-RAY DIFFRACTION1allE4 - 324
8X-RAY DIFFRACTION1allF335 - 498
9X-RAY DIFFRACTION1allG4 - 324
10X-RAY DIFFRACTION1allH335 - 498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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