PDB-4k3z: Crystal structure of D-erythrulose 4-phosphate dehydrogenase from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4k3z

タイトル

Crystal structure of D-erythrulose 4-phosphate dehydrogenase from Brucella melitensis, solved by iodide SAD

要素

D-erythrulose 4-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Brucella melitensis / D-erythrulose 4-phosphate dehydrogenase / iodide SAD / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella melitensis bv. 1 (マルタ熱菌)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of D-erythrulose 4-phosphate dehydrogenase from Brucella melitensis, solved by iodide SAD
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Clifton, M.C. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2013年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/4k3z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/4k3z	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6t7e-2 1jy7-1 6kv3-2 2pzb-1 1h1m-2 2isq-1 2cb0-d 5k85-1 1h1m-1 4ry5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BrmeA.18135.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: D-erythrulose 4-phosphate dehydrogenase

B: D-erythrulose 4-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

75.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: D-erythrulose 4-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: D-erythrulose 4-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: D-erythrulose 4-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: D-erythrulose 4-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.500, 103.500, 256.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-703- HOH
2	1	B-743- HOH

#1: タンパク質	D-erythrulose 4-phosphate dehydrogenase / EryC family protein 分子量: 37344.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella melitensis bv. 1 (マルタ熱菌) 株: 16M / 遺伝子: BAWG_2138, BMEII0428 / プラスミド: BrmeA.18135.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8YCV0, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.66	54.4
2

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: EmeraldBio JCSG screen, a3: 20% PEG 3350, 200mM ammonium citrate; BrmeA.18135.a.A1.PS01411 at 20mg/ml; crystal from tray 235328a3 incubated with 500mM NaI, 20% EG in 2 steps, pH 7.5, VAPOR ...

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2

放射光源

由来	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極	RIGAKU	1	1.5418
回転陽極	RIGAKU	2	1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RIGAKU SATURN 944+	1	CCD	2012年7月6日
RIGAKU SATURN 944+	2	CCD	2012年3月30日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	RIGAKU VARIMAX	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	RIGAKU VARIMAX	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection

数: 1452860 / R_merge(I) obs: 0.076 / D res high: 2.3 Å / Num. obs: 68952 / % possible obs: 99.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs
2.3	2.36	5074	98.7	1	0.281
2.36	2.42	4970	99.9	1	0.26
2.42	2.49	4822	100	1	0.219
2.49	2.57	4673	100	1	0.192
2.57	2.66	4592	99.9	1	0.174
2.66	2.75	4410	100	1	0.152
2.75	2.85	4220	100	1	0.132
2.85	2.97	4103	99.9	1	0.117
2.97	3.1	3904	99.9	1	0.094
3.1	3.25	3771	100	1	0.083
3.25	3.43	3544	100	1	0.07
3.43	3.64	3382	99.9	1	0.062
3.64	3.89	3170	99.8	1	0.057
3.89	4.2	2955	100	1	0.052
4.2	4.6	2717	100	1	0.047
4.6	5.14	2460	100	1	0.045
5.14	5.94	2153	99.9	1	0.045
5.94	7.27	1839	99.9	1	0.042
7.27	10.29	1420	99.6	1	0.032

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 60098 / Num. obs: 59958 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 17.2 % / B_iso Wilson estimate: 22.275 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 24.13

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
1.95-2	0.257	6.65	12442	3912	1,2	97.6
2-2.06	0.167	7.54	16910	4019	1,2	94.9
2.06-2.12	0.153	10.14	22671	4103	1,2	99
2.12-2.18	0.138	13.95	31564	4013	1,2	100
2.18-2.25	0.13	17.59	40017	3925	1,2	100
2.25-2.33	0.115	19.54	39184	3750	1,2	100
2.33-2.42	0.11	20.35	38380	3661	1,2	100
2.42-2.52	0.098	22.7	36941	3546	1,2	100
2.52-2.63	0.089	24.57	35152	3360	1,2	99.9
2.63-2.76	0.084	25.78	33943	3256	1,2	99.8
2.76-2.91	0.078	27.93	31973	3079	1,2	99.8
2.91-3.08	0.067	31.91	30137	2930	1,2	99.6
3.08-3.3	0.061	35.16	28224	2765	1,2	99.4
3.3-3.56	0.054	39.29	25925	2578	1,2	99.2
3.56-3.9	0.049	42.35	23477	2387	1,2	98.9
3.9-4.36	0.046	43.38	21129	2163	1,2	98.7
4.36-5.03	0.046	44.81	18867	1923	1,2	98
5.03-6.17	0.046	41.53	16451	1643	1,2	97.3
6.17-8.72	0.042	39.9	12749	1309	1,2	96.3
8.72-50	0.028	42.49	6933	760	1,2	90.4

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散
Phasing MAD	D res high: 2.3 Å / D res low: 44.59 Å / FOM : 0.331 / FOM acentric: 0.371 / FOM centric: 0.109 / 反射: 37265 / Reflection acentric: 31621 / Reflection centric: 5599

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
JDirector		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→44.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / WR_factor R_free: 0.2186 / WR_factor R_work: 0.186 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8772 / SU B: 6.721 / SU ML: 0.102 / SU R Cruickshank DPI: 0.15 / SU R_free: 0.1382 / Isotropic thermal model: isotropic TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2257	3029	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1927	-	-	-
obs	0.1944	56896	99.75 %	-
all	-	60098	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 62.19 Å² / B_iso mean: 17.7039 Å² / B_iso min: 8.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.25 Å²	0.25 Å²	0 Å²
2-	-	0.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→44.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4852	0	26	513	5391

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	5019
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4680
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.366	1.948	6822
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.814	3	10745
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.019	5	623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.343	23.618	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.032	15	798
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.551	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	740
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5732
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.442	0.977	2471
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.441	0.976	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.752	1.46	3086

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	205	-
R_work	0.206	4028	-
all	-	4233	-
obs	-	4333	97.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3059	0.0469	-0.112	0.5823	-0.3572	0.7311	-0.0009	-0.0024	-0.0428	-0.0021	-0.0228	0.0036	0.0425	-0.0229	0.0237	0.0745	0.0328	0.0062	0.0318	-0.0039	0.0595	16.7881	30.4771	49.6477
2	0.2296	0.0379	-0.0026	1.1905	0.483	0.7731	0.0072	0.0121	0.0152	-0.0395	-0.0127	0.0343	-0.0347	-0.0024	0.0055	0.0739	0.0571	-0.0015	0.0461	0.0066	0.0514	16.0025	51.7214	46.4878
3	0.3178	0.0827	-0.1166	0.3029	-0.119	0.7155	0.0094	-0.0121	0.0053	0.0069	-0.0293	0.0515	-0.0327	-0.0568	0.0199	0.0646	0.0592	0.0034	0.0622	-0.0006	0.0659	6.3577	50.2769	56.6018
4	2.4365	-1.1974	0.7178	0.7087	0.1248	3.9149	-0.1158	-0.2728	0.0151	0.0689	0.0472	-0.0001	0.2963	-0.0727	0.0686	0.1164	0.0303	0.0353	0.1298	0.016	0.0549	4.4488	38.1406	75.3592
5	1.5182	-0.1125	-0.1699	0.5757	-0.1577	0.2983	-0.0645	-0.1718	-0.031	0.0662	0.0568	0.0568	0.0991	-0.0024	0.0077	0.0914	0.0313	0.0204	0.0515	0.0027	0.0361	14.8769	28.9939	63.658
6	0.2442	-0.1363	-0.0169	0.4194	0.0112	0.5828	0.0027	0.0337	-0.0477	-0.027	0.0109	0.0878	-0.0302	-0.0755	-0.0136	0.08	0.0291	-0.0042	0.0304	0.0002	0.0776	10.9018	38.3401	16.3945
7	2.881	0.0732	0.4505	0.4486	0.1044	0.5076	0.0364	0.0075	-0.0189	0.042	0.0101	0.0147	0.0555	-0.0125	-0.0466	0.0934	0.0361	0.0036	0.0167	0.0036	0.0448	21.9029	35.8166	19.7213
8	0.4394	0.0182	-0.198	0.433	0.1518	0.5576	-0.05	0.0165	-0.0698	-0.0474	0.0153	0.0041	0.0548	-0.0081	0.0348	0.1052	0.0317	0.0012	0.0158	-0.0015	0.065	29.8702	26.9647	13.0208
9	3.041	-0.9378	2.3607	7.0456	-0.7542	4.9165	0.1026	0.2156	0.094	-0.6259	-0.163	-0.4736	-0.0476	-0.0004	0.0604	0.1389	0.0349	0.0256	0.0817	-0.0149	0.0486	15.7867	32.4458	-7.6626
10	0.5732	-0.4636	0.1056	1.5059	0.0973	0.3978	0.0198	0.1091	-0.0891	-0.1965	-0.0343	0.1049	0.0178	-0.0392	0.0145	0.1134	0.0089	-0.0186	0.0464	-0.0301	0.0451	10.8467	31.988	1.9488

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 78
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	79 - 130
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	131 - 233
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	234 - 267
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	268 - 310
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	0 - 57
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	58 - 91
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	92 - 227
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	228 - 254
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	255 - 310

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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