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- PDB-4k63: Structure of an avian influenza H5 hemagglutinin from the influen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k63
タイトルStructure of an avian influenza H5 hemagglutinin from the influenza virus complexed with avian receptor analog LSTa
要素(Hemagglutinin) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / virus attachment / membrane fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-sialyl-N-acetyllactosamine / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhang, W. / Shi, Y. / Lu, X. / Shu, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: An airborne transmissible avian influenza H5 hemagglutinin seen at the atomic level.
著者: Zhang, W. / Shi, Y. / Lu, X. / Shu, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2013年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年8月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,35714
ポリマ－220,4198
非ポリマー2,9386
水00
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,00212
ポリマ－165,3146
非ポリマー2,6876
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-y,x-y+2,z1
crystal symmetry operation3_355-x+y-2,-x,z1
Buried area31060 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area59830 Å2
手法PISA
2
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子

C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子

C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,3389
ポリマ－165,3146
非ポリマー2,0243
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_685-y+1,x-y+3,z1
crystal symmetry operation3_365-x+y-2,-x+1,z1
Buried area30240 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area59680 Å2
手法PISA
3
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子

E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子

E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,39212
ポリマ－165,3146
非ポリマー2,0786
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_585-y,x-y+3,z1
crystal symmetry operation3_255-x+y-3,-x,z1
Buried area30230 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area59320 Å2
手法PISA
4
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
ヘテロ分子

G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
ヘテロ分子

G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,3389
ポリマ－165,3146
非ポリマー2,0243
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_685-y+1,x-y+3,z1
crystal symmetry operation3_365-x+y-2,-x+1,z1
Buried area30230 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area59770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.555, 70.555, 506.295
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 36193.895 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 17-326 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Indonesia/5/2005(H5N1) / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8HWY8
#2: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 18910.838 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 347-510 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Indonesia/5/2005(H5N1) / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8HWY8
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 3'-sialyl-N-acetyllactosamine


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 3'-sialyl-N-acetyllactosamine
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a3-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 2000 MME, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月3日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinタイプ: merohedral / Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.428
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 42807 / Num. obs: 42807 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 57.19 Å2
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / % possible all: 83.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FK0

2fk0


解像度: 3.1→49.49 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7261 / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 34.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3069 2162 5.05 %RANDOM
Rwork0.245 ---
all0.2481 42793 --
obs0.2481 42793 80.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 202.92 Å2 / Biso mean: 67.4869 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→49.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15476 0 198 0 15674
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00416063
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08221744
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5465917
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1262351
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042825
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.0646-3.13590.39351080.3115219367
3.1359-3.21430.38071390.2812285882
3.2143-3.30120.3511510.2808275585
3.3012-3.39830.29451460.2724279883
3.3983-3.50790.39071660.2901277483
3.5079-3.63330.32911650.268269482
3.6333-3.77870.32371580.2677271582
3.7787-3.95060.30891530.2543276181
3.9506-4.15880.27881260.2548270980
4.1588-4.41920.31631510.2343267280
4.4192-4.76020.34761470.2274266881
4.7602-5.23870.27021140.224271080
5.2387-5.99570.31121460.2295268180
5.9957-7.54960.25481420.2325269580
7.5496-49.49650.24151500.2064294886
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02840.00440.08620.0065-0.01560.1306-0.06820.09940.062-0.1052-0.00230.0494-0.1541-0.0106-0.53320.06580.0093-0.1138-0.05770.0484-0.3254-89.272552.9383-7.4064
20.1939-0.05990.110.2244-0.01790.8162-0.1725-0.05610.09850.1227-0.09560.0946-0.0544-0.1331-1.8805-0.03610.032-0.07070.00280.024-0.179-89.897345.506728.6169
30.0009-0.0113-0.00250.0260.00410.0010.07210.086-0.0185-0.0026-0.1166-0.02470.1017-0.1412-0.03390.52690.1527-0.00290.49190.02770.1918-88.69852.5384-15.0348
4-0.001-0.0149-0.00270.07020.02620.0092-0.04710.15030.0801-0.0976-0.09440.03270.01970.001-0.0260.8283-0.0489-0.12850.84830.05410.2655-87.078546.3682-47.8083
50.3949-0.0188-0.080.19330.01630.11330.00910.206-0.007-0.1294-0.02280.0595-0.0341-0.0458-0.02810.1665-0.0071-0.1086-0.00960.0853-0.1382-75.865945.574-19.7364
60.02550.0386-0.00640.06390.00090.01560.04430.0445-0.00790.0720.10450.125-0.0076-0.0529-0.00011.1949-0.0246-0.17711.21490.06480.3522-85.975341.8576-67.3288
70.0333-0.01760.03110.02440.03160.04-0.06510.2046-0.094-0.0538-0.09250.019-0.0809-0.1013-0.43480.139-0.0135-0.13620.3228-0.11830.0346-90.498471.5051-134.8426
80.3367-0.1216-0.04780.1563-0.04930.05980.0606-0.14580.0243-0.02740.0120.0018-0.12670.04920.1775-0.02750.09450.12370.0157-0.0960.0124-84.380467.162-98.8229
90.06270.03230.03660.02240.03030.0375-0.0287-0.01410.0058-0.02440.03250.03370.0348-0.04630.0090.4192-0.0502-0.11370.5814-0.06670.132-89.941971.8763-142.4038
100.0977-0.0280.00430.0058-0.00630.032-0.11730.0103-0.0375-0.08830.020.0750.0822-0.08630.00450.9814-0.0926-0.05051.1832-0.11890.301-83.766470.3344-175.3012
110.0065-0.0192-0.00630.1134-0.01280.0157-0.05570.0876-0.0022-0.2121-0.03050.0324-0.0132-0.0736-0.19970.339-0.0928-0.1110.2371-0.05950.1256-77.441779.3926-147.2038
120.00010.0004-0.0004-0.0003-0-0.00010.0278-0.0386-0.03340.02090.0786-0.02360.066-0.108501.2820.1574-0.05571.482-0.12960.7606-79.106268.7381-194.8448
130.07110.09680.04580.1060.05050.02530.0572-0.0414-0.0360.055-0.0687-0.1540.1730.0550.00060.16140.07030.00030.2078-0.03780.315-87.128348.8915-260.4965
140.135-0.0504-0.10290.15460.03240.0893-0.0934-0.17370.06390.10680.0248-0.1537-0.00120.0983-0.04640.10650.0386-0.03150.19610.00970.4917-86.4856.2985-224.4271
150.0206-0.022-0.01330.01560.01380.0104-0.08490.1564-0.0901-0.1076-0.10140.13160.10150.0075-00.456-0.00930.09870.3872-0.01330.6496-87.638649.229-268.1503
160.0007-0.0033-0.00280.0090.00440.002-0.0294-0.00860.0506-0.115-0.01760.09180.0724-0.0086-01.11020.12990.28050.8263-0.13670.8541-91.147751.1222-306.6216
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180.02270.02470.01170.0332-0.00180.0916-0.118-0.00730.0607-0.04010.0687-0.0324-0.04250.0076-0.01130.36550.07430.11180.4004-0.09630.528-97.666256.5426-254.1413
190.13810.0461-0.03530.022-0.0010.04240.1136-0.00960.0704-0.1616-0.0660.0181-0.0538-0.00630.04590.62590.15410.01180.2736-0.02720.1889-101.139556.5358-280.3567
200.00450.00110.00360.001-0.00060.00290.04580.0513-0.00310.03560.0769-0.091-0.0085-0.0096-01.31-0.28810.12811.1503-0.01090.5701-90.042659.8117-320.7185
210.2114-0.09140.01170.0378-0.00310.0358-0.12210.0885-0.3227-0.03260.02170.02040.0218-0.1148-0.0870.3735-0.0519-0.03140.2046-0.06670.5259-71.964859.1826118.2642
220.2083-0.00020.19540.37920.06830.27140.0361-0.0757-0.040.1803-0.039-0.1014-0.0462-0.0465-0.06180.14790.01760.01020.14960.07060.4636-65.033662.3389154.2371
230.0228-0.0287-0.01110.02780.00810.0142-0.00580.07860.0182-0.063-0.03030.21190.01620.042900.71830.01470.12710.7139-0.06730.6228-71.882260.0069110.6384
240.01370.0197-0.00790.022-0.00550.00590.0512-0.0287-0.0282-0.06580.05340.01070.06740.009201.1837-0.31390.02521.0811-0.14890.8831-67.467164.269177.883
250.08290.04540.02160.0866-0.00160.0180.01880.098-0.2074-0.1464-0.06840.10090.0305-0.04490.00880.4232-0.08740.0120.3943-0.07740.2951-72.181374.4155105.7946
26-0.00010.001900.00860.00150.00250.0779-0.0682-0.04340.0481-0.01920.00890.07110.0198-01.381-0.1699-0.03731.4019-0.03260.8359-63.705367.453858.3236
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 4:111 )A4 - 111
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 112:270 )A112 - 270
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 271:324 )A271 - 324
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 335:393 )B335 - 393
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 394:457 )B394 - 457
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 458:498 )B458 - 498
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resseq 4:111 )C4 - 111
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resseq 112:270 )C112 - 270
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resseq 271:324 )C271 - 324
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resseq 335:393 )D335 - 393
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resseq 394:457 )D394 - 457
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resseq 458:498 )D458 - 498
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resseq 4:111 )E4 - 111
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resseq 112:270 )E112 - 270
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resseq 271:324 )E271 - 324
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resseq 335:364 )F335 - 364
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resseq 365:393 )F365 - 393
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resseq 394:408 )F394 - 408
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resseq 409:459 )F409 - 459
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resseq 460:498 )F460 - 498
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'G' and (resseq 4:111 )G4 - 111
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'G' and (resseq 112:270 )G112 - 270
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and (resseq 271:324 )G271 - 324
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'H' and (resseq 335:393 )H335 - 393
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'H' and (resseq 394:457 )H394 - 457
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'H' and (resseq 458:498 )H458 - 498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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